More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3152 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3152  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 257 aa  517  1e-146  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0294751  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6130  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 269 aa  78.6  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.752082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2206  AraC family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 303 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000287978  normal  0.709471 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4210  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 299 aa  72  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000259018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0618  AraC family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105124  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1097  AraC family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022105  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2439  helix-turn-helix domain-containing protein  35.51 
 
 		 322 aa  70.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.856689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2462  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 267 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  27.85 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1056  AraC family transcriptional regulator  41 
 
 		 306 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000221071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  32.69 
 
 		 304 aa  68.9  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0261  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 281 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1692  AraC family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 351 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000028699  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1576  transcriptional regulator, AraC family  41.41 
 
 		 436 aa  67.8  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 300 aa  67  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0235  AraC family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 263 aa  67  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1192  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 259 aa  66.6  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.933136  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 259 aa  66.2  0.0000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0971  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 136 aa  66.6  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000205729  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0995  two component transcriptional regulator, AraC family  23.24 
 
 		 542 aa  65.5  0.0000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 333 aa  65.5  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  38.32 
 
 		 279 aa  64.7  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  32.05 
 
 		 333 aa  65.1  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 277 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 276 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 300 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3532  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 320 aa  65.1  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113977 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  36.19 
 
 		 303 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2099  yersiniabactin transcriptional regulator YbtA  33.65 
 
 		 319 aa  63.9  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2378  AraC family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 322 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163707 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1861  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 283 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 279 aa  63.9  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4197  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 259 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.973971  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1262  AraC family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 290 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3654  putative transcriptional regulator  31.43 
 
 		 274 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.232111  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  43.9 
 
 		 276 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1632  AraC family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.653877  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3347  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 283 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43580  putative transcriptional regulator  36 
 
 		 274 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.417491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4169  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 283 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.961188  normal  0.0248126 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0990  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 281 aa  62.8  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 279 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2994  transcriptional regulator, AraC family  31.9 
 
 		 265 aa  62.8  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  37.65 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 365 aa  62.8  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  30.57 
 
 		 333 aa  62.8  0.000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 347 aa  62.8  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 284 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2938  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 279 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.487848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3576  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 322 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0189219  normal  0.239168 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 276 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 533 aa  62  0.000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0650  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 251 aa  62  0.000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7157  transcriptional regulator, AraC family  43.9 
 
 		 277 aa  62  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.367426 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  38.38 
 
 		 160 aa  62  0.000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  28.06 
 
 		 270 aa  62  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 292 aa  61.6  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0242  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 355 aa  62  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  39.39 
 
 		 284 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4887  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0694091  normal  0.145685 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2601  putative transcriptional regulator  34.95 
 
 		 342 aa  61.6  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0251856 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  30.26 
 
 		 329 aa  61.6  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 307 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4057  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 303 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.681219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4356  AraC family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 366 aa  61.6  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4352  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 274 aa  61.6  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00646909  normal  0.121153 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 301 aa  61.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 281 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3135  transcriptional regulator, AraC family  33.96 
 
 		 282 aa  60.8  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0432  helix-turn-helix domain-containing protein  36.46 
 
 		 307 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.212482 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  31.82 
 
 		 293 aa  60.8  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2259  AraC family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 271 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0423097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0784  helix-turn-helix domain-containing protein  28.86 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.620589  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2671  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 288 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 250 aa  60.5  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8405  transcriptional regulator, AraC family  42.68 
 
 		 273 aa  60.8  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  22.54 
 
 		 537 aa  60.8  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0423  AraC family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 331 aa  60.8  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0482  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 264 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3341  transcriptional regulator, AraC family  28.99 
 
 		 265 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.811719 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0928  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 766 aa  61.2  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.197774  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4086  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 281 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 281 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3935  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 337 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2287  transcriptional regulator, AraC family  36.64 
 
 		 300 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4280  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 281 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.682937 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 306 aa  61.2  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 302 aa  60.5  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  33.05 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4298  AraC family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 271 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.552158  normal  0.269124 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 288 aa  60.5  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 277 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5265  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 		 281 aa  60.5  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0117  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 342 aa  60.5  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3237  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 281 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601996 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1750  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 359 aa  60.1  0.00000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4979  AraC family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 271 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3181  AraC family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 271 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.200885 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>