More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP2406 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP2406  AraC family DNA-binding response regulator  100 
 
 		 251 aa  512  1e-144  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0213  response regulator receiver  80.56 
 
 		 252 aa  410  1e-113  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0207  response regulator receiver protein  80.16 
 
 		 252 aa  408  1e-113  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2141  two component AraC family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 260 aa  157  2e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1584  two component AraC family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 259 aa  149  4e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3405  two component AraC family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 253 aa  144  1e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.100445  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4591  two component transcriptional regulator, AraC family  33.47 
 
 		 265 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1946  DNA-binding response regulator  31.35 
 
 		 257 aa  127  1.0000000000000001e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3861  two component AraC family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 259 aa  123  3e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0410  two component transcriptional regulator, AraC family  32.4 
 
 		 233 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2373  two component transcriptional regulator, AraC family  30.65 
 
 		 252 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3887  two component AraC family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 252 aa  115  5e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0618  two component AraC family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000605397  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  35.81 
 
 		 538 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  28.73 
 
 		 259 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2467  two component transcriptional regulator, AraC family  30.86 
 
 		 251 aa  107  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2344  AraC family DNA-binding response regulator  34.48 
 
 		 507 aa  105  5e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.627636  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3262  response regulator receiver protein  26.98 
 
 		 257 aa  105  6e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2056  AraC family DNA-binding response regulator  34.48 
 
 		 507 aa  105  7e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0853  two component transcriptional regulator, AraC family  32.37 
 
 		 509 aa  103  3e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2550  two component transcriptional regulator, AraC family  39.82 
 
 		 502 aa  101  1e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 531 aa  101  1e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  26.19 
 
 		 250 aa  101  1e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3211  two component AraC family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 548 aa  100  2e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0042226  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  26.09 
 
 		 250 aa  99.8  4e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0147  two component transcriptional regulator, AraC family  37.31 
 
 		 525 aa  98.2  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2253  two component AraC family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 532 aa  97.8  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3034  two component AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 556 aa  98.2  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00618221  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  40.35 
 
 		 365 aa  98.2  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0314  two component transcriptional regulator, AraC family  43.59 
 
 		 494 aa  98.2  1e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  36.97 
 
 		 546 aa  96.7  3e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0539  AraC family DNA-binding response regulator  34.69 
 
 		 529 aa  95.5  6e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2055  two component transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 519 aa  95.9  6e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1645  two component transcriptional regulator, AraC family  36.69 
 
 		 526 aa  94.4  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.168722  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1722  two component AraC family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 508 aa  94  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 544 aa  93.2  4e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1138  two component transcriptional regulator, AraC family  41.23 
 
 		 519 aa  92  8e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3979  two component transcriptional regulator, AraC family  37.82 
 
 		 348 aa  92  8e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0555  AraC family DNA-binding response regulator  36.44 
 
 		 529 aa  92  9e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3282  two component AraC family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 535 aa  90.9  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0995  two component transcriptional regulator, AraC family  36.21 
 
 		 542 aa  88.6  9e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  30.7 
 
 		 1201 aa  88.6  9e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2452  two component transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 509 aa  88.6  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0693402  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0496  two component AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 543 aa  87  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2007  two component AraC family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 529 aa  87  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0149  two component transcriptional regulator, AraC family  37.61 
 
 		 525 aa  87.8  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0525  two component AraC family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 522 aa  87.4  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3164  two component AraC family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 544 aa  86.7  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0633186  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  29.44 
 
 		 1296 aa  86.3  4e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4237  DNA-binding response regulator  26.74 
 
 		 231 aa  85.9  6e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  31.72 
 
 		 386 aa  85.9  6e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4614  DNA-binding response regulator  26.74 
 
 		 231 aa  85.9  6e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4396  DNA-binding response regulator  26.74 
 
 		 231 aa  85.1  9e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4736  DNA-binding response regulator  26.74 
 
 		 231 aa  85.1  9e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4249  DNA-binding response regulator  26.74 
 
 		 231 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  28.63 
 
 		 266 aa  84  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  26.58 
 
 		 1396 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 278 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 277 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2123  two component AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 414 aa  83.2  0.000000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.331776  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 277 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0771  two component AraC family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 355 aa  82.4  0.000000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000862622  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 539 aa  82.4  0.000000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 533 aa  82  0.000000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 277 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 277 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.59 
 
 		 244 aa  80.9  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.23 
 
 		 953 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  34.59 
 
 		 532 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0198  two component transcriptional regulator, AraC family  37.38 
 
 		 534 aa  80.1  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 277 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.4 
 
 		 953 aa  79.3  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0448  response regulator receiver  35 
 
 		 224 aa  79.3  0.00000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000000838603  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3249  two component transcriptional regulator, AraC family  36.19 
 
 		 531 aa  79  0.00000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0827  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  30.99 
 
 		 460 aa  79  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.158461 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0864  two component AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 503 aa  79  0.00000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0632  two component LuxR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 224 aa  79  0.00000000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385785  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  32.46 
 
 		 530 aa  79  0.00000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0663  LuxR family DNA-binding response regulator  35.11 
 
 		 224 aa  78.2  0.0000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0697  LuxR family DNA-binding response regulator  35.11 
 
 		 224 aa  78.2  0.0000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_601  DNA-binding response regulator, LuxR family  35.11 
 
 		 224 aa  77.8  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 506 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 216 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 271 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  26.22 
 
 		 1347 aa  76.6  0.0000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3416  putative two-component response-regulatory protein YehT  37.19 
 
 		 237 aa  77  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0577965 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0105  two component LuxR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0303042  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 271 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 271 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  25.19 
 
 		 1324 aa  75.9  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.34 
 
 		 251 aa  75.9  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 271 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1251  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 566 aa  75.1  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 532 aa  74.7  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1824  two component AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 362 aa  74.7  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000196685  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1289  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  31.71 
 
 		 221 aa  74.7  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.132207  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  24 
 
 		 268 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3485  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.64 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.159726 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3358  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.64 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 271 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>