More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2928 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 390 aa  803    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  60.05 
 
 		 390 aa  485  1e-136  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  41.41 
 
 		 404 aa  320  3e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 385 aa  219  8.999999999999998e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 392 aa  206  4e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 389 aa  200  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 381 aa  187  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 377 aa  159  7e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 379 aa  143  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  26.75 
 
 		 379 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 379 aa  123  6e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  27.22 
 
 		 373 aa  117  3e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  25 
 
 		 379 aa  112  8.000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  24.88 
 
 		 406 aa  104  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  48.98 
 
 		 106 aa  100  6e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  25.91 
 
 		 390 aa  95.1  2e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 392 aa  94.4  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 		 363 aa  94  4e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  27.63 
 
 		 285 aa  92  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 385 aa  91.7  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  37.88 
 
 		 359 aa  92  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  26.93 
 
 		 371 aa  91.3  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.77 
 
 		 398 aa  89  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  25.14 
 
 		 328 aa  89.4  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  36.03 
 
 		 349 aa  88.2  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 370 aa  88.2  2e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.29 
 
 		 389 aa  85.5  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  25.64 
 
 		 375 aa  85.9  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  20.49 
 
 		 381 aa  84  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 422 aa  84  0.000000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 337 aa  83.2  0.000000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.67 
 
 		 389 aa  82.8  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  35.78 
 
 		 376 aa  82.4  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 347 aa  81.6  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 383 aa  80.9  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 393 aa  81.3  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 399 aa  80.9  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 380 aa  80.1  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 364 aa  79.3  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 399 aa  78.6  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 349 aa  77.4  0.0000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  36.19 
 
 		 353 aa  75.1  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 358 aa  74.3  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 362 aa  74.3  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 391 aa  72  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 513 aa  72  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 368 aa  71.6  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  35.24 
 
 		 349 aa  71.2  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  34.95 
 
 		 357 aa  70.5  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  33.78 
 
 		 352 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 335 aa  70.1  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  36.56 
 
 		 380 aa  69.7  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  37.23 
 
 		 760 aa  68.6  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  22.52 
 
 		 377 aa  67  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4426  AraC family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 290 aa  67  0.0000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378526 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 438 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4415  AraC family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 303 aa  66.2  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19800  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 247 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  35.63 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  30.25 
 
 		 118 aa  62.8  0.000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 274 aa  62.8  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 269 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  38.64 
 
 		 301 aa  62  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1703  putative transcriptional regulator  29.73 
 
 		 294 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0448635  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0732  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 331 aa  61.6  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 295 aa  61.2  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.17 
 
 		 394 aa  61.2  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1736  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 146 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.228742  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 185 aa  61.6  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 		 1201 aa  61.2  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1783  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 146 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1715  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 146 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2345  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 148 aa  61.2  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.215475  normal  0.707211 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3127  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 409 aa  60.8  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  26.61 
 
 		 274 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0009  transcriptional regulator, AraC family  35.51 
 
 		 139 aa  60.8  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 273 aa  60.5  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1750  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 359 aa  60.1  0.00000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2786  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 411 aa  60.5  0.00000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.173826  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  37.5 
 
 		 307 aa  60.1  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  36.54 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 319 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.52 
 
 		 415 aa  60.1  0.00000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1795  transcriptional regulator, AraC family  34.29 
 
 		 334 aa  60.1  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  36.11 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  30.48 
 
 		 336 aa  59.7  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1147  response regulator receiver protein  22.07 
 
 		 397 aa  59.7  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  34.44 
 
 		 530 aa  59.7  0.00000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  31.09 
 
 		 308 aa  59.3  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  34.02 
 
 		 993 aa  59.3  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 409 aa  58.9  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 315 aa  59.3  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 409 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  33.71 
 
 		 302 aa  59.3  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 302 aa  59.3  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2152  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 275 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.369795 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>