More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0034 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0034  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 279 aa  565  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.255751 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  94.27 
 
 		 279 aa  530  1e-149  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0132  transcription regulator protein  85.88 
 
 		 265 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2158  AraC family transcriptional regulator  54.48 
 
 		 294 aa  315  4e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1644  transcriptional regulator, AraC family  48.75 
 
 		 293 aa  264  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0930139  normal  0.386203 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1354  AraC family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 293 aa  263  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.558119  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  46.79 
 
 		 286 aa  257  1e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  45.36 
 
 		 288 aa  256  4e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4566  transcriptional regulator, AraC family  47.67 
 
 		 293 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 288 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 289 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 288 aa  241  6e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3564  AraC family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 279 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.236142  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2173  AraC family transcriptional regulator  43.57 
 
 		 289 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.671765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  43.68 
 
 		 288 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  43.68 
 
 		 288 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4381  transcription activator effector binding  41.88 
 
 		 286 aa  237  2e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  43.68 
 
 		 288 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1774  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 289 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.524324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  43.68 
 
 		 288 aa  235  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1398  AraC family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 296 aa  233  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  38.04 
 
 		 288 aa  211  1e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3013  transcription activator, effector binding  38.71 
 
 		 289 aa  209  5e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2489  transcription activator, effector binding  36.75 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1272  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 350 aa  194  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.702716  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  35.59 
 
 		 284 aa  183  3e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2590  transcription activator, effector binding  33.33 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04745  transcriptional regulator  35.65 
 
 		 255 aa  156  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 288 aa  132  7.999999999999999e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02895  predicted transcriptional regulator  41.94 
 
 		 160 aa  125  7e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0677  transcription activator effector binding protein  41.94 
 
 		 160 aa  125  7e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3201  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  41.94 
 
 		 160 aa  125  7e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02845  hypothetical protein  41.94 
 
 		 160 aa  125  7e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.429305  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0674  transcription activator effector binding  41.94 
 
 		 160 aa  125  7e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.112574 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  33.98 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3488  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  41.94 
 
 		 160 aa  125  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3312  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  40.65 
 
 		 160 aa  124  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.735437  normal  0.0832613 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3457  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  40.65 
 
 		 160 aa  123  3e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.29584  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4332  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  40.65 
 
 		 160 aa  123  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  28.42 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  30.99 
 
 		 308 aa  118  9e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 326 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3953  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 287 aa  116  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0509927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1956  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 283 aa  115  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0993473  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  28.42 
 
 		 296 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  28.07 
 
 		 296 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3306  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 292 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0140  AraC family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 293 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.877598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  27.37 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2167  transcriptional regulator, AraC family  28.26 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.273156  normal  0.0865176 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03191  transcription regulator protein  32.33 
 
 		 310 aa  106  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2929  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 293 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0126  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 293 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436666  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  27.46 
 
 		 291 aa  101  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0946  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 286 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584518  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  26.84 
 
 		 326 aa  100  3e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  28.79 
 
 		 289 aa  97.4  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  26.26 
 
 		 289 aa  96.7  4e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  28.24 
 
 		 289 aa  95.5  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5359  transcriptional regulator, AraC family  32.72 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.6789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  27.31 
 
 		 289 aa  89.4  6e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7295  AraC family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 277 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158014  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2210  transcriptional regulator, AraC family  24.66 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  27.7 
 
 		 279 aa  84  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  28.37 
 
 		 279 aa  82.4  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4053  AraC family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 277 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1922  transcriptional regulator, AraC family  24.66 
 
 		 291 aa  82  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.890213  normal  0.89853 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6275  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 279 aa  81.3  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3867  transcriptional regulator, AraC family  25.35 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000535009  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0621  AraC family transcriptional regulator  21.32 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1952  AraC family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 271 aa  77  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0598764  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5909  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2759  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 292 aa  77.4  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4947  transcriptional regulator, AraC family  22.68 
 
 		 290 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2556  AraC family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 290 aa  76.3  0.0000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000235949  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4724  AraC family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 290 aa  75.5  0.0000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440387  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5086  AraC family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 290 aa  75.5  0.0000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4973  transcriptional regulator, AraC family  23.31 
 
 		 290 aa  75.5  0.0000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  37.25 
 
 		 314 aa  75.5  0.0000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6879  transcriptional regulator, AraC family  37.76 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0489024  normal  0.393248 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3627  DNA gyrase inhibitor  25.83 
 
 		 300 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000240584  hitchhiker  0.00747313 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 300 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4986  AraC family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 290 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  26.44 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0186  transcriptional regulator, AraC family  25.17 
 
 		 452 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3481  right origin-binding protein  26.51 
 
 		 288 aa  73.9  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3673  transcriptional regulator, AraC family  24.82 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7157  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 277 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.367426 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3609  AraC family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 288 aa  73.9  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4566  AraC family transcriptional regulator  22.84 
 
 		 290 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.017881  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0568  transcriptional regulator, AraC family  24.45 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.117041  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0814  right origin-binding protein  26.51 
 
 		 288 aa  73.9  0.000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>