More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0626 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0626  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 329 aa  648    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0639  transcriptional regulator, AraC family  40.48 
 
 		 350 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0629  transcriptional regulator, AraC family  38.81 
 
 		 354 aa  219  5e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4516  AraC family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 339 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.982905 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5378  transcriptional regulator, AraC family  36.72 
 
 		 341 aa  190  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0235204  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1125  AraC family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 327 aa  164  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1832  transcription regulator protein  33.75 
 
 		 342 aa  152  7e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.24193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1996  helix-turn-helix domain-containing protein  30.49 
 
 		 327 aa  142  7e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3887  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 327 aa  136  4e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1789  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 392 aa  132  6.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.327521  normal  0.830389 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1961  helix-turn-helix domain-containing protein  33.13 
 
 		 327 aa  127  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3322  AraC family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 337 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0202  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 321 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1377  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 341 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00832504  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2708  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 334 aa  116  5e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.792624  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0984  AndR  34.04 
 
 		 405 aa  116  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0487  AraC family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 341 aa  116  5e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1574  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 334 aa  116  5e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0233  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 334 aa  116  5e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.533146  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2564  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 389 aa  116  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1122  positive transcriptional regulator AndR  31.56 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2326  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 321 aa  113  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5501  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 321 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4958  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 319 aa  112  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3666  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 319 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293166  normal  0.370367 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3749  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3427  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 329 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175517  normal  0.163129 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4589  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3774  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 319 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425956 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0312  transcriptional regulator, AraC family  33.03 
 
 		 322 aa  108  9.000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1167  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 334 aa  108  9.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3471  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 368 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1107  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 321 aa  105  8e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.616018  normal  0.0688148 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1873  helix-turn-helix domain-containing protein  31.78 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1342  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 330 aa  103  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000130742 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2782  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 321 aa  97.4  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0613905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6358  AraC family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 341 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3100  transcriptional regulator, AraC family  24.13 
 
 		 323 aa  97.4  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.605914  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3221  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 352 aa  96.7  4e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6015  AraC family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 341 aa  97.1  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6310  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 341 aa  96.7  6e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.933821 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0135  helix-turn-helix, AraC type  30.82 
 
 		 329 aa  95.9  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08570  transcriptional activator, BenR (AraC family)  27.81 
 
 		 319 aa  95.5  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5484  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 355 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6770  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 355 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.758188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1471  transcriptional regulator, AraC family  27.21 
 
 		 327 aa  93.6  4e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7176  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 355 aa  92  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0317  transcriptional regulator, AraC family  28.14 
 
 		 362 aa  92  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.463283 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  30.56 
 
 		 338 aa  92  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7075  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 327 aa  91.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.81381 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32060  transcriptional regulator XylS  29.47 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2727  putative transcriptional regulator  31.62 
 
 		 333 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4177  helix-turn-helix domain-containing protein  26.1 
 
 		 329 aa  90.5  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.128864  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2886  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 318 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1738  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 369 aa  89.7  6e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.167182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1722  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 369 aa  89.7  6e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1694  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 369 aa  89.7  6e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1672  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 332 aa  89.7  6e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.17554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3812  AraC family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 328 aa  89.4  7e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.254073  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0714  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 326 aa  89.4  7e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.571232  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32190  putative transcriptional regulator  30.34 
 
 		 333 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0320544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2718  transcriptional regulator XylS  29.15 
 
 		 328 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2756  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 340 aa  87.8  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0730533  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0970  AraC family transcriptional regulator  27.79 
 
 		 343 aa  86.7  5e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142678  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2689  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 318 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779862 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2039  AraC family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 326 aa  85.9  8e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.28183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0534  helix-turn-helix domain-containing protein  27.43 
 
 		 369 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2555  AraC family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2201  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 335 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2984  AraC family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 336 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0543899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2464  helix-turn-helix, AraC type  30.65 
 
 		 329 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.903798 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2406  helix-turn-helix, AraC type  27.47 
 
 		 330 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.143452  normal  0.0891394 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3159  AraC family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 318 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4759  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 332 aa  84  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2969  AraC family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 324 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4778  transcriptional regulator, AraC family  48.48 
 
 		 340 aa  84  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0612761 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3045  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 330 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2320  AraC family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 335 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0722  helix-turn-helix domain-containing protein  26.33 
 
 		 358 aa  83.2  0.000000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00564708 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4803  helix-turn-helix domain-containing protein  30.63 
 
 		 340 aa  82.8  0.000000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.587484 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0733  AraC family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 330 aa  82.4  0.000000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0573176  normal  0.10011 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3079  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 336 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4832  transcriptional regulator, AraC family  46.94 
 
 		 339 aa  82.4  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0998154 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2363  helix-turn-helix domain-containing protein  25.69 
 
 		 326 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140841  normal  0.0639291 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3837  transcriptional regulator, AraC family  38.61 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0105  helix-turn-helix domain-containing protein  25.22 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4895  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 349 aa  80.9  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.675745  normal  0.259797 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9068  transcriptional regulator AraC family  38.46 
 
 		 323 aa  80.9  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0980  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  47.87 
 
 		 198 aa  79.7  0.00000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0577701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3275  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 335 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0512749 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3995  helix-turn-helix domain-containing protein  27.88 
 
 		 318 aa  77.8  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4889  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 335 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6918  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 335 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2896  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.311951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4907  transcriptional regulator, AraC family  43.56 
 
 		 332 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.38721  normal  0.998424 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2706  AraC family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062854  normal  0.870196 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6408  AraC family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 341 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.565487 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3149  AraC family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 349 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6120  AraC family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 342 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>