More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3142 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3142  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  631  1e-180  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2556  AraC family transcriptional regulator  46.59 
 
 		 290 aa  262  4e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000235949  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2678  transcriptional regulator, AraC family  44.15 
 
 		 284 aa  250  2e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2107  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 313 aa  226  3e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.342925  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3846  transcriptional regulator, AraC family  41.33 
 
 		 287 aa  224  1e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5265  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 281 aa  222  8e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0990  AraC family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 281 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0205  transcriptional activator, AraC family  41.14 
 
 		 281 aa  218  1e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000524418 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0223  transcriptional activator, AraC family  40.82 
 
 		 281 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000178737 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3174  AraC family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 280 aa  205  9e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.626893  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4973  transcriptional regulator, AraC family  41.28 
 
 		 290 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4957  transcriptional regulator, AraC family  40.6 
 
 		 290 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4986  AraC family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 290 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4724  AraC family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 290 aa  199  5e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440387  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5086  AraC family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 290 aa  199  5e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4947  transcriptional regulator, AraC family  40.94 
 
 		 290 aa  199  5e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4582  AraC family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 290 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.763033  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4672  AraC family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 290 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4566  AraC family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.017881  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0278  transcriptional regulator, AraC family  40.27 
 
 		 290 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2759  AraC family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 292 aa  193  3e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3264  transcriptional regulator, AraC family  34.23 
 
 		 287 aa  189  4e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2323  transcriptional regulator, AraC family  37.32 
 
 		 289 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.614848  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3138  AraC family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 281 aa  176  3e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3181  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 292 aa  176  6e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3564  transcriptional regulator, AraC family  35.33 
 
 		 285 aa  167  2e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2210  transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0011  transcriptional regulator, AraC family  31.92 
 
 		 285 aa  166  4e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871788  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1922  transcriptional regulator, AraC family  33.22 
 
 		 291 aa  166  5e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.890213  normal  0.89853 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2780  transcriptional regulator, AraC family  29.49 
 
 		 285 aa  150  3e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0531003  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1266  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.23796  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2251  transcriptional regulator, AraC family  29.87 
 
 		 287 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0137  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.10009 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2127  transcription activator effector binding protein  29.77 
 
 		 290 aa  135  8e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1790  transcriptional regulator, AraC family  31.56 
 
 		 282 aa  133  3e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.191731  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3344  helix-turn-helix domain-containing protein  38.85 
 
 		 232 aa  132  5e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.388455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0424  transcriptional regulator, AraC family  31.46 
 
 		 281 aa  131  1.0000000000000001e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0674  AraC family transcriptional regulator  47.9 
 
 		 265 aa  130  3e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1802  transcriptional regulator, AraC family  27.96 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1798  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 200 aa  123  4e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1127  transcriptional regulator, AraC family  27.51 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  29.22 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  29.22 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 300 aa  119  7e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1784  AraC family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 280 aa  119  7.999999999999999e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000275244  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 300 aa  119  9e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 300 aa  119  9e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  29.22 
 
 		 300 aa  119  9e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 300 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0009  helix-turn-helix domain-containing protein  26.38 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000070115 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0329  transcription activator effector binding protein  26.25 
 
 		 288 aa  116  5e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0236652  normal  0.0105288 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  27.78 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0086  transcriptional regulator, AraC family  34.22 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.353006  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0910  HTH-type transcription regulator, AraC-family  25.5 
 
 		 298 aa  94.4  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.576456  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0526  transcriptional regulator, AraC family  44.76 
 
 		 129 aa  94  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000198595  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  24.75 
 
 		 279 aa  92.8  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003322  hypothetical protein  26.86 
 
 		 310 aa  92.4  9e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.757084  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2797  transcription activator effector binding  24.75 
 
 		 279 aa  90.9  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.338998 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  25.17 
 
 		 279 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0186  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 452 aa  86.7  4e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4053  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 277 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1472  AraC family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 294 aa  85.5  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.102681  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  25.99 
 
 		 291 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 288 aa  85.1  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2938  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 279 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.487848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3482  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 140 aa  84  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.119803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  22.94 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1523  AraC family transcriptional regulator  41 
 
 		 152 aa  82  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00364512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6275  AraC family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 279 aa  82  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1069  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 293 aa  80.9  0.00000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.689445  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0192  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0179  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0147136  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0211  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0191  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0216  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7157  transcriptional regulator, AraC family  24.41 
 
 		 277 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.367426 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0182  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1952  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 271 aa  79.3  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0598764  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 288 aa  79  0.00000000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0261  AraC family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 281 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0176  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  24.43 
 
 		 284 aa  77.8  0.0000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00257  predicted DNA-binding transcriptional regulator  39.39 
 
 		 283 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0568  transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 		 293 aa  77.4  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.117041  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3303  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 		 228 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.401511  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2755  transcriptional regulator, AraC family  37.61 
 
 		 300 aa  77  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3321  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 283 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0352  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 285 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.203769  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0268  putative HTH-type transcriptional regulator YkgA  39.39 
 
 		 163 aa  77.4  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0313  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 285 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00261  hypothetical protein  39.39 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0529  transcriptional regulator, AraC family  36.79 
 
 		 288 aa  77  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  25 
 
 		 294 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0679  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0014238  normal  0.551474 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3673  transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 		 295 aa  76.3  0.0000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0332  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 285 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3609  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 288 aa  75.9  0.0000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>