More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0827 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0827  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  610  9.999999999999999e-175  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000316121  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2888  AraC family transcriptional regulator  50.55 
 
 		 286 aa  290  1e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0357518  hitchhiker  0.0034345 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2306  AraC family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 291 aa  240  2e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.80153  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2506  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.707887  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2057  AraC family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 293 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.227096  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 259 aa  69.3  0.00000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1750  AraC family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 359 aa  68.9  0.00000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  39.76 
 
 		 250 aa  68.2  0.0000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 361 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 356 aa  68.2  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 		 513 aa  67.4  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3015  transcriptional regulator  32.71 
 
 		 283 aa  67  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.103584  normal  0.15969 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  39.76 
 
 		 250 aa  66.6  0.0000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 286 aa  66.2  0.0000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 290 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 		 291 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 537 aa  65.1  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 519 aa  65.5  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 299 aa  65.5  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 204 aa  65.1  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2159  regulatory protein PocR  33.65 
 
 		 303 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.385139  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2380  transcriptional regulator, AraC family  34.12 
 
 		 300 aa  64.7  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2259  regulatory protein PocR  33.65 
 
 		 303 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.746184  normal  0.221956 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 277 aa  64.7  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 307 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 277 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5369  transcriptional regulator, AraC family  24.1 
 
 		 288 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.239018 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2213  regulatory protein PocR  33.65 
 
 		 303 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.639643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2372  regulatory protein PocR  33.65 
 
 		 303 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.740068  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  35.23 
 
 		 322 aa  64.7  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  24.31 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 285 aa  63.9  0.000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1945  transcriptional regulator, AraC family  35.65 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2206  regulatory protein PocR  33.65 
 
 		 303 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.742166  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 273 aa  63.9  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3497  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 198 aa  63.5  0.000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.27794  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0737  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.59 
 
 		 290 aa  63.5  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0928  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 766 aa  63.2  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.197774  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 359 aa  63.2  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  23.96 
 
 		 301 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3252  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 257 aa  63.2  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3840  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  33.33 
 
 		 198 aa  63.2  0.000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2022  transcriptional regulator, AraC family  25.83 
 
 		 282 aa  62.8  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0521834 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 278 aa  62.4  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 281 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 277 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  22.35 
 
 		 300 aa  62.4  0.000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 285 aa  62.4  0.000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 533 aa  62.4  0.000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 281 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  34.94 
 
 		 250 aa  61.6  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5606  transcriptional regulator, AraC family  24.3 
 
 		 279 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0545512  normal  0.986843 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  25.82 
 
 		 301 aa  62  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  31.4 
 
 		 515 aa  62  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5702  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.946416 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 299 aa  62  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01153  transcriptional regulator  23.24 
 
 		 283 aa  61.6  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.593212  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  20.08 
 
 		 286 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3585  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  34.34 
 
 		 198 aa  61.2  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 409 aa  61.2  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3485  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 198 aa  61.2  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.781082  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3751  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  34.34 
 
 		 198 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000128468 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  34.12 
 
 		 409 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3627  DNA gyrase inhibitor  32 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000240584  hitchhiker  0.00747313 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  25.55 
 
 		 291 aa  61.6  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3869  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  34.34 
 
 		 198 aa  61.2  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 548 aa  61.2  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  26.36 
 
 		 530 aa  61.2  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 118 aa  61.6  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0441  transcriptional regulator  27.53 
 
 		 188 aa  61.2  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.586724  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2356  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 296 aa  61.2  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  27.88 
 
 		 255 aa  60.8  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3380  helix-turn-helix domain-containing protein  34.02 
 
 		 288 aa  60.8  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2890  transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 		 300 aa  60.8  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.178075  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 290 aa  61.2  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  24.55 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 427 aa  60.5  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 294 aa  60.5  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2277  regulatory protein PocR  30.97 
 
 		 304 aa  60.8  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000774305  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1459  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  31.82 
 
 		 198 aa  60.5  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000164097 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 285 aa  60.5  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3327  AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 146 aa  60.5  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000116444  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2497  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 260 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190674  normal  0.610858 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 440 aa  60.1  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0179  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 388 aa  60.1  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0264145  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  34.12 
 
 		 185 aa  60.1  0.00000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  29.52 
 
 		 291 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  34.12 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1536  putative AraC family DNA-binding protein  25.88 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3127  transcriptional regulator, AraC family  34.12 
 
 		 409 aa  60.1  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2813  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.65 
 
 		 290 aa  59.7  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3508  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 196 aa  60.1  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0210792  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>