More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6267 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6267  transcriptional regulator  100 
 
 
378 aa  781    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1252  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
388 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00385086 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  31.13 
 
 
3706 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0135  helix-turn-helix, AraC type  46.73 
 
 
329 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01973  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  29.06 
 
 
1105 aa  99.8  8e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0993  putative sensor protein  29.06 
 
 
1105 aa  99.8  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.7374 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01962  hypothetical protein  29.06 
 
 
1105 aa  99.8  8e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2360  putative sensor protein  29.06 
 
 
1105 aa  99.4  9e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0714  AraC family transcriptional regulator  46.36 
 
 
326 aa  99.4  9e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.571232  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.06 
 
 
1105 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.131154  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1574  putative sensor protein  29.06 
 
 
1105 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115387  normal  0.924629 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1165  putative sensor protein  29.06 
 
 
1105 aa  99.4  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.807956  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0570  transcriptional regulator, AraC family  48.11 
 
 
325 aa  96.3  8e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2201  transcriptional regulator, AraC family  42.99 
 
 
335 aa  93.6  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2014  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.44 
 
 
904 aa  91.3  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0591  putative sensor protein  29.51 
 
 
1121 aa  90.5  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02522  putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase (GGDEF & EAL domains) with PAS/PAC sensor(s) and Response Regulator  25.63 
 
 
427 aa  90.5  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5807  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.46 
 
 
990 aa  90.1  6e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4759  transcriptional regulator, AraC family  38.83 
 
 
332 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2666  putative sensor protein  27.98 
 
 
1129 aa  86.3  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  27.64 
 
 
1187 aa  86.3  8e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2510  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.42 
 
 
640 aa  86.3  8e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2756  transcriptional regulator, AraC family  40.18 
 
 
340 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0730533  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3045  AraC family transcriptional regulator  41.53 
 
 
330 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1269  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.88 
 
 
509 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4895  AraC family transcriptional regulator  40.5 
 
 
349 aa  85.1  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.675745  normal  0.259797 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2406  helix-turn-helix, AraC type  39.83 
 
 
330 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.143452  normal  0.0891394 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2855  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.81 
 
 
712 aa  84.7  0.000000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2797  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.95 
 
 
1020 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4105  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.49 
 
 
888 aa  82.8  0.000000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0253  sensory box histidine kinase  37.5 
 
 
830 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2656  transcriptional regulator, AraC family  42.11 
 
 
334 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11543  sensory transduction histidine kinase  29.21 
 
 
952 aa  82  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.166055  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  28.94 
 
 
1120 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0225  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.05 
 
 
1418 aa  80.9  0.00000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.180068  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.24 
 
 
1267 aa  80.9  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3189  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.2 
 
 
1075 aa  80.5  0.00000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2984  AraC family transcriptional regulator  44.55 
 
 
336 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0543899 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2406  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.25 
 
 
1301 aa  80.1  0.00000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4198  putative sensor protein  28.94 
 
 
1105 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.350673  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.98 
 
 
915 aa  80.1  0.00000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  23.46 
 
 
1079 aa  79.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3219  putative PAS/PAC sensor protein  30.89 
 
 
793 aa  78.6  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2430  putative PAS/PAC sensor protein  34.51 
 
 
821 aa  77.4  0.0000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.16 
 
 
510 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3563  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.77 
 
 
1023 aa  77.8  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.13 
 
 
1363 aa  77.4  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2681  putative sensor protein  26.07 
 
 
1117 aa  76.6  0.0000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.968854 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2306  AraC/XylS family transcriptional regulator  38.14 
 
 
395 aa  76.6  0.0000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  31.25 
 
 
1047 aa  76.3  0.0000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.152528  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  31.25 
 
 
1047 aa  76.3  0.0000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.603793  normal  0.591711 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0529  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.08 
 
 
659 aa  76.3  0.0000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.47344  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7176  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 
355 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.27 
 
 
890 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.42 
 
 
1559 aa  75.9  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2683  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 
1358 aa  75.9  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.117306 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 
820 aa  75.1  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6593  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.8 
 
 
906 aa  75.1  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0331  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.81 
 
 
608 aa  75.1  0.000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.52 
 
 
1333 aa  74.7  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000202305 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1405  sensor histidine kinase/response regulator  29.94 
 
 
1379 aa  75.5  0.000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6358  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 
341 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6015  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 
341 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4702  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.95 
 
 
464 aa  74.3  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.781083  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2464  helix-turn-helix, AraC type  35.56 
 
 
329 aa  74.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.903798 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5484  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 
355 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6310  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 
341 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.933821 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6770  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 
355 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.758188  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  38.46 
 
 
692 aa  73.9  0.000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0980  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 
316 aa  74.3  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.36 
 
 
1109 aa  73.9  0.000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0735  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 
396 aa  73.9  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.78 
 
 
1020 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  26.34 
 
 
1714 aa  73.6  0.000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2759  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.92 
 
 
591 aa  73.2  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.612299  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  36.13 
 
 
874 aa  73.2  0.000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.35 
 
 
1014 aa  72.8  0.000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.553063 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2409  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.77 
 
 
729 aa  72.4  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.798311  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2771  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.46 
 
 
1557 aa  72.4  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2664  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.92 
 
 
590 aa  72.4  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.191442  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4291  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.95 
 
 
446 aa  72.8  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4179  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.95 
 
 
446 aa  72.8  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.206948  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3749  AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 
319 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315672  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  26.45 
 
 
1676 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4589  AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 
319 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3774  AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 
319 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.425956 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1206  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.13 
 
 
609 aa  70.9  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.165467  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.62 
 
 
1369 aa  70.9  0.00000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0620  signal transduction histidine kinase  34.17 
 
 
725 aa  70.5  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3905  helix-turn-helix domain-containing protein  38.1 
 
 
118 aa  70.5  0.00000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5501  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 
321 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2448  sensory box protein  25.1 
 
 
1036 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2061  hypothetical protein  31.82 
 
 
512 aa  69.7  0.00000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3043  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.66 
 
 
1122 aa  69.7  0.00000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000641159  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2326  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 
321 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.72 
 
 
1501 aa  69.7  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2659  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.88 
 
 
1070 aa  69.7  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.337944  normal  0.276356 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3666  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 
319 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293166  normal  0.370367 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0821  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 
473 aa  69.3  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3457  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.88 
 
 
1070 aa  69.3  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>