More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2556 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2556  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  608  1e-173  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000235949  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2678  transcriptional regulator, AraC family  46.28 
 
 		 284 aa  265  5e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3142  AraC family transcriptional regulator  46.59 
 
 		 301 aa  262  4e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3846  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 287 aa  232  7.000000000000001e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2107  AraC family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.342925  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3174  AraC family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 280 aa  215  5.9999999999999996e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.626893  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0223  transcriptional activator, AraC family  40.53 
 
 		 281 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000178737 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0205  transcriptional activator, AraC family  40.13 
 
 		 281 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000524418 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0990  AraC family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 281 aa  210  2e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5265  transcriptional regulator, AraC family  39.32 
 
 		 281 aa  209  3e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3264  transcriptional regulator, AraC family  35.99 
 
 		 287 aa  199  5e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3181  AraC family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 292 aa  199  6e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4672  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4582  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.763033  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4724  AraC family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 290 aa  196  3e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440387  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5086  AraC family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 290 aa  196  3e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3138  AraC family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 281 aa  196  5.000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4986  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 290 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0278  transcriptional regulator, AraC family  36.7 
 
 		 290 aa  195  9e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4973  transcriptional regulator, AraC family  36.7 
 
 		 290 aa  194  2e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4957  transcriptional regulator, AraC family  36.79 
 
 		 290 aa  192  4e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4947  transcriptional regulator, AraC family  36.79 
 
 		 290 aa  193  4e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4566  AraC family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 290 aa  190  2e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.017881  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2323  transcriptional regulator, AraC family  36.42 
 
 		 289 aa  190  2e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.614848  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2759  AraC family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 292 aa  189  5.999999999999999e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0011  transcriptional regulator, AraC family  35.67 
 
 		 285 aa  187  2e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871788  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2210  transcriptional regulator, AraC family  33.56 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1922  transcriptional regulator, AraC family  32.57 
 
 		 291 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.890213  normal  0.89853 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3564  transcriptional regulator, AraC family  32.07 
 
 		 285 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1802  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1266  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.23796  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0137  AraC family transcriptional regulator  48.2 
 
 		 315 aa  147  3e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.10009 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2780  transcriptional regulator, AraC family  30.82 
 
 		 285 aa  142  7e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0531003  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3344  helix-turn-helix domain-containing protein  42.45 
 
 		 232 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.388455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  30.29 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0674  AraC family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 265 aa  136  3.0000000000000003e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 300 aa  136  5e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 300 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 300 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  29.29 
 
 		 300 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0424  transcriptional regulator, AraC family  33.22 
 
 		 281 aa  134  1.9999999999999998e-30  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 300 aa  132  5e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2251  transcriptional regulator, AraC family  29.19 
 
 		 287 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1798  transcriptional regulator, AraC family  40.24 
 
 		 200 aa  125  8.000000000000001e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1790  transcriptional regulator, AraC family  40.85 
 
 		 282 aa  124  2e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.191731  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2127  transcription activator effector binding protein  27.84 
 
 		 290 aa  123  4e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1784  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 280 aa  117  3e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000275244  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1127  transcriptional regulator, AraC family  27.14 
 
 		 288 aa  114  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0329  transcription activator effector binding protein  29.43 
 
 		 288 aa  110  3e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0236652  normal  0.0105288 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  27.72 
 
 		 302 aa  109  7.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0086  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 313 aa  105  8e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.353006  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0009  helix-turn-helix domain-containing protein  25.08 
 
 		 306 aa  98.2  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000070115 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  26.05 
 
 		 279 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2797  transcription activator effector binding  27.03 
 
 		 279 aa  93.2  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.338998 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4053  AraC family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 277 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 279 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0165  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 288 aa  89.7  5e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6275  AraC family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 279 aa  87.4  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0186  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 452 aa  87.4  3e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0192  AraC family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 299 aa  86.3  5e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0179  AraC family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 299 aa  86.3  5e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0147136  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0191  AraC family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 299 aa  86.3  5e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0211  transcriptional regulator, AraC family  37.7 
 
 		 299 aa  86.3  5e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0216  transcriptional regulator, AraC family  37.7 
 
 		 299 aa  86.3  5e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  27.97 
 
 		 284 aa  85.5  9e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0526  transcriptional regulator, AraC family  39.45 
 
 		 129 aa  85.5  9e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000198595  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0182  AraC family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0176  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1952  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 271 aa  84.7  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0598764  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0910  HTH-type transcription regulator, AraC-family  22.71 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.576456  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 		 291 aa  82  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1472  AraC family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 294 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.102681  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  35.92 
 
 		 294 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  27.08 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2938  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 279 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.487848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  27.08 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  32.68 
 
 		 279 aa  79.7  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  32.43 
 
 		 314 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  32.82 
 
 		 288 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1069  AraC family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.689445  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  32.82 
 
 		 288 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  34.33 
 
 		 286 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3482  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 140 aa  77.8  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.119803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003322  hypothetical protein  23.86 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.757084  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  32.82 
 
 		 288 aa  77.4  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1563  transcription activator, effector binding  23.7 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1594  transcription activator effector binding  23.7 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.630007  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0034  transcriptional regulator, AraC family  31.21 
 
 		 279 aa  76.3  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.255751 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  32.82 
 
 		 288 aa  76.6  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  25.64 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2158  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 294 aa  75.5  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0946  transcriptional regulator, AraC family  34.26 
 
 		 286 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584518  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3306  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 292 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  34.95 
 
 		 288 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1353  transcription activator effector binding  30.72 
 
 		 160 aa  73.9  0.000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.266351  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>