More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3298 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3298  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 388 aa  783    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0233  regulatory protein LacI  44.63 
 
 		 349 aa  256  7e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5743  transcriptional regulator, LacI family  34.24 
 
 		 349 aa  193  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4706  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 339 aa  190  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7045  LacI family transcription regulator  39.56 
 
 		 340 aa  187  3e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0397  LacI family transcription regulator  37.76 
 
 		 371 aa  174  2.9999999999999996e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2894  transcriptional regulator, LacI family  36.2 
 
 		 350 aa  168  2e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3799  transcriptional regulator, LacI family  37.06 
 
 		 356 aa  166  8e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3715  transcriptional regulator, LacI family  37.76 
 
 		 329 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000372976 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0052  LacI family transcription regulator  35.8 
 
 		 364 aa  164  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2898  transcriptional regulator, LacI family  35.93 
 
 		 350 aa  159  5e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7053  LacI family transcription regulator  36.34 
 
 		 350 aa  149  7e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0757  LacI transcriptional regulator  32.52 
 
 		 330 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0884  transcriptional regulator, LacI family  33.54 
 
 		 330 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.45098  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51820  sucrose operon repressor protein  34.35 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.769791  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3846  transcriptional regulator, LacI family  33.52 
 
 		 348 aa  144  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00500845  normal  0.20128 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0313  transcriptional regulator, LacI family  34.88 
 
 		 334 aa  142  9.999999999999999e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0276  LacI family transcription regulator  31.18 
 
 		 347 aa  137  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17860  transcriptional regulator  31.87 
 
 		 339 aa  136  5e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.6068  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0245  LacI family transcription regulator  34.93 
 
 		 339 aa  136  5e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.05929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 351 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  30.39 
 
 		 333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  31.87 
 
 		 346 aa  134  3e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  29.09 
 
 		 332 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  29.09 
 
 		 332 aa  133  6e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2403  transcriptional regulator, LacI family  31.25 
 
 		 379 aa  132  6.999999999999999e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00011763  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  28.79 
 
 		 332 aa  133  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.13 
 
 		 337 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  28.79 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  28.79 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  28.79 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  28.48 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2732  lac repressor  31.3 
 
 		 357 aa  130  3e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.02392  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  28.48 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2828  LacI family transcription regulator  33.44 
 
 		 434 aa  130  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0937  LacI family transcription regulator  30.95 
 
 		 337 aa  130  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.266523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002664  LacI-family regulatory protein  30.39 
 
 		 341 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4870  transcriptional regulator, LacI family  31.63 
 
 		 336 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.191051  normal  0.157 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  28.79 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  30.18 
 
 		 332 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2238  transcriptional regulator, LacI family  31.25 
 
 		 340 aa  130  5.0000000000000004e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7040  LacI family transcription regulator  32.62 
 
 		 353 aa  130  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02195  transcription regulator transcription regulator protein  31.23 
 
 		 355 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.479594  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  28.48 
 
 		 332 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3841  transcriptional regulator, LacI family  31.53 
 
 		 346 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.455211 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4918  transcriptional regulator, LacI family  31.53 
 
 		 346 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  29.05 
 
 		 330 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0429  LacI family transcription regulator  32 
 
 		 336 aa  128  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.75563  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0881  transcriptional regulator, LacI family  28.98 
 
 		 336 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00312464  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4611  transcriptional regulator, LacI family  31.16 
 
 		 344 aa  128  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4339  LacI family transcription regulator  35 
 
 		 373 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3070  LacI family transcription regulator  33.03 
 
 		 338 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1216  LacI family transcription regulator  33.03 
 
 		 338 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129549  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0651  LacI family transcription regulator  33.03 
 
 		 338 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1413  LacI family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 341 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.492871  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1420  LacI family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 338 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0502  LacI family transcription regulator  33.03 
 
 		 338 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  28.92 
 
 		 347 aa  127  5e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2073  transcriptional regulator, LacI family  32.62 
 
 		 336 aa  125  9e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000787477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.06 
 
 		 330 aa  125  9e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  29.11 
 
 		 333 aa  125  9e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  28.13 
 
 		 331 aa  125  9e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0131  transcriptional regulator, LacI family  32.62 
 
 		 343 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  29.91 
 
 		 349 aa  125  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  30.99 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  30.99 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  31.42 
 
 		 368 aa  125  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2373  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 346 aa  125  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1207  alanine racemase  28.44 
 
 		 339 aa  125  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  30.48 
 
 		 361 aa  124  2e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  30.48 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  30.99 
 
 		 332 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  30.99 
 
 		 332 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1164  LacI family transcription regulator  31.2 
 
 		 344 aa  125  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1193  transcriptional regulator, LacI family  28.61 
 
 		 326 aa  124  3e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.502548  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0382  transcriptional regulator, LacI family  35 
 
 		 360 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  27.74 
 
 		 332 aa  124  3e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  32.15 
 
 		 339 aa  124  4e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  26.96 
 
 		 323 aa  123  4e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  26.96 
 
 		 323 aa  123  4e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.87 
 
 		 341 aa  124  4e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.79 
 
 		 341 aa  124  4e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3586  transcriptional regulator, LacI family  30.06 
 
 		 333 aa  123  5e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  28.37 
 
 		 336 aa  123  6e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  26.96 
 
 		 323 aa  123  6e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  30.7 
 
 		 332 aa  123  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1262  lac repressor  32.43 
 
 		 357 aa  123  6e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000349798  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0371  transcriptional regulator, LacI family  32.02 
 
 		 339 aa  123  6e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.802173 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  28.29 
 
 		 331 aa  123  7e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 326 aa  122  7e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2892  transcriptional regulator, LacI family  31.91 
 
 		 340 aa  123  7e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.207309  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4990  transcriptional regulator, LacI family  32.73 
 
 		 342 aa  122  7e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0202864 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3665  LacI family transcription regulator  29.45 
 
 		 343 aa  122  9e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1769  LacI family transcription regulator  27.9 
 
 		 339 aa  122  9.999999999999999e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0426  transcriptional regulator, LacI family  31.61 
 
 		 381 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5347  transcriptional regulator, LacI family  30.56 
 
 		 335 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.993623  normal  0.389225 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  28.44 
 
 		 333 aa  122  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3843  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 340 aa  122  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00298813  normal  0.0397253 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4415  transcriptional regulator, LacI family  32.25 
 
 		 342 aa  122  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2720  transcriptional regulator, LacI family  30.33 
 
 		 337 aa  122  9.999999999999999e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.687845  normal  0.476409 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>