More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0309 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0309  transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  635    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.312356  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6821  AraC family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 324 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 328 aa  123  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 329 aa  113  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  30.56 
 
 		 331 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 306 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  32.73 
 
 		 334 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 334 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 334 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  31.56 
 
 		 336 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  27.95 
 
 		 330 aa  110  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 324 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 335 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  30.8 
 
 		 331 aa  109  6e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  30.84 
 
 		 330 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  31.11 
 
 		 334 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  29.82 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  30.67 
 
 		 335 aa  107  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 325 aa  105  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7121  transcriptional activator FtrA  34.21 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0749123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  30.67 
 
 		 336 aa  103  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.28 
 
 		 324 aa  102  6e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  26.11 
 
 		 324 aa  102  7e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 344 aa  102  8e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  30.08 
 
 		 332 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  25.45 
 
 		 321 aa  101  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 323 aa  100  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 345 aa  100  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.11 
 
 		 326 aa  99.4  7e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  27.6 
 
 		 324 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  28.26 
 
 		 360 aa  98.6  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 335 aa  98.6  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4139  ThiJ/PfpI domain protein  31 
 
 		 321 aa  97.8  2e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 339 aa  97.8  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 330 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 337 aa  96.7  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  28.21 
 
 		 361 aa  96.7  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1215  transcriptional regulator, AraC family  32.59 
 
 		 356 aa  96.7  5e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.836684  normal  0.0161998 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 330 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1234  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 335 aa  96.3  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  31.56 
 
 		 347 aa  95.1  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 342 aa  95.5  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3631  transcriptional regulator, AraC family  30.09 
 
 		 327 aa  95.5  1e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 338 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  27.47 
 
 		 331 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  26.82 
 
 		 326 aa  94.7  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4046  transcriptional regulator, AraC family  31.34 
 
 		 327 aa  94.4  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.188489  normal  0.0112256 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  27.68 
 
 		 347 aa  94.4  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2856  AraC family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 314 aa  93.6  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2327  transcriptional regulator  29.65 
 
 		 316 aa  92.8  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.223293  normal  0.02817 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 333 aa  92.8  8e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2399  AraC family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 324 aa  92.4  9e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  21.15 
 
 		 320 aa  92  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.22 
 
 		 325 aa  92  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2214  transcriptional activator FtrA  29.53 
 
 		 318 aa  90.9  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00591748  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4747  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 320 aa  91.7  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169446 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0326  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 323 aa  91.3  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.237468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  29.55 
 
 		 336 aa  91.3  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3549  transcriptional regulator, AraC family  32.08 
 
 		 337 aa  90.5  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.757715  normal  0.622262 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  27.23 
 
 		 347 aa  90.9  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  27.23 
 
 		 347 aa  90.5  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  27.62 
 
 		 345 aa  90.1  4e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  28.51 
 
 		 340 aa  90.5  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1693  AraC family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 321 aa  90.5  4e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.69841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1680  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 		 319 aa  90.1  5e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00886314  normal  0.186042 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 332 aa  89.7  6e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0778  transcriptional activator FtrA  29.18 
 
 		 324 aa  89.7  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.221913  normal  0.0400061 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3453  transcriptional activator FtrA  29.44 
 
 		 320 aa  89.7  6e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.171159  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4913  transcriptional activator FtrA  29.44 
 
 		 320 aa  89.7  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.860168  normal  0.680733 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2150  transcriptional activator FtrA  29.46 
 
 		 330 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4864  transcriptional activator FtrA  29.46 
 
 		 324 aa  89.7  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.427794  hitchhiker  0.000178687 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0964  transcriptional activator FtrA  29.13 
 
 		 318 aa  89.4  8e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.368238  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4142  transcriptional regulator, AraC family  31.16 
 
 		 318 aa  89  9e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00637596  normal  0.887483 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 342 aa  89  9e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3774  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 349 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0964953  normal  0.0117202 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3186  AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 333 aa  88.6  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  31.39 
 
 		 322 aa  89  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4348  transcriptional activator FtrA  29.46 
 
 		 324 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000580095 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4426  transcriptional activator FtrA  31.47 
 
 		 331 aa  88.6  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 326 aa  87.8  2e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0835  transcriptional activator FtrA  28.74 
 
 		 318 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  29.34 
 
 		 351 aa  87.8  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0872  transcriptional activator FtrA  28.74 
 
 		 318 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.637455  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1565  transcriptional activator FtrA  28.74 
 
 		 318 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0715182  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0055  transcriptional activator FtrA  28.74 
 
 		 318 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00213604  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  22.43 
 
 		 332 aa  87.4  3e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0431  transcriptional regulator, AraC family  30.67 
 
 		 320 aa  87  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0282  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 342 aa  87.4  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  26.01 
 
 		 322 aa  87.4  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23 
 
 		 327 aa  87  4e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 341 aa  87  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 337 aa  86.7  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.17 
 
 		 293 aa  86.3  6e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1985  transcriptional activator FtrA  28.94 
 
 		 333 aa  86.3  7e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0670847 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6432  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 332 aa  85.9  7e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3112  ThiJ/PfpI domain protein  29.8 
 
 		 321 aa  85.9  8e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.226454  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 341 aa  85.9  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 333 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1271  transcriptional regulator, AraC family  31.17 
 
 		 317 aa  85.5  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.607833  normal  0.171456 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>