More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0180 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0180  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 378 aa  784    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.34579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0324  AraC family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 383 aa  284  2.0000000000000002e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.645662 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0179  AraC family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 388 aa  262  6e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0264145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3613  AraC family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 385 aa  251  1e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.350742  normal  0.0515113 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 332 aa  72.4  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3336  AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 367 aa  72.8  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 331 aa  72  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  30.07 
 
 		 1376 aa  70.5  0.00000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6470  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 350 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282147  normal  0.882875 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5718  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 350 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.796756 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  29.69 
 
 		 298 aa  67.8  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7049  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 350 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  35.4 
 
 		 278 aa  66.6  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1443  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 350 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.559514  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3887  two component AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 252 aa  66.6  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6385  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 350 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2885  AraC family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1856  transcriptional regulator, AraC family  32.2 
 
 		 793 aa  65.5  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.1682  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  26.96 
 
 		 1374 aa  65.5  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.93 
 
 		 415 aa  64.7  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 274 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 318 aa  64.3  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 269 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2150  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 314 aa  63.5  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.28417  normal  0.200659 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  29.86 
 
 		 274 aa  62.8  0.000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  37.21 
 
 		 118 aa  62.8  0.000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 274 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  30.47 
 
 		 993 aa  62.8  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 301 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3261  helix-turn-helix domain-containing protein  32.11 
 
 		 339 aa  62  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.0000231694  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6928  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 350 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  31.37 
 
 		 1414 aa  62.4  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  31.39 
 
 		 285 aa  62.4  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 313 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  29.91 
 
 		 1347 aa  62.4  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0345  helix-turn-helix domain-containing protein  43.04 
 
 		 305 aa  62.8  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2050  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 284 aa  61.6  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.192935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40.21 
 
 		 289 aa  61.6  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1703  putative transcriptional regulator  31.82 
 
 		 294 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0448635  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  30.77 
 
 		 301 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 307 aa  61.2  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 315 aa  61.2  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  39.53 
 
 		 287 aa  61.2  0.00000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  39.29 
 
 		 280 aa  60.8  0.00000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 492 aa  61.2  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19800  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 247 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  32.53 
 
 		 515 aa  61.2  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  30.77 
 
 		 307 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  41.18 
 
 		 286 aa  60.8  0.00000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2158  two component transcriptional regulator, AraC family  33.68 
 
 		 493 aa  60.5  0.00000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1706  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 778 aa  60.5  0.00000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0404668  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  36.79 
 
 		 328 aa  60.5  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  36.9 
 
 		 347 aa  60.1  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  27.43 
 
 		 1335 aa  60.1  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 321 aa  60.1  0.00000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  30.68 
 
 		 513 aa  60.1  0.00000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2467  two component transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 251 aa  59.7  0.00000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 340 aa  59.7  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 345 aa  59.7  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  39.19 
 
 		 270 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  31.87 
 
 		 320 aa  59.3  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1189  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 550 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.459992  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2674  AraC family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 271 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1613  cupin 2 domain-containing protein  32.38 
 
 		 299 aa  59.3  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0246689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 519 aa  59.3  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 322 aa  59.3  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 302 aa  59.3  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1497  AraC family transcription regulator  31.63 
 
 		 337 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.141505  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1411  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 337 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.439169  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2152  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 275 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.369795 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  35.05 
 
 		 285 aa  58.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2962  AraC family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 338 aa  58.9  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0013  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 485 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.344073  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  32.32 
 
 		 288 aa  58.5  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  34.52 
 
 		 1366 aa  58.5  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 303 aa  58.5  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  24.65 
 
 		 1201 aa  58.5  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 		 282 aa  58.5  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3580  AraC family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 159 aa  58.5  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0149  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 331 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.511163  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0427  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 331 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.459699  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1151  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 342 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0648007  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 301 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 289 aa  58.2  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2007  two component AraC family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 529 aa  58.2  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0536  transcriptional regulator  30.3 
 
 		 318 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1388  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 336 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00534804  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5371  transcriptional regulator, AraC family  36.99 
 
 		 326 aa  58.2  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3660  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 332 aa  57.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.954099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1867  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 312 aa  58.2  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.122856  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 390 aa  57.8  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 517 aa  57.8  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 301 aa  57.8  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  30.21 
 
 		 1388 aa  58.2  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 760 aa  57.8  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 311 aa  57.8  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5609  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 171 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519002  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 347 aa  58.2  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1710  transcriptional regulator, AraC family  37.84 
 
 		 326 aa  57.4  0.0000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.492868 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>