More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2545 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2545  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 314 aa  647    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0411  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 348 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2439  helix-turn-helix domain-containing protein  29.69 
 
 		 322 aa  77  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.856689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  33.8 
 
 		 332 aa  73.6  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  26.8 
 
 		 333 aa  72.4  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  33.33 
 
 		 305 aa  71.2  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3532  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 320 aa  70.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113977 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  27.44 
 
 		 384 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0423  AraC family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 331 aa  70.9  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  26.24 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  34.93 
 
 		 295 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 313 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 313 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 313 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  28.65 
 
 		 330 aa  67.8  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 313 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1439  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 322 aa  67  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.257773  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  32.87 
 
 		 333 aa  67  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  30.77 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2099  yersiniabactin transcriptional regulator YbtA  31.78 
 
 		 319 aa  66.2  0.0000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 382 aa  65.9  0.0000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 314 aa  65.9  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 398 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 365 aa  64.7  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  29.19 
 
 		 368 aa  64.3  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 329 aa  64.3  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 399 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  28.97 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  27.94 
 
 		 303 aa  62.4  0.000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0072  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 315 aa  62.4  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.582796 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  27.66 
 
 		 326 aa  62  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  28.47 
 
 		 328 aa  62  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  25.97 
 
 		 318 aa  61.2  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.67 
 
 		 315 aa  61.6  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 311 aa  61.6  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  36.14 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  36.14 
 
 		 323 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1122  positive transcriptional regulator AndR  27.81 
 
 		 321 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  36.14 
 
 		 351 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35070  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 284 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  36.14 
 
 		 323 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 259 aa  60.1  0.00000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  27.06 
 
 		 279 aa  60.5  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2960  putative transcriptional regulator  27.52 
 
 		 314 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236013  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2378  AraC family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 322 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163707 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 319 aa  59.3  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 345 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  29.05 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2225  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 337 aa  59.3  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120601  normal  0.705003 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 277 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  22.19 
 
 		 329 aa  58.9  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1107  AraC family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 321 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.616018  normal  0.0688148 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4771  transcriptional regulator, AraC family  30.59 
 
 		 317 aa  58.9  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  26.44 
 
 		 338 aa  58.9  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 277 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 277 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  26.57 
 
 		 335 aa  58.5  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1192  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 259 aa  58.5  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.933136  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 357 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  22.89 
 
 		 332 aa  58.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1500  helix-turn-helix domain-containing protein  34.88 
 
 		 319 aa  58.2  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.546441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 345 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0403  AraC family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 334 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000043058 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0397  AraC-family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 334 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0394  AraC family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 334 aa  57.4  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000164357 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3614  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.222802 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 350 aa  57.4  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0457  AraC family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 334 aa  57.4  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000383728 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0064  helix-turn-helix, AraC type  36.59 
 
 		 318 aa  57  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.585972  normal  0.173321 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 345 aa  57  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 345 aa  57  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0674  transcriptional regulator, AraC family  27.95 
 
 		 321 aa  56.6  0.0000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  33.96 
 
 		 302 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 347 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0415  AraC-family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 334 aa  55.8  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023741 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2168  transcriptional regulator, AraC family  22.39 
 
 		 325 aa  55.8  0.0000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  29.55 
 
 		 261 aa  55.5  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 336 aa  55.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 347 aa  55.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 336 aa  55.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0862  AraC family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 295 aa  55.5  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185798  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 347 aa  55.5  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 548 aa  55.5  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2100  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 247 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3259  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 332 aa  55.1  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.560164  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 310 aa  55.1  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3774  transcriptional regulator, AraC family  25.62 
 
 		 345 aa  55.5  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  26.54 
 
 		 312 aa  55.1  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0457  transcriptional regulator, AraC family  27.87 
 
 		 331 aa  54.7  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.761894  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 269 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 345 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 268 aa  54.3  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8442  transcriptional regulator, AraC family  24.76 
 
 		 320 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2338  AraC family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 310 aa  54.3  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.438045  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 462 aa  53.9  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 271 aa  54.3  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>