More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3156 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3156  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 327 aa  680    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0524869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  24.39 
 
 		 332 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6096  transcriptional regulator, AraC family  43.3 
 
 		 217 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4385  transcriptional regulator, AraC family  23.89 
 
 		 323 aa  63.9  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.357896  decreased coverage  0.000854827 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2562  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 306 aa  63.2  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0914693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2271  transcriptional regulator, AraC family  22.3 
 
 		 326 aa  62.4  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  25.97 
 
 		 304 aa  59.7  0.00000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  34.51 
 
 		 308 aa  59.7  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1299  transcriptional regulator, AraC family  23.67 
 
 		 334 aa  58.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 298 aa  58.5  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  30.37 
 
 		 311 aa  57.8  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 382 aa  57  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1701  AraC family DNA-binding protein  41.1 
 
 		 296 aa  57  0.0000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2748  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 275 aa  56.2  0.0000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.195621  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1911  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 369 aa  55.8  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 302 aa  55.8  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 350 aa  55.8  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2193  AraC family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 323 aa  55.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215033 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20280  transcriptional regulator, AraC family  22.83 
 
 		 309 aa  55.8  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0229385  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17740  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  30.61 
 
 		 322 aa  55.1  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.743146  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 546 aa  54.7  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 315 aa  54.7  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5737  transcriptional regulator, AraC family  33.75 
 
 		 164 aa  55.1  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 305 aa  55.1  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  31.68 
 
 		 263 aa  54.7  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  25.79 
 
 		 335 aa  53.9  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1722  two component AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 508 aa  54.3  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2546  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  24.19 
 
 		 284 aa  53.9  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1710  transcriptional regulator, AraC family  28.71 
 
 		 326 aa  54.3  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.492868 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3533  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 348 aa  53.5  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 303 aa  53.1  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 293 aa  53.5  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 333 aa  53.1  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  32.93 
 
 		 773 aa  53.1  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0920  AraC family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 313 aa  53.1  0.000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0175793  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  22.63 
 
 		 303 aa  52.8  0.000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1795  transcriptional regulator, AraC family  24.41 
 
 		 334 aa  52.8  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0188  transcriptional regulator, AraC family  30.12 
 
 		 286 aa  52.8  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0082  transcriptional regulator, AraC family  36.99 
 
 		 168 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6114  AraC family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 322 aa  52  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 305 aa  52  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4375  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 348 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0074  transcriptional regulator, AraC family  36.99 
 
 		 168 aa  52  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3991  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 348 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2851  transcriptional regulator with PAS/PAC sensors, AraC family  34.21 
 
 		 256 aa  52.4  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.595855 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2439  helix-turn-helix domain-containing protein  27.34 
 
 		 322 aa  52.4  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.856689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  29.34 
 
 		 292 aa  51.2  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  34.57 
 
 		 295 aa  51.6  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2921  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 317 aa  51.6  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3167  AraC family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 343 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 282 aa  51.6  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0889  transcriptional regulator, AraC family  29.21 
 
 		 239 aa  51.6  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1451  transcriptional regulator, AraC family protein  29.81 
 
 		 296 aa  51.2  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0743909  normal  0.362871 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1817  transcriptional regulator, AraC family protein  29.81 
 
 		 296 aa  51.2  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.246217  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  29.06 
 
 		 286 aa  51.2  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  31.08 
 
 		 162 aa  51.2  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0100  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 252 aa  51.2  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16600  transcriptional regulator, AraC family  23.64 
 
 		 301 aa  51.6  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1467  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 296 aa  51.2  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.145729 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01665  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.77 
 
 		 303 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5450  transcriptional regulator, AraC family  31.46 
 
 		 323 aa  50.8  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4422  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 		 327 aa  50.8  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.465856  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1988  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 194 aa  50.8  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.191818  hitchhiker  0.00402915 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01654  hypothetical protein  30.77 
 
 		 303 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  28.7 
 
 		 278 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 343 aa  50.8  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 316 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2081  transcriptional regulator, AraC family  30.68 
 
 		 153 aa  50.8  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.256  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2237  AraC family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 310 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1935  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 303 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1156  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 316 aa  50.4  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2677  transcriptional regulator, AraC family  30.91 
 
 		 274 aa  50.4  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0853  two component transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 509 aa  50.4  0.00004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 356 aa  50.4  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2199  transcriptional regulator, AraC family  37.68 
 
 		 264 aa  50.4  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.379945  hitchhiker  0.00764507 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  31.34 
 
 		 324 aa  50.1  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5541  transcriptional regulator, AraC family  30.12 
 
 		 298 aa  50.1  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1611  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 275 aa  50.1  0.00005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.269856  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2057  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 293 aa  50.1  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.227096  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2295  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 291 aa  50.1  0.00005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0706  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 330 aa  50.1  0.00005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0374737  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 		 325 aa  50.1  0.00006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 324 aa  50.1  0.00006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  31.34 
 
 		 324 aa  50.1  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 548 aa  49.7  0.00006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2666  two component transcriptional regulator, AraC family  37.66 
 
 		 251 aa  49.7  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.21287  normal  0.224489 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 315 aa  49.7  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  31.34 
 
 		 324 aa  49.7  0.00006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0365  transcriptional regulator, AraC family  31.33 
 
 		 299 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  32.11 
 
 		 301 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4811  helix-turn-helix, AraC type  31.33 
 
 		 315 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4095  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 336 aa  49.7  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 188 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 345 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00477  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  24.08 
 
 		 211 aa  49.7  0.00007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4745  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 336 aa  49.7  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2700  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 283 aa  49.7  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2730  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 283 aa  49.7  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.136465 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3422  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 336 aa  49.7  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>