More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2999 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  100 
 
 		 404 aa  828    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 390 aa  320  1.9999999999999998e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 390 aa  308  1.0000000000000001e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 392 aa  227  3e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 385 aa  224  2e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 389 aa  219  7e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 379 aa  185  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 379 aa  178  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 381 aa  176  4e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  25.91 
 
 		 379 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 377 aa  139  6e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  30.89 
 
 		 379 aa  123  5e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  27.87 
 
 		 373 aa  108  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  24.74 
 
 		 381 aa  97.1  5e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 385 aa  96.3  9e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.24 
 
 		 389 aa  94.7  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 392 aa  93.2  7e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  27.33 
 
 		 390 aa  92.8  9e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 357 aa  92.8  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  28.92 
 
 		 371 aa  92.4  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  36.61 
 
 		 335 aa  90.5  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  33.73 
 
 		 349 aa  90.5  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  26.76 
 
 		 375 aa  89.7  8e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  40.95 
 
 		 106 aa  89.7  8e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  38.12 
 
 		 359 aa  89  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 285 aa  87.8  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 391 aa  87  6e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 347 aa  85.1  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  25.7 
 
 		 399 aa  84.7  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  31.3 
 
 		 362 aa  84.7  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  42.28 
 
 		 363 aa  84.3  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.8 
 
 		 398 aa  84.3  0.000000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 358 aa  83.2  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  25 
 
 		 406 aa  83.2  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  23.87 
 
 		 377 aa  83.2  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 380 aa  81.6  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 337 aa  81.6  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 422 aa  81.6  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 393 aa  80.1  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2515  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 373 aa  79.7  0.00000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  31.15 
 
 		 376 aa  79  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.64 
 
 		 394 aa  76.6  0.0000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  29.52 
 
 		 328 aa  76.6  0.0000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 383 aa  75.9  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.15 
 
 		 389 aa  75.1  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  21.67 
 
 		 349 aa  75.5  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  30.7 
 
 		 380 aa  73.2  0.000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  27 
 
 		 399 aa  73.2  0.000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  30.51 
 
 		 353 aa  72  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  30.83 
 
 		 349 aa  70.5  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  25.76 
 
 		 438 aa  69.7  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 368 aa  68.9  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3199  two component transcriptional regulator, AraC family  35.42 
 
 		 940 aa  69.7  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.157032  normal  0.236848 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 364 aa  68.2  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  39.36 
 
 		 1296 aa  68.9  0.0000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0732  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 331 aa  67  0.0000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 370 aa  65.1  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  32.23 
 
 		 492 aa  62.8  0.000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  30.15 
 
 		 352 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  27.08 
 
 		 993 aa  61.2  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 440 aa  61.2  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 531 aa  59.7  0.00000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0951  AraC family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 571 aa  59.7  0.00000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00021324  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2125  AraC family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 292 aa  59.3  0.0000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4415  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 303 aa  59.3  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1147  response regulator receiver protein  23.1 
 
 		 397 aa  58.9  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  31.93 
 
 		 760 aa  59.3  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 299 aa  59.7  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 332 aa  58.9  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3336  AraC family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 367 aa  59.3  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  32.95 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0353  MSM (multiple sugar metabolism) operon regulatory protein  33.33 
 
 		 301 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  34.52 
 
 		 360 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 315 aa  58.9  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  32.2 
 
 		 1335 aa  57.8  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 302 aa  58.2  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 332 aa  57.4  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4704  putative DNA-binding protein  34.41 
 
 		 274 aa  57.4  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000153171  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  28.7 
 
 		 301 aa  57  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 289 aa  57.4  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 332 aa  57  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1509  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 272 aa  57  0.0000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  34.48 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 		 287 aa  56.6  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2794  helix-turn-helix domain-containing protein  30.11 
 
 		 298 aa  56.6  0.0000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.474523 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4074  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 290 aa  56.6  0.0000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.63505 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4378  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 281 aa  56.6  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0103943  hitchhiker  0.00146244 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  30.93 
 
 		 513 aa  56.6  0.0000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0180  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 378 aa  55.8  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.34579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0324  AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 383 aa  55.8  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.645662 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 348 aa  55.8  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15650  hypothetical protein  33.33 
 
 		 318 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000726726  hitchhiker  5.71915e-19 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  32.97 
 
 		 326 aa  56.2  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 537 aa  55.8  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 306 aa  55.5  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.64 
 
 		 289 aa  55.5  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4604  two component transcriptional regulator, AraC family  28.3 
 
 		 281 aa  55.5  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.514268  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>