More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3034 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3034  two component AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 556 aa  1126    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00618221  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  29.07 
 
 		 538 aa  169  1e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0995  two component transcriptional regulator, AraC family  24.95 
 
 		 542 aa  160  5e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  26.9 
 
 		 539 aa  159  9e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2344  AraC family DNA-binding response regulator  26.41 
 
 		 507 aa  159  2e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.627636  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 546 aa  158  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2056  AraC family DNA-binding response regulator  26.28 
 
 		 507 aa  157  4e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2253  two component AraC family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 532 aa  142  1.9999999999999998e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  25.14 
 
 		 532 aa  140  7.999999999999999e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3249  two component transcriptional regulator, AraC family  23.02 
 
 		 531 aa  139  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3211  two component AraC family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 548 aa  138  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0042226  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  23.23 
 
 		 544 aa  138  3.0000000000000003e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0496  two component AraC family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 543 aa  138  3.0000000000000003e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0147  two component transcriptional regulator, AraC family  25.27 
 
 		 525 aa  137  6.0000000000000005e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0149  two component transcriptional regulator, AraC family  24.24 
 
 		 525 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 531 aa  130  5.0000000000000004e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2055  two component transcriptional regulator, AraC family  25.22 
 
 		 519 aa  127  7e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  24.22 
 
 		 530 aa  127  7e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  26.2 
 
 		 515 aa  126  9e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3164  two component AraC family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 544 aa  125  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0633186  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1645  two component transcriptional regulator, AraC family  23.97 
 
 		 526 aa  121  3e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.168722  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0525  two component AraC family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 522 aa  116  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0618  two component AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 258 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000605397  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0853  two component transcriptional regulator, AraC family  45.67 
 
 		 509 aa  108  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  23.99 
 
 		 537 aa  109  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3861  two component AraC family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 259 aa  106  1e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2123  two component AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 414 aa  105  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.331776  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2373  two component transcriptional regulator, AraC family  39.37 
 
 		 252 aa  102  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2007  two component AraC family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 529 aa  102  2e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  37.93 
 
 		 365 aa  102  3e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0213  response regulator receiver  34.18 
 
 		 252 aa  101  4e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0207  response regulator receiver protein  34.18 
 
 		 252 aa  100  5e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0198  two component transcriptional regulator, AraC family  27.01 
 
 		 534 aa  99  2e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2141  two component AraC family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 260 aa  99.4  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0314  two component transcriptional regulator, AraC family  40.74 
 
 		 494 aa  94.4  5e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1138  two component transcriptional regulator, AraC family  40.91 
 
 		 519 aa  93.6  8e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2406  AraC family DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 251 aa  93.6  9e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1722  two component AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 508 aa  93.2  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2550  two component transcriptional regulator, AraC family  42.61 
 
 		 502 aa  90.5  8e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3282  two component AraC family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 535 aa  89.7  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4591  two component transcriptional regulator, AraC family  32.41 
 
 		 265 aa  86.7  9e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 506 aa  85.5  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2452  two component transcriptional regulator, AraC family  33.96 
 
 		 509 aa  85.5  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0693402  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1550  two component LuxR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 220 aa  83.6  0.000000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.28 
 
 		 470 aa  83.6  0.000000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1584  two component AraC family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 259 aa  83.2  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  36.79 
 
 		 386 aa  82.8  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2549  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 		 446 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2550  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.12 
 
 		 685 aa  81.3  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3421  two component LuxR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 223 aa  81.3  0.00000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556432 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2467  two component transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 251 aa  80.1  0.00000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 532 aa  79.7  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1969  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  31.25 
 
 		 473 aa  79  0.0000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.440374  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3262  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  31.86 
 
 		 471 aa  79  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1317  response regulator  36.7 
 
 		 220 aa  78.6  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.500574  normal  0.0503905 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1251  two component transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 566 aa  78.6  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3561  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  30.92 
 
 		 469 aa  77.8  0.0000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3274  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 467 aa  77.8  0.0000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0156688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2017  response regulator CheY  35.04 
 
 		 129 aa  77.4  0.0000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1824  two component AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 362 aa  77.4  0.0000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000196685  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4651  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  29.8 
 
 		 469 aa  77.4  0.0000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.446316 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0266  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  27.81 
 
 		 470 aa  77  0.0000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.649687  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0266  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  27.81 
 
 		 470 aa  77  0.0000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0258  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  27.81 
 
 		 470 aa  77  0.0000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0261  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  27.81 
 
 		 470 aa  77  0.0000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.024996 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3887  two component AraC family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 252 aa  77  0.0000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 548 aa  77  0.0000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1142  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 222 aa  76.6  0.0000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.661777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1394  two component AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 523 aa  76.3  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0042226  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  36.44 
 
 		 259 aa  75.9  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1117  response regulator  34.19 
 
 		 127 aa  75.9  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5535  DNA-binding response regulator  33.64 
 
 		 215 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1401  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.77 
 
 		 217 aa  75.5  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1880  two component transcriptional regulator  32.52 
 
 		 223 aa  75.5  0.000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2450  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  29.1 
 
 		 462 aa  75.9  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000104491  normal  0.63173 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1600  two component LuxR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 207 aa  75.9  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0555  AraC family DNA-binding response regulator  33.64 
 
 		 529 aa  75.9  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3249  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.14 
 
 		 211 aa  75.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.414819  normal  0.558116 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 513 aa  75.9  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5205  two component LuxR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 215 aa  75.5  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2541  nitrogen regulation protein NR(I)  30.91 
 
 		 470 aa  75.1  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0371  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  27.15 
 
 		 470 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.160254  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1984  two component LuxR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 220 aa  75.5  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.178457  normal  0.123783 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0539  AraC family DNA-binding response regulator  30.43 
 
 		 529 aa  75.1  0.000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0836  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 469 aa  75.1  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0464248 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5595  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.93 
 
 		 215 aa  75.1  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4415  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 303 aa  74.7  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.81 
 
 		 653 aa  74.7  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0282  nitrogen metabolism transcriptional regulator NtrC  28.48 
 
 		 471 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.675957  hitchhiker  0.000000421571 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0747  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.18 
 
 		 232 aa  74.7  0.000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.643618  normal  0.38139 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0363  response regulator receiver  38.18 
 
 		 228 aa  74.3  0.000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0322  DNA-binding response regulator  28.28 
 
 		 213 aa  74.3  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0864  two component AraC family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 503 aa  74.3  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0845  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  21.56 
 
 		 508 aa  73.9  0.000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.903712  hitchhiker  0.00198769 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0029  two component LuxR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 214 aa  73.9  0.000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.317943  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3262  response regulator receiver protein  32.79 
 
 		 257 aa  73.9  0.000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.61 
 
 		 456 aa  73.9  0.000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  24.76 
 
 		 760 aa  73.6  0.000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2679  response regulator receiver domain-containing protein  32.48 
 
 		 129 aa  73.6  0.000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.380915  normal  0.27601 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>