More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2201 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2201  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 335 aa  686    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0714  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 326 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.571232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0135  helix-turn-helix, AraC type  30.65 
 
 		 329 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2406  helix-turn-helix, AraC type  31.97 
 
 		 330 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.143452  normal  0.0891394 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4759  transcriptional regulator, AraC family  31.79 
 
 		 332 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3045  AraC family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 330 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0570  transcriptional regulator, AraC family  32.81 
 
 		 325 aa  156  6e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4895  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 349 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.675745  normal  0.259797 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2656  transcriptional regulator, AraC family  39.11 
 
 		 334 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2306  AraC/XylS family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 395 aa  134  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1832  transcription regulator protein  31.7 
 
 		 342 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.24193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1789  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 392 aa  126  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.327521  normal  0.830389 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2464  helix-turn-helix, AraC type  32.62 
 
 		 329 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.903798 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3221  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 352 aa  122  6e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2363  helix-turn-helix domain-containing protein  34.36 
 
 		 326 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140841  normal  0.0639291 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2727  putative transcriptional regulator  30.66 
 
 		 333 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2756  transcriptional regulator, AraC family  30.94 
 
 		 340 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0730533  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3322  AraC family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 337 aa  119  7e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3427  AraC family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 329 aa  118  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175517  normal  0.163129 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1996  helix-turn-helix domain-containing protein  28.97 
 
 		 327 aa  115  7.999999999999999e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7176  AraC family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 355 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32190  putative transcriptional regulator  29.45 
 
 		 333 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0320544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6310  AraC family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 341 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.933821 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2984  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 336 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0543899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0980  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6358  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 341 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6015  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0733  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 330 aa  108  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0573176  normal  0.10011 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5484  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 355 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6770  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 355 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.758188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3887  AraC family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 327 aa  106  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1672  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 332 aa  106  7e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.17554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1722  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 369 aa  106  7e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1738  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 369 aa  106  7e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.167182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1694  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 369 aa  106  7e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0534  helix-turn-helix domain-containing protein  27.22 
 
 		 369 aa  102  1e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0317  transcriptional regulator, AraC family  30.67 
 
 		 362 aa  99.8  5e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.463283 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3471  AraC family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 368 aa  100  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  29.17 
 
 		 338 aa  100  5e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0970  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 343 aa  97.8  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1825  AraC family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 344 aa  97.1  4e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1342  AraC family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 330 aa  95.1  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000130742 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1471  transcriptional regulator, AraC family  26.99 
 
 		 327 aa  95.1  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1107  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 321 aa  95.5  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.616018  normal  0.0688148 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0629  transcriptional regulator, AraC family  29.86 
 
 		 354 aa  94.7  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1122  positive transcriptional regulator AndR  28.36 
 
 		 321 aa  94.7  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7075  AraC family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 327 aa  93.6  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.81381 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6267  transcriptional regulator  42.99 
 
 		 378 aa  93.6  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5378  transcriptional regulator, AraC family  30.87 
 
 		 341 aa  93.2  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0235204  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1252  AraC family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 388 aa  92.8  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00385086 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0639  transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 350 aa  92  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0487  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 341 aa  92.4  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4958  AraC family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 319 aa  91.3  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0202  AraC family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 321 aa  91.7  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2708  AraC family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 334 aa  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.792624  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0984  AndR  30.98 
 
 		 405 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0233  AraC family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 334 aa  91.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.533146  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1377  AraC family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 341 aa  91.7  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00832504  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4589  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 319 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1574  AraC family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 334 aa  91.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2564  AraC family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 389 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3774  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 319 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425956 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3749  AraC family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 319 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4191  AraC family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 336 aa  89.4  7e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0406383 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0335  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 355 aa  89.4  8e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3812  AraC family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 328 aa  89  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.254073  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2326  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 321 aa  87.4  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6280  AraC/XylS family transcription factor  29.88 
 
 		 347 aa  87  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5068  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 324 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.463601  normal  0.326617 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0626  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 329 aa  85.5  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1533  helix-turn-helix domain-containing protein  23.94 
 
 		 330 aa  84.7  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655732 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5501  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 321 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 287 aa  83.6  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3666  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 319 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293166  normal  0.370367 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3079  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 336 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2378  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 322 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163707 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0760  transcriptional regulator, AraC family  36.81 
 
 		 327 aa  80.9  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4177  helix-turn-helix domain-containing protein  24.65 
 
 		 329 aa  80.1  0.00000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.128864  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0737  helix-turn-helix domain-containing protein  44.76 
 
 		 325 aa  79.7  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.396346 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4516  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 339 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.982905 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3159  AraC family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 318 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3905  helix-turn-helix domain-containing protein  37.86 
 
 		 118 aa  79.3  0.00000000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2026  AraC family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 325 aa  79.3  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0600  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 320 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1744  AraC-like transcriptional regulator  27.18 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012602  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2320  AraC family transcriptional regulator  23.56 
 
 		 335 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  28.72 
 
 		 198 aa  77.4  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0577701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  31.58 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0478  helix-turn-helix domain-containing protein  35.34 
 
 		 324 aa  77  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0722  helix-turn-helix domain-containing protein  32.52 
 
 		 358 aa  75.1  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00564708 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2969  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 324 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4778  transcriptional regulator, AraC family  29.85 
 
 		 340 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0612761 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3895  AraC family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 324 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.155273 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2555  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 318 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0840  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 330 aa  74.3  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.916839  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4803  helix-turn-helix domain-containing protein  28.32 
 
 		 340 aa  74.3  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.587484 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2987  AraC family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 367 aa  73.2  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.229756  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2886  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1113  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 325 aa  73.2  0.000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.478507 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2689  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 318 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779862 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>