More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4803 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4803  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 340 aa  702    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.587484 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0970  AraC family transcriptional regulator  52.71 
 
 		 343 aa  352  7e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3427  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 329 aa  160  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175517  normal  0.163129 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3887  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 327 aa  158  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1342  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 330 aa  144  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000130742 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1832  transcription regulator protein  32.49 
 
 		 342 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.24193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6310  AraC family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.933821 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4191  AraC family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 336 aa  133  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0406383 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6015  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 341 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5378  transcriptional regulator, AraC family  32.64 
 
 		 341 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0235204  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1471  transcriptional regulator, AraC family  31.85 
 
 		 327 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6358  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5484  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 355 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6770  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 355 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.758188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7176  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 355 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3322  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 337 aa  123  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0317  transcriptional regulator, AraC family  29.29 
 
 		 362 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.463283 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1789  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 392 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.327521  normal  0.830389 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32190  putative transcriptional regulator  29.65 
 
 		 333 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0320544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2727  putative transcriptional regulator  30.25 
 
 		 333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0733  AraC family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 330 aa  112  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0573176  normal  0.10011 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3079  AraC family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 336 aa  112  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0980  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 316 aa  112  8.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3471  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 368 aa  109  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3812  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.254073  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1961  helix-turn-helix domain-containing protein  29.17 
 
 		 327 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1122  positive transcriptional regulator AndR  29.75 
 
 		 321 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1107  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.616018  normal  0.0688148 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1996  helix-turn-helix domain-containing protein  30.22 
 
 		 327 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3666  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 319 aa  103  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293166  normal  0.370367 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0714  AraC family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 326 aa  102  7e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.571232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2326  AraC family transcriptional regulator  28.13 
 
 		 321 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3749  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 319 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  29.07 
 
 		 338 aa  101  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32060  transcriptional regulator XylS  31.8 
 
 		 318 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3774  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 319 aa  100  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425956 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2886  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 318 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5501  AraC family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 321 aa  99.4  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0487  AraC family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 341 aa  99  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3995  helix-turn-helix domain-containing protein  33.51 
 
 		 318 aa  98.2  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4589  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 319 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2555  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 318 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2363  helix-turn-helix domain-containing protein  28.32 
 
 		 326 aa  96.3  7e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140841  normal  0.0639291 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0570  transcriptional regulator, AraC family  27.69 
 
 		 325 aa  95.9  8e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2689  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 318 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779862 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2406  helix-turn-helix, AraC type  29.96 
 
 		 330 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.143452  normal  0.0891394 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3045  AraC family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 330 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2039  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 326 aa  94  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.28183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0135  helix-turn-helix, AraC type  29.21 
 
 		 329 aa  93.6  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0984  AndR  29.62 
 
 		 405 aa  93.2  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0722  helix-turn-helix domain-containing protein  25.29 
 
 		 358 aa  93.6  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00564708 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4958  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 319 aa  93.6  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2718  transcriptional regulator XylS  30.39 
 
 		 328 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0202  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 321 aa  93.2  6e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1574  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 334 aa  93.2  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0233  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 334 aa  93.2  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.533146  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2708  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 334 aa  93.2  6e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.792624  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1377  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 341 aa  93.2  6e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00832504  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2564  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 389 aa  93.2  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3159  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 318 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2320  AraC family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 335 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2969  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 324 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08570  transcriptional activator, BenR (AraC family)  27.82 
 
 		 319 aa  90.9  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2756  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 340 aa  89.7  6e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0730533  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1672  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 332 aa  89  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.17554  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3221  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 352 aa  89  1e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7075  AraC family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 327 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.81381 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1738  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 369 aa  88.2  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.167182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2984  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 336 aa  88.2  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0543899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1167  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 334 aa  87.8  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1722  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 369 aa  88.2  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1694  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 369 aa  88.2  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0534  helix-turn-helix domain-containing protein  29.82 
 
 		 369 aa  88.2  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4832  transcriptional regulator, AraC family  28.1 
 
 		 339 aa  87.8  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0998154 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2656  transcriptional regulator, AraC family  42.19 
 
 		 334 aa  87  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0312  transcriptional regulator, AraC family  26.91 
 
 		 322 aa  87  4e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4516  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 339 aa  86.7  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.982905 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2464  helix-turn-helix, AraC type  29.02 
 
 		 329 aa  86.3  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.903798 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3837  transcriptional regulator, AraC family  44.55 
 
 		 319 aa  85.9  8e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3895  AraC family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 324 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.155273 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5068  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 324 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.463601  normal  0.326617 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0335  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 355 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1533  helix-turn-helix domain-containing protein  24.55 
 
 		 330 aa  84  0.000000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655732 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4778  transcriptional regulator, AraC family  38.03 
 
 		 340 aa  84  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0612761 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4759  transcriptional regulator, AraC family  33.57 
 
 		 332 aa  83.2  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0626  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 329 aa  82.8  0.000000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5084  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 		 343 aa  82.8  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0576152  normal  0.130155 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0629  transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 		 354 aa  82.8  0.000000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6280  AraC/XylS family transcription factor  26.28 
 
 		 347 aa  82.8  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4817  transcriptional regulator, AraC family  33.74 
 
 		 333 aa  82  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0868306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4895  AraC family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 349 aa  81.6  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.675745  normal  0.259797 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6124  transcriptional regulator, AraC family  28.99 
 
 		 338 aa  80.1  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal  0.144124 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3531  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 324 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.342116 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0928  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 322 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0048555 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0049  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 329 aa  79  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0731  helix-turn-helix domain-containing protein  27.13 
 
 		 326 aa  78.2  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.271743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3100  transcriptional regulator, AraC family  24.39 
 
 		 323 aa  77.8  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.605914  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5364  transcriptional regulator, AraC family  31.71 
 
 		 339 aa  78.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0980026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5361  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 324 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.835792  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0118  helix-turn-helix domain-containing protein  24.85 
 
 		 331 aa  77.4  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.547466 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>