More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0650 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0650  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 251 aa  524  1e-148  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0866  transcriptional regulator, AraC family  94.82 
 
 		 251 aa  496  1e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0516  putative transcriptional regulator  38.08 
 
 		 264 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05420  putative transcriptional regulator  38.49 
 
 		 264 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 281 aa  118  7e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 281 aa  118  7e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 277 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 277 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  29.08 
 
 		 275 aa  102  4e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  31.15 
 
 		 276 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1732  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 281 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3237  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 281 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601996 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  28.74 
 
 		 278 aa  100  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3705  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 282 aa  98.6  7e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4280  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 281 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.682937 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  29.2 
 
 		 275 aa  97.8  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2165  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 277 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4086  AraC family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 281 aa  96.3  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 276 aa  96.3  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4318  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 272 aa  95.9  5e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103262  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  30.96 
 
 		 278 aa  95.9  6e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2442  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 278 aa  94  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4183  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 282 aa  94  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.43701  normal  0.806695 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6118  putative transcriptional regulator  27.8 
 
 		 266 aa  94  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4394  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 266 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.140673 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2537  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 312 aa  92.4  7e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 271 aa  92  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70530  AraC family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 266 aa  92  9e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.204165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 279 aa  90.5  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  26.32 
 
 		 280 aa  90.5  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 276 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 278 aa  90.5  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3855  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 285 aa  90.9  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 278 aa  90.1  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 280 aa  89.7  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 284 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 278 aa  89.4  5e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0382  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 274 aa  89  6e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 278 aa  88.6  8e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 278 aa  88.6  8e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  28.87 
 
 		 273 aa  87.8  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 278 aa  88.2  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  43.3 
 
 		 284 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  27.87 
 
 		 271 aa  87.4  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0618  AraC family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105124  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1097  AraC family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022105  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1056  AraC family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 306 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000221071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 279 aa  87.4  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2505  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 277 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.470919  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 266 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3802  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 264 aa  86.7  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00614706 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3557  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 269 aa  87  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2887  transcriptional regulator, AraC family  27.98 
 
 		 264 aa  86.3  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  27.71 
 
 		 278 aa  86.3  5e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2206  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 303 aa  85.9  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000287978  normal  0.709471 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  25.41 
 
 		 278 aa  85.9  6e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  27.98 
 
 		 277 aa  85.5  8e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 278 aa  85.5  8e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2348  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 277 aa  84.3  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2497  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 260 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190674  normal  0.610858 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0040  transcriptional regulator, AraC family  29.51 
 
 		 268 aa  83.6  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.451948  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5726  transcriptional regulator, AraC family  34.35 
 
 		 286 aa  84  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  27.8 
 
 		 284 aa  83.6  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 278 aa  83.6  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2324  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 282 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 275 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 278 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1551  transcriptional regulator, AraC family  39.8 
 
 		 281 aa  82.4  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0033  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 281 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1665  transcriptional regulator, AraC family  32.47 
 
 		 271 aa  82  0.000000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.127281  normal  0.0761778 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3439  AraC family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 282 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4452  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 275 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.686924 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5582  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 272 aa  81.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5480  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 264 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.280485 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2911  transcriptional regulator, AraC family  35.4 
 
 		 277 aa  80.5  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2371  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0360277  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3564  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 264 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2434  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 273 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4141  helix-turn-helix domain-containing protein  25.82 
 
 		 278 aa  81.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000207295  hitchhiker  0.0000292463 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4803  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 264 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0617  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 273 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0294699 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4856  negative transcriptional regulator of cel operon  28.19 
 
 		 271 aa  79.3  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0918  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 283 aa  79.3  0.00000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.473523  normal  0.595819 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6120  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 284 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0043  AraC family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 266 aa  79.3  0.00000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  39.58 
 
 		 306 aa  79  0.00000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4705  AraC family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 264 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.974796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1692  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 351 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000028699  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4782  negative transcriptional regulator of cel operon  27.91 
 
 		 271 aa  79  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0663748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3646  AraC family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 275 aa  79  0.00000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01763  transcription regulator protein  28 
 
 		 274 aa  79  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.246898 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4183  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 264 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.928352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2723  AraC family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 273 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0671245 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2795  AraC family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 275 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5781  AraC family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 267 aa  77.8  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273852 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>