More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2888 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2888  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 286 aa  593  1e-169  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0357518  hitchhiker  0.0034345 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0827  AraC family transcriptional regulator  50.55 
 
 		 292 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000316121  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2306  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 		 291 aa  296  2e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.80153  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2506  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 303 aa  86.3  5e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.707887  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 361 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 154 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  31.19 
 
 		 294 aa  73.2  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0928  AraC family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 766 aa  72  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.197774  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3550  transcriptional regulator, AraC family  27.95 
 
 		 313 aa  70.1  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  34.69 
 
 		 330 aa  69.7  0.00000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 283 aa  69.7  0.00000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 409 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 299 aa  68.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  39.76 
 
 		 409 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 517 aa  67.4  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2206  regulatory protein PocR  28.99 
 
 		 303 aa  67  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.742166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3127  transcriptional regulator, AraC family  39.76 
 
 		 409 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  28.7 
 
 		 513 aa  67.4  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  33.7 
 
 		 427 aa  67.4  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3034  two component AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 556 aa  67  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00618221  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 299 aa  67  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3327  AraC family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 146 aa  66.6  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000116444  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  27.86 
 
 		 301 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  39.76 
 
 		 185 aa  66.6  0.0000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1536  putative AraC family DNA-binding protein  27.83 
 
 		 310 aa  66.6  0.0000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 273 aa  66.6  0.0000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  22.8 
 
 		 519 aa  66.2  0.0000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2380  transcriptional regulator, AraC family  34.09 
 
 		 300 aa  65.9  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2159  regulatory protein PocR  28.26 
 
 		 303 aa  65.9  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.385139  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2213  regulatory protein PocR  28.26 
 
 		 303 aa  65.9  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.639643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2259  regulatory protein PocR  28.26 
 
 		 303 aa  65.9  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.746184  normal  0.221956 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2372  regulatory protein PocR  28.26 
 
 		 303 aa  65.9  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.740068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 356 aa  65.5  0.0000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 409 aa  65.1  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 409 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 409 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 533 aa  65.1  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  38.55 
 
 		 250 aa  65.1  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  35.09 
 
 		 322 aa  65.1  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 291 aa  65.1  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 292 aa  65.1  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 290 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  35.23 
 
 		 259 aa  64.7  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 313 aa  63.9  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2356  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  26 
 
 		 289 aa  63.5  0.000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  38.55 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  23.05 
 
 		 278 aa  63.5  0.000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 301 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 360 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  26.47 
 
 		 287 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 277 aa  62.8  0.000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 359 aa  62.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  31.31 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 303 aa  62.8  0.000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 286 aa  62.4  0.000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 326 aa  62.4  0.000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  24.29 
 
 		 278 aa  62.4  0.000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 291 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 301 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3115  helix-turn-helix domain-containing protein  31.3 
 
 		 412 aa  62  0.00000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2057  AraC family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 293 aa  62  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.227096  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2885  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  29.63 
 
 		 295 aa  62  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 301 aa  62  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  29.55 
 
 		 356 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 360 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 307 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1710  transcriptional regulator, AraC family  35.63 
 
 		 326 aa  62  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.492868 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3646  AraC family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 275 aa  61.6  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2022  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 282 aa  61.6  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0521834 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  22.39 
 
 		 289 aa  61.6  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4415  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 303 aa  62  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2277  regulatory protein PocR  35.16 
 
 		 304 aa  62  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000774305  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0410  two component transcriptional regulator, AraC family  37.93 
 
 		 233 aa  62  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  24.29 
 
 		 278 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  24.29 
 
 		 278 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5603  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 409 aa  61.2  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0116  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 351 aa  60.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.615337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  24.29 
 
 		 278 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  28.79 
 
 		 393 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  24.11 
 
 		 255 aa  61.2  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  24.29 
 
 		 278 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  24.29 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 462 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  24.29 
 
 		 278 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 285 aa  61.2  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 		 332 aa  61.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 290 aa  61.2  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 288 aa  61.2  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5355  AraC family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 340 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.924239 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  24.29 
 
 		 278 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  36.67 
 
 		 118 aa  61.6  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  30.61 
 
 		 530 aa  60.5  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>