More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5606 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5606  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 279 aa  586  1e-166  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0545512  normal  0.986843 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2050  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.192935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2481  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 279 aa  116  5e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0594391  normal  0.9784 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3015  transcriptional regulator  23.16 
 
 		 283 aa  93.2  4e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.103584  normal  0.15969 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0837  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  23.79 
 
 		 287 aa  81.6  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126222 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1856  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  23.79 
 
 		 280 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.348031  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1429  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  23.79 
 
 		 280 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.670453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2029  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  23.79 
 
 		 280 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1444  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  23.79 
 
 		 280 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1412  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  23.79 
 
 		 280 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212987  normal  0.035912 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1709  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  23.99 
 
 		 272 aa  73.2  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01704  DNA-binding transcriptional dual regulator  23.05 
 
 		 280 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.906027  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1897  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  23.05 
 
 		 279 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.737431  normal  0.387468 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1907  transcriptional regulator, AraC family  23.05 
 
 		 279 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00680023  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1817  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  23.05 
 
 		 279 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.208317  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1456  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  23.05 
 
 		 279 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.276942 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2453  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  23.05 
 
 		 279 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01692  hypothetical protein  23.05 
 
 		 280 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1956  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  21.57 
 
 		 279 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1094  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  26.28 
 
 		 276 aa  70.5  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000146314  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1147  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  26.28 
 
 		 280 aa  70.5  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0420293  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3571  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  26.28 
 
 		 276 aa  70.5  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000174355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0827  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000316121  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  20.53 
 
 		 285 aa  65.9  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 		 296 aa  65.9  0.0000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2310  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.62 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.120361  normal  0.040249 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  25.77 
 
 		 273 aa  63.5  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  25.77 
 
 		 273 aa  63.5  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  25.77 
 
 		 273 aa  63.5  0.000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 259 aa  61.2  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0841  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 		 300 aa  59.7  0.00000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1223  transcriptional regulator, AraC family  21.19 
 
 		 284 aa  59.3  0.00000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0726394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6118  putative transcriptional regulator  21.79 
 
 		 266 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0508  transcriptional regulator, AraC family  24.26 
 
 		 295 aa  58.9  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.3342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70530  AraC family transcriptional regulator  22.14 
 
 		 266 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.204165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0565  AraC family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 289 aa  58.2  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5348  transcriptional regulator, AraC family  22.26 
 
 		 291 aa  58.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.226075 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4952  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 292 aa  57  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.017601  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0737  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.95 
 
 		 290 aa  57.4  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359471  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  33.77 
 
 		 301 aa  57  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  21.85 
 
 		 290 aa  56.2  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3607  transcriptional regulator, AraC family  22.48 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  31.76 
 
 		 324 aa  55.5  0.0000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 324 aa  55.5  0.0000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2340  helix-turn-helix domain-containing protein  36.23 
 
 		 290 aa  55.5  0.0000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.581264  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  31.76 
 
 		 324 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 324 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  32.94 
 
 		 250 aa  55.5  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  21.34 
 
 		 278 aa  55.1  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1148  AraC family transcriptional regulator  21.82 
 
 		 323 aa  54.7  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00767065  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  26.76 
 
 		 1343 aa  54.3  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4043  transcriptional regulator, AraC family  20.68 
 
 		 303 aa  54.7  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2642  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 109 aa  54.3  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.736887 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0500  transcriptional activator RhaS  23.92 
 
 		 279 aa  54.3  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1856  transcriptional regulator, AraC family  29.09 
 
 		 320 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.922042  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 321 aa  53.9  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2509  transcriptional regulator, AraC family  21.62 
 
 		 277 aa  53.5  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  32.94 
 
 		 250 aa  53.5  0.000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1066  transcriptional regulator, AraC family  29.49 
 
 		 299 aa  53.1  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  21.17 
 
 		 287 aa  53.5  0.000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2813  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.5 
 
 		 290 aa  53.1  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0421  transcriptional activator RhaS  23.64 
 
 		 279 aa  52.8  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4328  transcriptional regulator, AraC family  20.23 
 
 		 310 aa  52.8  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.11303 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2143  transcriptional regulator, AraC family  19.62 
 
 		 278 aa  52.4  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  22.29 
 
 		 306 aa  52.8  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1802  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 281 aa  52.4  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.460896 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  21.62 
 
 		 273 aa  52.4  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  22.22 
 
 		 284 aa  52  0.000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  27.35 
 
 		 294 aa  51.6  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3988  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 291 aa  51.6  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00119398  normal  0.630817 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  23.19 
 
 		 307 aa  51.6  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6978  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain-like protein  22.71 
 
 		 302 aa  52  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.16745 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  31.43 
 
 		 1418 aa  52  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4858  response regulator receiver protein  21.32 
 
 		 279 aa  52  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00250208  normal  0.0726035 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  22.61 
 
 		 278 aa  52  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  20.48 
 
 		 278 aa  51.6  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3229  transcriptional regulator, AraC family  34.52 
 
 		 326 aa  52  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.382079  normal  0.686696 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  25.49 
 
 		 272 aa  52  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1710  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 326 aa  51.2  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.492868 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  21.21 
 
 		 278 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4130  putative transcriptional regulator  30.12 
 
 		 265 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  29.87 
 
 		 307 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2939  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  20.3 
 
 		 289 aa  50.8  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0806864  normal  0.433201 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  22.81 
 
 		 291 aa  51.2  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 332 aa  50.8  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 301 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5635  transcriptional regulator, AraC family  19.07 
 
 		 282 aa  50.8  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0154737  normal  0.936217 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3402  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  22.27 
 
 		 281 aa  50.4  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 319 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 301 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 492 aa  50.1  0.00004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1731  AraC family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 302 aa  50.1  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.533642 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 319 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47910  putative transcriptional regulator  30.12 
 
 		 224 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00926121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0396  AraC-like transcriptional regulator  22 
 
 		 285 aa  50.1  0.00004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000261695 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 319 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28660  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  19.93 
 
 		 300 aa  50.1  0.00004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  21.2 
 
 		 280 aa  49.7  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5518  response regulator receiver protein  22.29 
 
 		 284 aa  49.7  0.00005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.484795  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  22.01 
 
 		 290 aa  49.7  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>