More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_1626 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_1626  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
292 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.954407  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2295  AraC family transcriptional regulator  84.48 
 
 
291 aa  523  1e-147  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2344  AraC family transcriptional regulator  73.45 
 
 
291 aa  478  1e-134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.415258  decreased coverage  0.000000160682 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5632  DNA-binding transcriptional regulator MelR  34.06 
 
 
302 aa  189  5e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03989  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.06 
 
 
302 aa  188  7e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4584  DNA-binding transcriptional regulator MelR  34.06 
 
 
302 aa  188  7e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.781071  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3874  transcriptional regulator, AraC family  34.06 
 
 
302 aa  188  7e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4359  DNA-binding transcriptional regulator MelR  34.06 
 
 
302 aa  188  7e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03950  hypothetical protein  34.06 
 
 
302 aa  188  7e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3909  DNA-binding transcriptional regulator MelR  34.06 
 
 
302 aa  188  7e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4672  DNA-binding transcriptional regulator MelR  34.06 
 
 
302 aa  188  7e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4615  DNA-binding transcriptional regulator MelR  33.7 
 
 
302 aa  187  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  33.33 
 
 
296 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4561  DNA-binding transcriptional regulator MelR  33.33 
 
 
296 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  33.33 
 
 
296 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4552  DNA-binding transcriptional regulator MelR  33.33 
 
 
296 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316037  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4692  DNA-binding transcriptional regulator MelR  33.33 
 
 
296 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.887715  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2123  AraC family transcriptional regulator  34.05 
 
 
287 aa  176  3e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.184363  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5735  transcriptional regulator AraC family  32.56 
 
 
311 aa  167  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6523  transcriptional regulator, AraC family  32.97 
 
 
306 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.399934 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5369  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 
288 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.239018 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6111  transcriptional regulator, AraC family  30.66 
 
 
305 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.863833  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5309  helix-turn-helix domain-containing protein  28.11 
 
 
296 aa  139  4.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.446177 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05000  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  28.95 
 
 
300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.989106  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4754  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 
287 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.605594  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3465  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.59 
 
 
282 aa  128  9.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0879036  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  36.97 
 
 
304 aa  80.1  0.00000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 
287 aa  75.9  0.0000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 
345 aa  75.5  0.0000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  26.35 
 
 
286 aa  75.1  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3262  response regulator receiver protein  27.91 
 
 
257 aa  74.3  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  26.72 
 
 
287 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 
301 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  33.02 
 
 
1201 aa  72.8  0.000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  23.49 
 
 
277 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 
302 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  26.32 
 
 
301 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  26.12 
 
 
307 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  25.61 
 
 
301 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 
118 aa  69.7  0.00000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28660  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  27.13 
 
 
300 aa  68.6  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 
311 aa  68.6  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2380  transcriptional regulator, AraC family  35.42 
 
 
300 aa  68.6  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1548  transcriptional regulator, AraC family  26.05 
 
 
276 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2287  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 
310 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000984991  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
356 aa  67.4  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2239  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 
295 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2813  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.08 
 
 
290 aa  67  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5912  transcriptional regulator Ada / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  31 
 
 
500 aa  67.4  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.838028 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 
313 aa  67.4  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  25.71 
 
 
301 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 
162 aa  67  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1597  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 
310 aa  66.6  0.0000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0526  transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 
129 aa  67  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000198595  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 
440 aa  66.6  0.0000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0732  AraC-like transcriptional regulator  20.49 
 
 
292 aa  66.2  0.0000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000598686  normal  0.0654387 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 
279 aa  66.2  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1802  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 
281 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.460896 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1001  transcriptional regulator, AraC family  28.18 
 
 
307 aa  66.2  0.0000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  23.02 
 
 
309 aa  65.9  0.0000000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5315  transcriptional regulator Ada  37.66 
 
 
509 aa  66.2  0.0000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  22.35 
 
 
319 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 
298 aa  65.9  0.0000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0342  transcriptional regulatory protein  33.04 
 
 
432 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.606755  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3988  transcriptional regulator, AraC family  23.08 
 
 
291 aa  65.1  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00119398  normal  0.630817 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 
306 aa  65.1  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0216  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 
299 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  23.24 
 
 
250 aa  65.5  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0424  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 
432 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0220  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 
432 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15358  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1878  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 
432 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0305888  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1793  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 
432 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0192  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 
299 aa  64.7  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0179  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 
299 aa  64.7  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0147136  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0954  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 
290 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.809333  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1173  cupin 2 domain-containing protein  27.27 
 
 
316 aa  64.7  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6884  transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 
301 aa  64.7  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0191  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 
299 aa  64.7  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4820  AraC family transcriptional regulator  23.28 
 
 
274 aa  64.3  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0211  transcriptional regulator, AraC family  29.29 
 
 
299 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1383  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 
290 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108127  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2180  helix-turn-helix domain-containing protein  25.74 
 
 
281 aa  64.3  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.971115  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 
293 aa  64.3  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 
304 aa  63.9  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 
279 aa  64.3  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3867  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 
295 aa  63.9  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000535009  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 
269 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 
760 aa  63.9  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0768  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 
261 aa  63.9  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 
301 aa  63.9  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  21.88 
 
 
341 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  27.41 
 
 
312 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1523  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 
152 aa  63.5  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00364512  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 
519 aa  63.2  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  29.59 
 
 
300 aa  63.2  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1750  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 
359 aa  63.2  0.000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  25.49 
 
 
250 aa  63.2  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3673  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 
295 aa  63.2  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2904  AraC family transcriptional regulator  35.23 
 
 
502 aa  63.2  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.190431 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  20.52 
 
 
321 aa  63.2  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>