More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2306 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2306  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  607  1e-173  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.80153  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2888  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 		 286 aa  293  3e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0357518  hitchhiker  0.0034345 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0827  AraC family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 292 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000316121  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2506  transcriptional regulator, AraC family  25.69 
 
 		 303 aa  88.2  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.707887  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0737  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.5 
 
 		 290 aa  68.9  0.00000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2340  helix-turn-helix domain-containing protein  26.54 
 
 		 290 aa  68.9  0.00000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.581264  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  67  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  29.59 
 
 		 294 aa  67  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2813  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.5 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 326 aa  66.6  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3988  transcriptional regulator, AraC family  22.76 
 
 		 291 aa  66.6  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00119398  normal  0.630817 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 302 aa  66.2  0.0000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 283 aa  65.9  0.0000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 308 aa  65.9  0.0000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  36.9 
 
 		 286 aa  65.5  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1536  putative AraC family DNA-binding protein  25.4 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  33.65 
 
 		 303 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 290 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0928  AraC family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 766 aa  63.9  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.197774  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 427 aa  63.5  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 285 aa  63.9  0.000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  36.14 
 
 		 291 aa  63.9  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  35.54 
 
 		 282 aa  63.5  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 154 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  30.19 
 
 		 255 aa  63.5  0.000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  35.29 
 
 		 250 aa  63.2  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 291 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  32.18 
 
 		 286 aa  61.6  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5348  transcriptional regulator, AraC family  22.22 
 
 		 291 aa  61.6  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.226075 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  23.37 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2332  transcriptional regulator, AraC family  32.74 
 
 		 311 aa  62  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000141159  normal  0.457995 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 299 aa  62  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  35.29 
 
 		 250 aa  62  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 293 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  34.52 
 
 		 298 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001047  transcriptional regulator AraC family  37.86 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 		 322 aa  61.6  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  35.63 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 294 aa  60.8  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5736  transcriptional regulator, AraC family  32.95 
 
 		 302 aa  60.8  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.458087  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  31.03 
 
 		 293 aa  60.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0632  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 327 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0334632 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1667  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 		 281 aa  60.5  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  25.95 
 
 		 324 aa  59.7  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  34.94 
 
 		 291 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 259 aa  59.7  0.00000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2645  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 156 aa  59.7  0.00000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0441  transcriptional regulator  39.51 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.586724  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 316 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 294 aa  59.3  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2939  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.34 
 
 		 289 aa  59.3  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0806864  normal  0.433201 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  32.05 
 
 		 306 aa  58.9  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 296 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3627  DNA gyrase inhibitor  34.34 
 
 		 300 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000240584  hitchhiker  0.00747313 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  22.59 
 
 		 288 aa  58.5  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 143 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  36.05 
 
 		 296 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0879  AraC/XylS family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000031891  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 303 aa  58.5  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05224  hypothetical protein  27.88 
 
 		 276 aa  58.5  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  20.69 
 
 		 287 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  26.73 
 
 		 332 aa  58.9  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2943  helix-turn-helix domain-containing protein  29.32 
 
 		 307 aa  57.4  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0314532  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2380  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0709  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 292 aa  57.4  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 345 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  26.47 
 
 		 305 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 267 aa  58.2  0.0000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  26.47 
 
 		 305 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  20.46 
 
 		 290 aa  58.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  21.05 
 
 		 301 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1633  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 386 aa  57.8  0.0000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1750  AraC family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 359 aa  57.8  0.0000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 249 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  30.53 
 
 		 301 aa  57  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  31.03 
 
 		 291 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 361 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 356 aa  57  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  21.05 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  29.21 
 
 		 513 aa  57  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5804  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 305 aa  57.4  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  21.67 
 
 		 288 aa  57  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0589  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 335 aa  57.4  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.564804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  23.44 
 
 		 289 aa  57  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2885  AraC family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 299 aa  57  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  31.01 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  23.13 
 
 		 538 aa  57.4  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  20.88 
 
 		 287 aa  57.4  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 273 aa  57.4  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 296 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 533 aa  57  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2701  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.42 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.485012  normal  0.370839 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>