More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_00255 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_00255  putative regulatory protein  100 
 
 		 187 aa  380  1e-105  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0244  transcriptional regulator, AraC family  62.03 
 
 		 187 aa  241  3e-63  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0190  helix-turn-helix domain-containing protein  60.89 
 
 		 186 aa  218  3e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.55176  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6599  transcriptional regulator, AraC family  52.17 
 
 		 193 aa  194  7e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4951  transcriptional regulator, AraC family  54.05 
 
 		 187 aa  191  4e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1936  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  49.73 
 
 		 188 aa  187  1e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0105063 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3110  transcriptional regulator, AraC family  51.61 
 
 		 189 aa  181  5.0000000000000004e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1062  AraC family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 193 aa  173  1.9999999999999998e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.504746 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6819  transcriptional regulator, AraC family  45.95 
 
 		 188 aa  171  5e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.632991 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6868  transcriptional regulator, AraC family  47.03 
 
 		 197 aa  171  5.999999999999999e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.431853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1500  AraC family transcriptional regulator  48.92 
 
 		 192 aa  166  2e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000826989  normal  0.0270775 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1512  transcriptional regulator, AraC family  46.24 
 
 		 188 aa  163  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.064462  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6889  transcriptional regulator, AraC family  44.2 
 
 		 200 aa  156  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3326  AraC family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 190 aa  155  4e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2318  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 183 aa  140  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6643  transcriptional regulator, AraC family  38.17 
 
 		 194 aa  137  7e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.367926 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3544  AraC family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 186 aa  125  3e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000242227  normal  0.0918221 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11748  putative regulatory protein  39.89 
 
 		 188 aa  125  5e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6873  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.84 
 
 		 196 aa  72.8  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 539 aa  62  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  24.77 
 
 		 261 aa  60.5  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 298 aa  60.1  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  36.26 
 
 		 365 aa  58.9  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 530 aa  58.9  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2786  AraC family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 411 aa  58.9  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.173826  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 255 aa  58.5  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002640  transcriptional regulator AraC family  33.67 
 
 		 241 aa  58.5  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  38.67 
 
 		 310 aa  58.5  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0600  helix-turn-helix domain-containing protein  30.49 
 
 		 297 aa  58.2  0.00000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0995  two component transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 		 542 aa  58.2  0.00000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 384 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 773 aa  57  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 309 aa  56.6  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1284  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 168 aa  55.8  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 300 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 300 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  32.99 
 
 		 546 aa  55.8  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  24.55 
 
 		 291 aa  55.5  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0888  AraC family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 369 aa  55.5  0.0000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  21.55 
 
 		 262 aa  55.5  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 537 aa  55.1  0.0000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4087  two component transcriptional regulator, AraC family  32.98 
 
 		 350 aa  55.5  0.0000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  26.32 
 
 		 295 aa  55.5  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3119  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.27 
 
 		 293 aa  55.1  0.0000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00676861  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  43.48 
 
 		 513 aa  55.1  0.0000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  30.59 
 
 		 331 aa  55.1  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 308 aa  54.7  0.0000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3095  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 313 aa  54.7  0.0000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 250 aa  54.7  0.0000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1138  two component transcriptional regulator, AraC family  38.57 
 
 		 519 aa  54.7  0.0000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2770  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 328 aa  54.3  0.0000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0029  DNA-binding transcriptional regulator AraC  35.56 
 
 		 242 aa  53.9  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.773429  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1572  AraC-type DNA-binding protein, response regulator  33.33 
 
 		 387 aa  53.9  0.000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 299 aa  53.1  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  29.63 
 
 		 329 aa  53.1  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 281 aa  53.1  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2499  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.63 
 
 		 156 aa  53.1  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4063  putative transcriptional regulator  31.71 
 
 		 271 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.453209 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3892  putative transcriptional regulator  31.71 
 
 		 271 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  27.47 
 
 		 156 aa  52.8  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  27.63 
 
 		 318 aa  52.8  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3876  putative transcriptional regulator  31.71 
 
 		 271 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4001  putative transcriptional regulator  31.71 
 
 		 271 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.940351  normal  0.48087 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3977  helix-turn-helix domain-containing protein  34.85 
 
 		 301 aa  52.8  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 302 aa  52.4  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3956  putative regulatory protein  31.71 
 
 		 271 aa  52.4  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0244269  normal  0.828136 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3115  helix-turn-helix domain-containing protein  37.68 
 
 		 412 aa  52  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3418  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 97 aa  52  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 		 519 aa  52  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.39 
 
 		 283 aa  52  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 300 aa  52  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0610  helix-turn-helix domain-containing protein  28.74 
 
 		 305 aa  52  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 316 aa  52  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  30.56 
 
 		 322 aa  51.6  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3127  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 409 aa  51.6  0.000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3063  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 306 aa  51.6  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1518  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 288 aa  51.6  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  51.2  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1399  transcriptional regulator, AraC family  29.87 
 
 		 158 aa  51.2  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  43.75 
 
 		 347 aa  51.2  0.000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 291 aa  51.2  0.000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29140  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  27.18 
 
 		 279 aa  51.2  0.000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 293 aa  51.2  0.000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  22.73 
 
 		 291 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0876  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 		 405 aa  50.8  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 282 aa  50.4  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 308 aa  50.8  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1284  transcriptional regulator, AraC family  27.16 
 
 		 150 aa  50.8  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113344 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4136  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 278 aa  50.8  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.322145  normal  0.588482 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 223 aa  50.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  25.71 
 
 		 291 aa  50.4  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 185 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 301 aa  50.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 306 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  21.84 
 
 		 261 aa  51.2  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2987  transcriptional regulator fragment  36.76 
 
 		 111 aa  50.1  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.1494  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 319 aa  50.1  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3221  transcriptional regulator, AraC family  36.76 
 
 		 198 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0872  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 292 aa  50.1  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6086  transcriptional regulator, AraC family  24.79 
 
 		 288 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.993456 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>