More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1116 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1116  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 325 aa  676    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  75.24 
 
 		 310 aa  504  1e-141  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  69.71 
 
 		 315 aa  445  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  64.92 
 
 		 308 aa  409  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  59.35 
 
 		 302 aa  338  5.9999999999999996e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 		 315 aa  309  4e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  45.36 
 
 		 298 aa  269  5e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  47.06 
 
 		 301 aa  247  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  45.62 
 
 		 301 aa  247  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  45.69 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  45.26 
 
 		 287 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  45.96 
 
 		 307 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 301 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 301 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 301 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  46.24 
 
 		 339 aa  236  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0731  AraC family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 328 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.617247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6660  AraC family transcriptional regulator  43.7 
 
 		 297 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 329 aa  233  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1906  AraC family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 329 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.166677  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 329 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  45.9 
 
 		 325 aa  230  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1919  AraC family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 329 aa  228  9e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.480868  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 322 aa  228  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 319 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 319 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 319 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 319 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1199  AraC family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 329 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.33488  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1643  AraC family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 329 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0305  AraC family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 329 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.183082  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0855  AraC family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 329 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 319 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 319 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1174  AraC family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 330 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789379  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4594  transcriptional regulator, AraC family  44.03 
 
 		 294 aa  215  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571926  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1078  AraC family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 318 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.441231  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0236  AraC family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 339 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0070  AraC family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 332 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0349  AraC family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 332 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1744  AraC family transcription regulator  42.59 
 
 		 350 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.109239  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1655  AraC family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 350 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1237  AraC family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 332 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.89016  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6320  transcriptional regulator, AraC family  44.03 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.636258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 312 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 312 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3070  AraC family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  38.81 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4384  AraC family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 312 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16600  transcriptional regulator, AraC family  40.36 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 321 aa  204  2e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  40.38 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4811  helix-turn-helix, AraC type  39.56 
 
 		 315 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  42.34 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0365  transcriptional regulator, AraC family  39.19 
 
 		 299 aa  196  3e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1710  transcriptional regulator, AraC family  39.56 
 
 		 326 aa  196  6e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.492868 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20280  transcriptional regulator, AraC family  42.07 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0229385  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0345  transcriptional regulator, AraC family  42.48 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3229  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 326 aa  176  4e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.382079  normal  0.686696 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2711  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.55 
 
 		 319 aa  173  3.9999999999999995e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1701  AraC family DNA-binding protein  35.16 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0681  AraC family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 256 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0251  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3988  transcriptional regulator, AraC family  31.4 
 
 		 291 aa  146  5e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00119398  normal  0.630817 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0565  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 289 aa  146  5e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  31.16 
 
 		 291 aa  146  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  30.8 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0508  transcriptional regulator, AraC family  34.09 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.3342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5736  transcriptional regulator, AraC family  31.3 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.458087  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2813  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.89 
 
 		 290 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  31.99 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2193  AraC family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 323 aa  136  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215033 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  30.17 
 
 		 324 aa  135  8e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  30.41 
 
 		 324 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2701  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.2 
 
 		 292 aa  134  3e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.485012  normal  0.370839 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0862  transcriptional regulator, AraC family  30.37 
 
 		 318 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000330517  normal  0.0669751 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  30.89 
 
 		 286 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  30.17 
 
 		 324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  30.92 
 
 		 288 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6330  AraC family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 318 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.361086 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  29.73 
 
 		 288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  32.82 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2939  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.27 
 
 		 289 aa  127  3e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0806864  normal  0.433201 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2146  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 325 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.441975 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0737  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.41 
 
 		 290 aa  125  9e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.39 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4642  AraC family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3317  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 327 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3833  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 327 aa  123  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.699646 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1667  transcriptional regulator, AraC family  27.97 
 
 		 281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5348  transcriptional regulator, AraC family  29.62 
 
 		 291 aa  120  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.226075 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2546  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  30.27 
 
 		 284 aa  120  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4043  transcriptional regulator, AraC family  28.41 
 
 		 303 aa  118  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2340  helix-turn-helix domain-containing protein  26.25 
 
 		 290 aa  117  3e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.581264  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1743  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 324 aa  116  5e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2466  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 324 aa  116  5e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000149064  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0505  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 324 aa  116  5e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.66204  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>