More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4604 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4604  two component transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 281 aa  563  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.514268  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4605  two component transcriptional regulator, AraC family  53.68 
 
 		 271 aa  267  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 278 aa  204  9e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  46.22 
 
 		 277 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  46.22 
 
 		 277 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  46.22 
 
 		 277 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 277 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 277 aa  199  5e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 271 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 271 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 271 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 271 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  43.82 
 
 		 269 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 271 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  43.03 
 
 		 268 aa  186  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  43.03 
 
 		 261 aa  184  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  34.27 
 
 		 1355 aa  126  4.0000000000000003e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  32.7 
 
 		 1388 aa  126  5e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  31.3 
 
 		 1366 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  28.73 
 
 		 1418 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  31.5 
 
 		 1344 aa  109  4.0000000000000004e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 1341 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  29.78 
 
 		 1370 aa  108  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3199  two component transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 		 940 aa  106  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.157032  normal  0.236848 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1947  two component transcriptional regulator, AraC family  30.18 
 
 		 252 aa  106  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272912 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  33.81 
 
 		 1343 aa  105  7e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  32.11 
 
 		 265 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 308 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 308 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  29.8 
 
 		 1311 aa  103  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  25.47 
 
 		 961 aa  102  7e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  28.35 
 
 		 1278 aa  102  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  29.55 
 
 		 1366 aa  102  8e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  30.67 
 
 		 993 aa  99.8  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6047  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  31.71 
 
 		 677 aa  99.4  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  26.69 
 
 		 1324 aa  99  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  29.96 
 
 		 1298 aa  99  8e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  27.47 
 
 		 934 aa  98.6  9e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  29.21 
 
 		 1404 aa  98.6  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1236  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  42.5 
 
 		 386 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.493129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  29.56 
 
 		 1335 aa  97.1  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3869  response regulator receiver protein  37.78 
 
 		 301 aa  95.5  8e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  29.68 
 
 		 1349 aa  95.5  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2149  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  39.68 
 
 		 407 aa  95.1  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.142048 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3242  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.54 
 
 		 441 aa  94.7  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4530  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  42.61 
 
 		 386 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  26.95 
 
 		 1374 aa  93.2  4e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.32 
 
 		 715 aa  93.2  5e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.32 
 
 		 715 aa  92.8  6e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.923401  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.67 
 
 		 488 aa  92.8  6e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3134  response regulator receiver protein  44.63 
 
 		 200 aa  92.8  6e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2393  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  44.2 
 
 		 518 aa  92.8  6e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.991201  normal  0.0787545 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1018  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.76 
 
 		 441 aa  92.8  6e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00729938  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0978  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 322 aa  92.4  7e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.97362  decreased coverage  0.00116316 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2179  response regulator receiver (CheY-like) modulated metal dependent phosphohydrolase  40 
 
 		 348 aa  92.4  8e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.378064  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0140  response regulator receiver protein  45.37 
 
 		 371 aa  92  9e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2562  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  38.84 
 
 		 437 aa  91.7  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6548  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.74 
 
 		 397 aa  91.7  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.543575 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4465  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.67 
 
 		 437 aa  91.7  1e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.03 
 
 		 317 aa  90.9  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.03 
 
 		 317 aa  90.9  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  25.81 
 
 		 1378 aa  90.9  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.4 
 
 		 312 aa  91.3  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.53 
 
 		 322 aa  90.5  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  24.52 
 
 		 1340 aa  90.5  3e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  30.23 
 
 		 1306 aa  90.1  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1720  two component LuxR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 301 aa  90.5  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.162572  normal  0.616267 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6559  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.48 
 
 		 541 aa  90.1  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.59439 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0421  response regulatory protein  37.12 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.972098  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6236  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.13 
 
 		 553 aa  90.1  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  25.76 
 
 		 1342 aa  89.7  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  27.4 
 
 		 1373 aa  89.7  5e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1713  two component LuxR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 361 aa  89.4  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.310925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2429  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  40.3 
 
 		 480 aa  89.4  6e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.129673 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2150  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  40.87 
 
 		 443 aa  89  8e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.394463 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  26.95 
 
 		 1344 aa  89  8e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4238  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.8 
 
 		 356 aa  89  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.75 
 
 		 319 aa  88.6  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  28.14 
 
 		 1400 aa  89  9e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1074  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.88 
 
 		 433 aa  88.2  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.708962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  27.52 
 
 		 1316 aa  87.4  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4049  two component transcriptional regulator  38.52 
 
 		 229 aa  87.8  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2947  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 		 503 aa  87.8  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4060  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  42.42 
 
 		 365 aa  87.8  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0748941 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0959  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.16 
 
 		 372 aa  87.8  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.61 
 
 		 541 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.163324  normal  0.507763 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3408  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  53.75 
 
 		 346 aa  87.8  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2855  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 		 348 aa  87.4  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1963  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.17 
 
 		 246 aa  87  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.470012 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1936  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.17 
 
 		 246 aa  87  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32 
 
 		 317 aa  87  3e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  29.52 
 
 		 1327 aa  87  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 322 aa  86.7  4e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3637  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 246 aa  86.3  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3165  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  36.92 
 
 		 367 aa  86.3  5e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0569095  normal  0.0154692 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  41.8 
 
 		 305 aa  86.3  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4030  response regulator receiver protein  48.78 
 
 		 216 aa  85.9  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000171088  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2743  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.06 
 
 		 395 aa  85.9  6e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  27.86 
 
 		 1355 aa  86.3  6e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3359  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.06 
 
 		 395 aa  85.9  6e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.361398  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>