More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2187 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2187  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 752 aa  1539    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.97772  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0990  transcriptional regulator, AraC family  22.35 
 
 		 779 aa  141  6e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1856  transcriptional regulator, AraC family  22.31 
 
 		 793 aa  108  3e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.1682  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2734  AraC family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 764 aa  104  7e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000030307  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2033  transcriptional regulator, AraC family  29.1 
 
 		 267 aa  101  5e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  29.2 
 
 		 365 aa  73.6  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.89 
 
 		 415 aa  72.8  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 517 aa  70.9  0.00000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  28.39 
 
 		 760 aa  69.7  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3887  two component AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 252 aa  67.4  0.0000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  31 
 
 		 1296 aa  67  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  33.33 
 
 		 1374 aa  65.5  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  34.31 
 
 		 1355 aa  65.5  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 266 aa  65.5  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0679  transcriptional regulator, AraC family  27.48 
 
 		 333 aa  64.7  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00764856  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0345  helix-turn-helix domain-containing protein  30.65 
 
 		 305 aa  65.1  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  29.58 
 
 		 1418 aa  64.7  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  22.51 
 
 		 548 aa  63.5  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  31.31 
 
 		 1344 aa  63.5  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  62.8  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  32.67 
 
 		 1327 aa  63.2  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  31.07 
 
 		 993 aa  62.4  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0074  AraC-type DNA-binding protein, response regulator  33.64 
 
 		 309 aa  62  0.00000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0525  two component AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 522 aa  61.6  0.00000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1352  helix-turn-helix domain-containing protein  40.96 
 
 		 273 aa  61.6  0.00000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.436375  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28970  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 310 aa  61.6  0.00000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91786  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  36.96 
 
 		 331 aa  61.2  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2467  two component transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 251 aa  60.8  0.00000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  40.54 
 
 		 327 aa  61.2  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2723  transcriptional regulator, AraC family  36.78 
 
 		 331 aa  60.8  0.00000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.844059  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  33.04 
 
 		 1370 aa  60.5  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23290  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 276 aa  60.5  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6117  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 297 aa  60.5  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.939175  normal  0.0684426 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0995  two component transcriptional regulator, AraC family  22.3 
 
 		 542 aa  60.5  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 278 aa  60.5  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2007  two component AraC family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 529 aa  60.1  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  22.57 
 
 		 513 aa  59.3  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004105  signal transduction histidine kinase  31.03 
 
 		 1125 aa  59.7  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  22.56 
 
 		 773 aa  59.7  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 306 aa  59.3  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  30.91 
 
 		 380 aa  60.1  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 330 aa  58.9  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 344 aa  58.9  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  29.75 
 
 		 301 aa  58.9  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  36.14 
 
 		 331 aa  59.3  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  23.67 
 
 		 537 aa  58.9  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3327  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 146 aa  58.9  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000116444  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  36.73 
 
 		 1316 aa  58.9  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1722  two component AraC family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 508 aa  58.5  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3229  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 411 aa  58.9  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  0.0104866 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  29.75 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0851  AraC family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 316 aa  58.5  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 330 aa  58.5  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 365 aa  58.2  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 519 aa  58.5  0.0000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0385  AraC family transcriptional regulator  20.2 
 
 		 766 aa  58.5  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2055  two component transcriptional regulator, AraC family  23.11 
 
 		 519 aa  58.2  0.0000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 333 aa  58.2  0.0000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  38.96 
 
 		 329 aa  58.2  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2466  transcriptional regulator, AraC family  32.93 
 
 		 306 aa  58.2  0.0000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0954  transcriptional regulator, AraC family  36.78 
 
 		 346 aa  58.2  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.856165  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 544 aa  58.2  0.0000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0891  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 292 aa  58.2  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0541662  normal  0.561597 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01362  hypothetical protein  31.53 
 
 		 1141 aa  58.2  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  30.41 
 
 		 492 aa  58.2  0.0000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1532  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 271 aa  57.8  0.0000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3558  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 377 aa  57.8  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 319 aa  57.8  0.0000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01153  transcriptional regulator  30 
 
 		 283 aa  57.8  0.0000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.593212  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 274 aa  57.8  0.0000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  37.89 
 
 		 282 aa  57.8  0.0000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 373 aa  57.8  0.0000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 284 aa  57.8  0.0000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 277 aa  57.8  0.0000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0895  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 315 aa  56.6  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 312 aa  57.4  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 305 aa  57.4  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2398  cyclic nucleotide-binding protein  35.96 
 
 		 355 aa  57  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3744  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 377 aa  57  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3613  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 385 aa  57.4  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.350742  normal  0.0515113 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 305 aa  57.4  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3335  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 150 aa  57  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2316  transcriptional regulator, AraC family  33.75 
 
 		 273 aa  57.4  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.870051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3116  helix-turn-helix domain-containing protein  36.96 
 
 		 301 aa  57.4  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4026  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 267 aa  57  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3397  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 150 aa  57  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.287817 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2110  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 299 aa  57  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1584  two component AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 259 aa  56.6  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3346  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 150 aa  57  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.143712  normal  0.196941 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  35.21 
 
 		 320 aa  55.8  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3410  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 		 272 aa  56.2  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.623928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0621  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  56.6  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 278 aa  56.6  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 309 aa  56.2  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2497  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 260 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190674  normal  0.610858 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  29.29 
 
 		 327 aa  55.8  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3608  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 271 aa  56.6  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0804414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1666  AraC/XylS family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 1121 aa  56.2  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1163  AraC-type transcriptional regulator domain protein  33 
 
 		 300 aa  56.6  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000040891  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  23.94 
 
 		 307 aa  56.2  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>