More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A1429 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011083  SeHA_C1444  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  100 
 
 		 280 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1856  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  100 
 
 		 280 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.348031  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1429  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  100 
 
 		 280 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.670453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1412  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  100 
 
 		 280 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212987  normal  0.035912 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2029  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  100 
 
 		 280 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01704  DNA-binding transcriptional dual regulator  86.02 
 
 		 280 aa  508  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.906027  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1907  transcriptional regulator, AraC family  85.66 
 
 		 279 aa  507  1e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00680023  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01692  hypothetical protein  86.02 
 
 		 280 aa  508  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1456  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  85.66 
 
 		 279 aa  508  1e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.276942 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2453  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  85.66 
 
 		 279 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1817  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  85.66 
 
 		 279 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.208317  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1897  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  85.66 
 
 		 279 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.737431  normal  0.387468 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1956  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  85.3 
 
 		 279 aa  504  9.999999999999999e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1709  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  82.29 
 
 		 272 aa  470  1e-132  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1147  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  68.28 
 
 		 280 aa  388  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0420293  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1094  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  68.94 
 
 		 276 aa  387  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000146314  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3571  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  68.94 
 
 		 276 aa  387  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000174355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0837  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  65.57 
 
 		 287 aa  382  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126222 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2050  AraC family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 284 aa  85.5  9e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.192935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2481  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 279 aa  79.7  0.00000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0594391  normal  0.9784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5606  transcriptional regulator, AraC family  21.07 
 
 		 279 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0545512  normal  0.986843 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0654  transcriptional regulator, AraC family  22.88 
 
 		 264 aa  68.2  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0490278 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 250 aa  64.3  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 283 aa  63.9  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0213  transcriptional regulator, AraC family protein  28.57 
 
 		 287 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00887507 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1617  AraC family transcriptional regulator  22.06 
 
 		 304 aa  60.8  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.583151  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 		 292 aa  61.2  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  32.53 
 
 		 361 aa  61.2  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  24.3 
 
 		 292 aa  61.6  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  34.09 
 
 		 1201 aa  61.2  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2310  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 256 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.141971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0769  transcriptional regulator, AraC family  24.38 
 
 		 266 aa  59.3  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0820  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  24.79 
 
 		 259 aa  59.3  0.00000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  24.68 
 
 		 286 aa  59.3  0.00000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1839  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 281 aa  59.3  0.00000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0353  MSM (multiple sugar metabolism) operon regulatory protein  26.69 
 
 		 301 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0574  AraC family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 311 aa  58.2  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0798057  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0094  transcriptional regulator, AraC family  37.35 
 
 		 185 aa  57.8  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1536  putative AraC family DNA-binding protein  41.67 
 
 		 310 aa  57.8  0.0000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2890  transcriptional regulator, AraC family  23.08 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.178075  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  21.25 
 
 		 291 aa  57.4  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  32.53 
 
 		 255 aa  58.2  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  24.44 
 
 		 288 aa  57.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 338 aa  57  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  34.52 
 
 		 330 aa  57  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.89 
 
 		 323 aa  57  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3855  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 285 aa  57.4  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  31.11 
 
 		 345 aa  56.6  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  26.95 
 
 		 335 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.39 
 
 		 289 aa  56.2  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3290  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 324 aa  56.6  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1008  Fis family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 346 aa  56.2  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254492 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 338 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0079  transcriptional regulator, AraC family  34.88 
 
 		 187 aa  56.2  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.294253  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  25.79 
 
 		 273 aa  56.2  0.0000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1619  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.1 
 
 		 286 aa  55.8  0.0000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0667714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 287 aa  55.5  0.0000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3383  transcriptional regulator  30.85 
 
 		 320 aa  55.5  0.0000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.690138  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3445  transcriptional regulator  30.85 
 
 		 320 aa  55.5  0.0000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.68449 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3394  transcriptional regulator  30.85 
 
 		 320 aa  55.5  0.0000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.482598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1945  transcriptional regulator, AraC family  32.97 
 
 		 278 aa  55.1  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  37.31 
 
 		 331 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2197  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 314 aa  55.1  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 286 aa  55.5  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0731  transcriptional regulator  25.58 
 
 		 349 aa  55.5  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.523916 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 299 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 255 aa  55.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 316 aa  55.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4602  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 279 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0287774  normal  0.364439 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  23.86 
 
 		 294 aa  54.7  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 286 aa  54.3  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  25.4 
 
 		 273 aa  54.7  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  25.88 
 
 		 332 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 		 162 aa  54.3  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 303 aa  54.3  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 299 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  38.89 
 
 		 307 aa  54.7  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 330 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1287  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 260 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.400393 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  25.4 
 
 		 273 aa  54.7  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0972  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 336 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5349  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 325 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 364 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 		 300 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 		 300 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 305 aa  53.9  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 300 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2823  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 285 aa  53.9  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 300 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  27.69 
 
 		 309 aa  53.9  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  20.59 
 
 		 249 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4131  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 260 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2672  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 270 aa  53.5  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 300 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  23.83 
 
 		 333 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1312  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 309 aa  53.9  0.000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 300 aa  53.9  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  26.36 
 
 		 250 aa  53.1  0.000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0928  AraC family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 77 aa  53.5  0.000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0265632  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>