More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3673 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3673  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 295 aa  613  1e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3867  transcriptional regulator, AraC family  93.22 
 
 		 295 aa  580  1e-164  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000535009  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0529  transcriptional regulator, AraC family  82.93 
 
 		 288 aa  511  1e-144  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0679  AraC family transcriptional regulator  75 
 
 		 289 aa  458  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0014238  normal  0.551474 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0568  transcriptional regulator, AraC family  73.97 
 
 		 293 aa  454  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.117041  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3609  AraC family transcriptional regulator  69.69 
 
 		 288 aa  432  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3481  right origin-binding protein  69.69 
 
 		 288 aa  432  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0814  right origin-binding protein  69.69 
 
 		 288 aa  432  1e-120  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4996  right origin-binding protein  68.06 
 
 		 289 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4944  right origin-binding protein  68.06 
 
 		 289 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4998  right origin-binding protein  68.06 
 
 		 289 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4837  right origin-binding protein  68.06 
 
 		 289 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4910  right origin-binding protein  68.06 
 
 		 289 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04272  DNA-binding transcriptional activator  67.01 
 
 		 289 aa  401  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3601  transcriptional regulator, AraC family  67.01 
 
 		 289 aa  401  1e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04237  hypothetical protein  67.01 
 
 		 289 aa  401  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3660  AraC family transcriptional regulator  67.01 
 
 		 289 aa  401  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5910  right origin-binding protein  67.01 
 
 		 289 aa  401  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4994  right origin-binding protein  67.01 
 
 		 289 aa  401  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4943  right origin-binding protein  67.01 
 
 		 289 aa  401  1e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4946  right origin-binding protein  67.01 
 
 		 289 aa  401  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.96055 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4632  right origin-binding protein  67.01 
 
 		 289 aa  401  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0557  AraC family transcriptional regulator  65.62 
 
 		 289 aa  402  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0597  AraC family transcriptional regulator  46.8 
 
 		 292 aa  249  4e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1523  AraC family transcriptional regulator  68.1 
 
 		 152 aa  169  5e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00364512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2755  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2466  transcriptional regulator, AraC family  36.61 
 
 		 313 aa  162  9e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4021  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 288 aa  160  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.185045  normal  0.0217611 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00257  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.51 
 
 		 283 aa  139  6e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3321  AraC family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 283 aa  139  6e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2238  AraC family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1897  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0436968  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2009  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0352  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 285 aa  136  4e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.203769  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0313  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 285 aa  136  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1480  putative regulatory protein  30.93 
 
 		 283 aa  135  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0332  AraC family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 285 aa  135  9e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1794  putative regulatory protein  30.93 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.227844  normal  0.117823 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1796  putative regulatory protein  30.58 
 
 		 283 aa  132  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.131481  normal  0.259376 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1661  putative regulatory protein  30.58 
 
 		 283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0701683 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03934  DNA-binding transcriptional dual regulator  55.77 
 
 		 107 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0326041  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3930  transcriptional regulator, AraC family  55.77 
 
 		 107 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3965  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  55.77 
 
 		 107 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.105984 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5565  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  55.77 
 
 		 107 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.601347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4615  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  55.77 
 
 		 107 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4524  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  55.77 
 
 		 107 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03894  hypothetical protein  55.77 
 
 		 107 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0334168  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4304  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  55.77 
 
 		 107 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4580  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  55.77 
 
 		 107 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4524  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  53.85 
 
 		 107 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4610  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  53.85 
 
 		 107 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0547666  normal  0.902957 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4516  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  53.85 
 
 		 107 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4609  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  53.85 
 
 		 107 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.917171  normal  0.375209 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4660  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  53.85 
 
 		 107 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0266  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  51.85 
 
 		 108 aa  120  3.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1931  AraC family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 118 aa  118  9e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0129269  hitchhiker  0.0018191 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0268  putative HTH-type transcriptional regulator YkgA  38.36 
 
 		 163 aa  117  3e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3303  transcriptional regulator, AraC family  37.67 
 
 		 228 aa  116  5e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.401511  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00261  hypothetical protein  37.67 
 
 		 219 aa  116  5e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3482  AraC family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 140 aa  116  6e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.119803  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01490  DNA-binding transcriptional dual activator of multiple antibiotic resistance  50 
 
 		 127 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0187741  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2115  transcriptional regulator, AraC family  50 
 
 		 127 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000178307  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1733  DNA-binding transcriptional activator MarA  50 
 
 		 127 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1632  DNA-binding transcriptional activator MarA  51.49 
 
 		 127 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.599726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2127  DNA-binding transcriptional activator MarA  50 
 
 		 127 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.299134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1651  DNA-binding transcriptional activator MarA  51.49 
 
 		 127 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00571718  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01501  hypothetical protein  50 
 
 		 127 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0218777  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1639  DNA-binding transcriptional activator MarA  50 
 
 		 127 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1691  DNA-binding transcriptional activator MarA  51.49 
 
 		 127 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1624  DNA-binding transcriptional activator MarA  51.49 
 
 		 127 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.936948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1674  DNA-binding transcriptional activator MarA  50 
 
 		 127 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1816  DNA-binding transcriptional activator MarA  51.49 
 
 		 127 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1997  DNA-binding transcriptional activator MarA  51.46 
 
 		 127 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0707519 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2145  DNA-binding transcriptional activator MarA  50 
 
 		 127 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.883582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1890  AraC family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 120 aa  112  6e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.520011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2797  transcription activator effector binding  30.86 
 
 		 279 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.338998 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0634  transposon Tn10 TetD protein  45.37 
 
 		 113 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0693  transposon Tn10 TetD protein  45.37 
 
 		 113 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.808673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0739  transposon Tn10 TetD protein  45.37 
 
 		 113 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0677  transposon Tn10 TetD protein  45.37 
 
 		 113 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0620  transposon Tn10 TetD protein  45.37 
 
 		 113 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0027  AraC family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1078  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 113 aa  102  6e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.531138 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6275  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 279 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  31.75 
 
 		 279 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  30.95 
 
 		 291 aa  97.8  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 		 279 aa  97.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0526  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 129 aa  96.3  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000198595  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4053  AraC family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 277 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0910  HTH-type transcription regulator, AraC-family  26.17 
 
 		 298 aa  95.1  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.576456  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 288 aa  94.7  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0216  transcriptional regulator, AraC family  43 
 
 		 299 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0192  AraC family transcriptional regulator  42 
 
 		 299 aa  94.4  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0179  AraC family transcriptional regulator  42 
 
 		 299 aa  94.4  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0147136  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0191  AraC family transcriptional regulator  42 
 
 		 299 aa  94.4  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0211  transcriptional regulator, AraC family  42 
 
 		 299 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2387  AraC family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 128 aa  94.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000368739  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2484  AraC family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 128 aa  94.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.151206  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0176  AraC family transcriptional regulator  41 
 
 		 299 aa  92.8  6e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0182  AraC family transcriptional regulator  42 
 
 		 299 aa  92.8  6e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>