More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4302 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 269 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  92.19 
 
 		 274 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  89.22 
 
 		 274 aa  497  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  88.85 
 
 		 274 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2674  AraC family transcriptional regulator  73.95 
 
 		 271 aa  409  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2152  AraC family transcriptional regulator  66.79 
 
 		 275 aa  356  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.369795 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1703  putative transcriptional regulator  59.92 
 
 		 294 aa  322  6e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0448635  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19800  AraC family transcriptional regulator  61.54 
 
 		 247 aa  315  6e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  37.01 
 
 		 373 aa  86.3  5e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 383 aa  77.8  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  32.81 
 
 		 390 aa  73.9  0.000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  37.72 
 
 		 376 aa  73.9  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  30.88 
 
 		 438 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  32.71 
 
 		 379 aa  71.6  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 385 aa  68.6  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 377 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.57 
 
 		 389 aa  67.8  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  34.48 
 
 		 375 aa  66.2  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 285 aa  65.5  0.0000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  30.77 
 
 		 328 aa  65.5  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 392 aa  64.7  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  31.93 
 
 		 371 aa  63.9  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1147  response regulator receiver protein  22.6 
 
 		 397 aa  64.3  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 390 aa  64.7  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  30.77 
 
 		 353 aa  63.9  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1626  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 292 aa  63.9  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.954407  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0180  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 378 aa  63.9  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.34579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 399 aa  63.9  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 		 379 aa  63.5  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  30.36 
 
 		 349 aa  63.5  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 370 aa  62.8  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 390 aa  62.8  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  31.58 
 
 		 106 aa  62  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 392 aa  60.8  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2295  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 291 aa  60.1  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 364 aa  60.5  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 349 aa  60.5  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 381 aa  60.1  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 385 aa  59.7  0.00000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0324  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 383 aa  59.3  0.00000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.645662 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 791 aa  58.5  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2344  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 291 aa  58.2  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.415258  decreased coverage  0.000000160682 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 377 aa  58.2  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 422 aa  58.5  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  27.33 
 
 		 513 aa  57.8  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 347 aa  57.8  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 284 aa  57.8  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3084  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 363 aa  57  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1038  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.67 
 
 		 394 aa  56.2  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.895405  normal  0.923131 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 381 aa  56.2  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4053  AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0279  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 401 aa  55.8  0.0000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.57 
 
 		 389 aa  55.5  0.0000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 389 aa  55.5  0.0000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3314  AraC family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 236 aa  54.7  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.19 
 
 		 398 aa  55.1  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 304 aa  55.1  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 318 aa  54.7  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  28.71 
 
 		 406 aa  55.1  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 363 aa  55.1  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  32.94 
 
 		 307 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  25.08 
 
 		 311 aa  54.7  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 393 aa  54.3  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  32.61 
 
 		 1335 aa  53.9  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  30.3 
 
 		 993 aa  53.9  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 399 aa  53.9  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 301 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 285 aa  53.5  0.000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3942  AraC family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 336 aa  53.5  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 352 aa  53.9  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3203  transcriptional regulator  27.87 
 
 		 343 aa  53.5  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123314  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2380  transcriptional regulator, AraC family  34.88 
 
 		 300 aa  53.1  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 291 aa  53.5  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5737  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 164 aa  53.1  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3204  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 317 aa  52.8  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 321 aa  52.8  0.000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  27.38 
 
 		 318 aa  52.8  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  31.5 
 
 		 278 aa  52.8  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 279 aa  52.4  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 379 aa  52.4  0.000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 319 aa  52.4  0.000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0771  two component AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 355 aa  52  0.000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000862622  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0954  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 290 aa  52.4  0.000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.809333  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1383  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 290 aa  52.4  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108127  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 315 aa  52.4  0.000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 296 aa  52.4  0.000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02197  transcriptional regulator transcription regulator protein  30.85 
 
 		 271 aa  51.6  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0342  transcriptional regulatory protein  32.26 
 
 		 432 aa  52  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.606755  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  27.27 
 
 		 289 aa  51.6  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  28.41 
 
 		 289 aa  52  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3613  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 385 aa  52  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.350742  normal  0.0515113 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  31.09 
 
 		 340 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  26.15 
 
 		 330 aa  51.6  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 347 aa  52  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1793  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 432 aa  52  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  31.09 
 
 		 339 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0424  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 432 aa  52  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  28.41 
 
 		 320 aa  51.6  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0220  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 432 aa  52  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15358  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1878  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 432 aa  52  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0305888  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>