More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0735 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0735  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
396 aa  816    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.7 
 
 
1267 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.11 
 
 
1369 aa  195  1e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2560  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.13 
 
 
518 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.315276 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2071  hypothetical protein  50.62 
 
 
512 aa  164  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2061  hypothetical protein  50.62 
 
 
512 aa  164  3e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.95 
 
 
839 aa  162  7e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.2 
 
 
1363 aa  153  5e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0822  sensory box histidine kinase  24.87 
 
 
729 aa  145  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2681  putative sensor protein  56.03 
 
 
1117 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.968854 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2409  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50 
 
 
729 aa  144  3e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.798311  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2251  PAS domain protein  49.65 
 
 
998 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2666  putative sensor protein  49.31 
 
 
1129 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2351  mase1 domain family protein  49.65 
 
 
998 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.659224  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2358  mase1 domain family  49.65 
 
 
998 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.922212 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2307  mase1 domain family  49.65 
 
 
998 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3275  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.42 
 
 
919 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1165  putative sensor protein  52.07 
 
 
1105 aa  139  8.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.807956  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  52.07 
 
 
1105 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.131154  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1574  putative sensor protein  52.07 
 
 
1105 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115387  normal  0.924629 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01973  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  52.07 
 
 
1105 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2406  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.85 
 
 
1301 aa  139  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2360  putative sensor protein  52.07 
 
 
1105 aa  139  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01962  hypothetical protein  52.07 
 
 
1105 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0993  putative sensor protein  52.07 
 
 
1105 aa  138  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.7374 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1628  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  29.97 
 
 
1026 aa  138  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.677715  normal  0.19967 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2510  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.93 
 
 
640 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2855  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.67 
 
 
712 aa  137  5e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2297  sensory box histidine kinase  26.3 
 
 
762 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00806153  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0591  putative sensor protein  55.08 
 
 
1121 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3548  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.31 
 
 
486 aa  134  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.87 
 
 
1333 aa  134  3.9999999999999996e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000202305 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2683  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.7 
 
 
1358 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.117306 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2531  sensory box histidine kinase  26.17 
 
 
1053 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.606569  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0974  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.01 
 
 
916 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4554  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.17 
 
 
331 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.76 
 
 
820 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02522  putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase (GGDEF & EAL domains) with PAS/PAC sensor(s) and Response Regulator  45.16 
 
 
427 aa  125  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 
624 aa  125  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3189  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 
1075 aa  125  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4311  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.11 
 
 
1291 aa  125  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2664  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.19 
 
 
590 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.191442  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1875  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  25.98 
 
 
501 aa  124  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2410  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.4 
 
 
628 aa  124  3e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2531  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.33 
 
 
880 aa  123  6e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  42.97 
 
 
874 aa  122  7e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1548  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.26 
 
 
430 aa  121  3e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.758672 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1660  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.32 
 
 
781 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1206  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.96 
 
 
609 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.165467  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1493  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.01 
 
 
761 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.06 
 
 
510 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0331  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.8 
 
 
608 aa  119  7.999999999999999e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2911  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.08 
 
 
642 aa  119  9e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3167  signal transduction histidine kinase-like protein  29.41 
 
 
1077 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0540842 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1269  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.51 
 
 
509 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5807  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.58 
 
 
990 aa  118  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0270  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.18 
 
 
626 aa  118  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0827  signal transduction histidine kinase  40.85 
 
 
512 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2014  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.31 
 
 
904 aa  117  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0830  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.35 
 
 
394 aa  117  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00410023  normal  0.375315 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2759  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.33 
 
 
591 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.612299  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3061  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.35 
 
 
704 aa  117  5e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352611  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0253  sensory box histidine kinase  35.54 
 
 
830 aa  116  6e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1651  PAS sensor protein  26.1 
 
 
895 aa  116  6e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4702  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.74 
 
 
464 aa  116  6.9999999999999995e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.781083  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2944  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  27.03 
 
 
573 aa  116  6.9999999999999995e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1074  signal transduction histidine kinase  34.95 
 
 
481 aa  116  7.999999999999999e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.984755 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3529  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.31 
 
 
1088 aa  115  8.999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2879  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.88 
 
 
819 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000152143 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1371  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.21 
 
 
516 aa  114  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.768214  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1956  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.6 
 
 
477 aa  114  3e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.94 
 
 
1079 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4563  signal transduction histidine kinase  25.89 
 
 
771 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.633448 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0462  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.57 
 
 
1138 aa  114  4.0000000000000004e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.84915  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2771  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.98 
 
 
1557 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1355  two component sensor histidine kinase  24.52 
 
 
391 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.649509  normal  0.244031 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3563  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.27 
 
 
1023 aa  113  6e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0779  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.33 
 
 
754 aa  112  1.0000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2590  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.6 
 
 
1959 aa  112  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0694001 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.15 
 
 
710 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5383  Signal transduction histidine kinase  26.6 
 
 
784 aa  112  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.626951  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.45 
 
 
789 aa  111  2.0000000000000002e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.179581  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6593  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.7 
 
 
906 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2002  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.34 
 
 
761 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.897805  normal  0.398669 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3487  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.13 
 
 
717 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3026  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.69 
 
 
969 aa  110  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.14 
 
 
681 aa  110  5e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  48.33 
 
 
1120 aa  110  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0908  sensory box histidine kinase  24.25 
 
 
723 aa  110  6e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.76 
 
 
769 aa  110  6e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1844  sensory box histidine kinase  24.25 
 
 
723 aa  110  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0474  sensory box histidine kinase  24.25 
 
 
821 aa  110  6e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0174  sensory box histidine kinase  24.25 
 
 
821 aa  110  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1434  sensory box histidine kinase  24.25 
 
 
821 aa  110  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4970  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.61 
 
 
384 aa  110  6e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  normal  0.288098 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0382  sensory box histidine kinase  24.25 
 
 
723 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1253  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  40.44 
 
 
638 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000228716  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.52 
 
 
1140 aa  109  7.000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2907  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.07 
 
 
520 aa  109  7.000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.24 
 
 
763 aa  109  8.000000000000001e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.172925  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>