More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2797 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2797  transcription activator effector binding  100 
 
 		 279 aa  570  1.0000000000000001e-162  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.338998 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  66.19 
 
 		 279 aa  385  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  63.67 
 
 		 279 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7157  transcriptional regulator, AraC family  53.76 
 
 		 277 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.367426 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0261  AraC family transcriptional regulator  52.33 
 
 		 281 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6275  AraC family transcriptional regulator  47.79 
 
 		 279 aa  267  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4053  AraC family transcriptional regulator  45.32 
 
 		 277 aa  257  2e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2938  AraC family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 279 aa  251  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.487848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1952  AraC family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 271 aa  201  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0598764  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4077  transcription activator effector binding  47.49 
 
 		 178 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 300 aa  148  8e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  32.11 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  32.11 
 
 		 300 aa  146  3e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  31.67 
 
 		 300 aa  145  5e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 300 aa  145  5e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 300 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 300 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  28.28 
 
 		 302 aa  132  7.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  31.16 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4332  transcription activator, effector binding  37.8 
 
 		 164 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.500299  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1784  AraC family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 280 aa  119  6e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000275244  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1790  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 		 282 aa  116  5e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.191731  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3867  transcriptional regulator, AraC family  31.56 
 
 		 295 aa  113  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000535009  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003322  hypothetical protein  29.62 
 
 		 310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.757084  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3673  transcriptional regulator, AraC family  30.86 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0011  transcriptional regulator, AraC family  27.6 
 
 		 285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871788  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5265  transcriptional regulator, AraC family  28.67 
 
 		 281 aa  110  3e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4973  transcriptional regulator, AraC family  28.72 
 
 		 290 aa  109  5e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4986  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 290 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0529  transcriptional regulator, AraC family  29.64 
 
 		 288 aa  108  8.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3138  AraC family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 281 aa  108  8.000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0568  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 293 aa  108  9.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.117041  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4566  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.017881  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4947  transcriptional regulator, AraC family  27.68 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0165  AraC family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4724  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 290 aa  106  5e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440387  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4582  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 290 aa  106  5e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.763033  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5086  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 290 aa  106  5e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0009  helix-turn-helix domain-containing protein  26.07 
 
 		 306 aa  106  5e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000070115 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3264  transcriptional regulator, AraC family  28.19 
 
 		 287 aa  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3174  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 280 aa  105  1e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.626893  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0679  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 289 aa  103  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0014238  normal  0.551474 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0223  transcriptional activator, AraC family  28.37 
 
 		 281 aa  103  3e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000178737 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 288 aa  103  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2323  transcriptional regulator, AraC family  27.9 
 
 		 289 aa  103  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.614848  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2759  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0424  transcriptional regulator, AraC family  25.44 
 
 		 281 aa  103  4e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  42.86 
 
 		 308 aa  102  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0205  transcriptional activator, AraC family  28.03 
 
 		 281 aa  103  5e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000524418 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3564  transcriptional regulator, AraC family  27.12 
 
 		 285 aa  102  6e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2678  transcriptional regulator, AraC family  27.89 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0278  transcriptional regulator, AraC family  27.46 
 
 		 290 aa  102  8e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4672  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 290 aa  102  8e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4957  transcriptional regulator, AraC family  28.03 
 
 		 290 aa  102  8e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0990  AraC family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 281 aa  101  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2107  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 313 aa  98.2  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.342925  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3846  transcriptional regulator, AraC family  26.44 
 
 		 287 aa  98.2  1e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3609  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 288 aa  97.8  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3481  right origin-binding protein  37.5 
 
 		 288 aa  97.8  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0814  right origin-binding protein  37.5 
 
 		 288 aa  97.8  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2556  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 290 aa  93.2  4e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000235949  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4910  right origin-binding protein  33.33 
 
 		 289 aa  92  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4996  right origin-binding protein  33.33 
 
 		 289 aa  92  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4837  right origin-binding protein  33.33 
 
 		 289 aa  92  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4944  right origin-binding protein  33.33 
 
 		 289 aa  92  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4998  right origin-binding protein  33.33 
 
 		 289 aa  92  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 288 aa  91.7  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0329  transcription activator effector binding protein  27.99 
 
 		 288 aa  90.9  2e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0236652  normal  0.0105288 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 277 aa  90.9  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0557  AraC family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 289 aa  90.9  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3142  AraC family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 301 aa  90.9  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 		 284 aa  90.5  3e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0971  AraC family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 136 aa  89.7  4e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000205729  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04272  DNA-binding transcriptional activator  33.73 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3601  transcriptional regulator, AraC family  33.73 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5910  right origin-binding protein  33.73 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4946  right origin-binding protein  33.73 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.96055 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3660  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04237  hypothetical protein  33.73 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4632  right origin-binding protein  33.73 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4943  right origin-binding protein  33.73 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4994  right origin-binding protein  33.73 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3181  AraC family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 292 aa  89  9e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1127  transcriptional regulator, AraC family  27.09 
 
 		 288 aa  88.2  1e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1922  transcriptional regulator, AraC family  26.95 
 
 		 291 aa  87.8  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.890213  normal  0.89853 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2466  transcriptional regulator, AraC family  41.35 
 
 		 313 aa  87.8  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0910  HTH-type transcription regulator, AraC-family  25.69 
 
 		 298 aa  86.7  4e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.576456  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1472  AraC family transcriptional regulator  22.18 
 
 		 294 aa  86.3  5e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.102681  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2251  transcriptional regulator, AraC family  25.69 
 
 		 287 aa  86.3  5e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0216  transcriptional regulator, AraC family  38.38 
 
 		 299 aa  85.9  6e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0192  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0179  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0147136  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0191  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0211  transcriptional regulator, AraC family  38.38 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0182  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  24.64 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1523  AraC family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 152 aa  83.6  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00364512  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>