More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3138 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3138  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 281 aa  584  1e-166  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3174  AraC family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 280 aa  239  5e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.626893  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3846  transcriptional regulator, AraC family  39.58 
 
 		 287 aa  218  6e-56  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4947  transcriptional regulator, AraC family  39.46 
 
 		 290 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4724  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 290 aa  212  5.999999999999999e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440387  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5086  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 290 aa  212  5.999999999999999e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4957  transcriptional regulator, AraC family  39.8 
 
 		 290 aa  208  6e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3264  transcriptional regulator, AraC family  41.2 
 
 		 287 aa  206  3e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4582  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 290 aa  206  4e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.763033  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0278  transcriptional regulator, AraC family  38.44 
 
 		 290 aa  204  9e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4986  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 290 aa  204  1e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4973  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 290 aa  204  1e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4566  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 290 aa  204  2e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.017881  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4672  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 290 aa  204  2e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3564  transcriptional regulator, AraC family  37.63 
 
 		 285 aa  202  5e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2759  AraC family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 292 aa  199  3.9999999999999996e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2556  AraC family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 290 aa  196  5.000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000235949  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0205  transcriptional activator, AraC family  36.59 
 
 		 281 aa  195  6e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000524418 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5265  transcriptional regulator, AraC family  35.89 
 
 		 281 aa  195  6e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0990  AraC family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 281 aa  193  3e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0223  transcriptional activator, AraC family  35.89 
 
 		 281 aa  191  9e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000178737 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2323  transcriptional regulator, AraC family  36.03 
 
 		 289 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.614848  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3181  AraC family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2678  transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 		 284 aa  177  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3142  AraC family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2210  transcriptional regulator, AraC family  34.36 
 
 		 291 aa  171  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1802  transcriptional regulator, AraC family  34.95 
 
 		 286 aa  169  4e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1922  transcriptional regulator, AraC family  32.88 
 
 		 291 aa  167  1e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.890213  normal  0.89853 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2107  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.342925  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1784  AraC family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 280 aa  161  1e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000275244  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0011  transcriptional regulator, AraC family  34.55 
 
 		 285 aa  161  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871788  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1790  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 282 aa  159  6e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.191731  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2780  transcriptional regulator, AraC family  31.34 
 
 		 285 aa  158  1e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0531003  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2127  transcription activator effector binding protein  33.33 
 
 		 290 aa  156  3e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1266  AraC family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 300 aa  156  4e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.23796  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0424  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 281 aa  150  2e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1127  transcriptional regulator, AraC family  31.12 
 
 		 288 aa  145  8.000000000000001e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0329  transcription activator effector binding protein  28.52 
 
 		 288 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0236652  normal  0.0105288 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0137  AraC family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.10009 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3344  helix-turn-helix domain-containing protein  34.41 
 
 		 232 aa  129  6e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.388455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  29.77 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  29.43 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  29.43 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0674  AraC family transcriptional regulator  45.53 
 
 		 265 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1798  transcriptional regulator, AraC family  37.43 
 
 		 200 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  29.1 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 300 aa  113  3e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 300 aa  113  3e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2251  transcriptional regulator, AraC family  31.23 
 
 		 287 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2797  transcription activator effector binding  29.33 
 
 		 279 aa  108  8.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.338998 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6275  AraC family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 279 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003322  hypothetical protein  26.87 
 
 		 310 aa  97.4  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.757084  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0910  HTH-type transcription regulator, AraC-family  26.39 
 
 		 298 aa  95.1  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.576456  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  28.72 
 
 		 291 aa  95.1  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  26.6 
 
 		 302 aa  93.6  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0261  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 281 aa  92.8  6e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0165  AraC family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 298 aa  92.4  7e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0086  transcriptional regulator, AraC family  26.28 
 
 		 313 aa  90.5  3e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.353006  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0186  transcriptional regulator, AraC family  39.25 
 
 		 452 aa  90.5  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4053  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 277 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 279 aa  89  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7157  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 277 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.367426 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2938  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 279 aa  87  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.487848  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1353  transcription activator effector binding  31.06 
 
 		 160 aa  86.7  4e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.266351  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 		 279 aa  83.2  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0526  transcriptional regulator, AraC family  38.6 
 
 		 129 aa  80.5  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000198595  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3219  transcription activator effector binding  29.94 
 
 		 160 aa  76.3  0.0000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  25.41 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1952  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 271 aa  75.1  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0598764  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3482  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 140 aa  73.2  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.119803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  25.09 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C09  transcription activator effector binding domain-containing protein  30.25 
 
 		 154 aa  72.8  0.000000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0009  helix-turn-helix domain-containing protein  23.23 
 
 		 306 aa  72.4  0.000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000070115 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  25.09 
 
 		 288 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  25.09 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0946  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 286 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584518  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0192  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0179  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0147136  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0191  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0211  transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  25.09 
 
 		 288 aa  68.9  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0182  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 299 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0216  transcriptional regulator, AraC family  31.78 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4524  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  37.5 
 
 		 107 aa  67.4  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4610  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  37.5 
 
 		 107 aa  67.4  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0547666  normal  0.902957 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4609  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  37.5 
 
 		 107 aa  67.4  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.917171  normal  0.375209 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  24.31 
 
 		 289 aa  67.4  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4660  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  37.5 
 
 		 107 aa  67.4  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4516  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  37.5 
 
 		 107 aa  67.4  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03934  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.3 
 
 		 107 aa  66.2  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0326041  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03894  hypothetical protein  38.3 
 
 		 107 aa  66.2  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0334168  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5565  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  38.3 
 
 		 107 aa  66.2  0.0000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.601347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4304  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  38.3 
 
 		 107 aa  66.2  0.0000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0176  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3965  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  38.3 
 
 		 107 aa  66.2  0.0000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.105984 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  33.66 
 
 		 331 aa  66.2  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>