More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_3303 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_3303  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 228 aa  478  1e-134  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.401511  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00257  predicted DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 283 aa  454  1e-127  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3321  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 283 aa  454  1e-127  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00261  hypothetical protein  100 
 
 		 219 aa  456  1e-127  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0352  AraC family transcriptional regulator  95.91 
 
 		 285 aa  437  9.999999999999999e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.203769  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0313  AraC family transcriptional regulator  95.91 
 
 		 285 aa  437  9.999999999999999e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0332  AraC family transcriptional regulator  94.55 
 
 		 285 aa  429  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0268  putative HTH-type transcriptional regulator YkgA  98.75 
 
 		 163 aa  329  2e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0352  transcriptional regulator, AraC family  93.24 
 
 		 213 aa  288  3e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.627603 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1794  putative regulatory protein  34.13 
 
 		 283 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.227844  normal  0.117823 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1480  putative regulatory protein  34.85 
 
 		 283 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1796  putative regulatory protein  34.13 
 
 		 283 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.131481  normal  0.259376 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1661  putative regulatory protein  33.65 
 
 		 283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0701683 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0529  transcriptional regulator, AraC family  33.68 
 
 		 288 aa  118  6e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3867  transcriptional regulator, AraC family  37.67 
 
 		 295 aa  118  9e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000535009  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04272  DNA-binding transcriptional activator  36.6 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3601  transcriptional regulator, AraC family  36.6 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4910  right origin-binding protein  36.6 
 
 		 289 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4632  right origin-binding protein  36.6 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4996  right origin-binding protein  36.6 
 
 		 289 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4994  right origin-binding protein  36.6 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4944  right origin-binding protein  36.6 
 
 		 289 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04237  hypothetical protein  36.6 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3660  AraC family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4837  right origin-binding protein  36.6 
 
 		 289 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4943  right origin-binding protein  36.6 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4998  right origin-binding protein  36.6 
 
 		 289 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4946  right origin-binding protein  36.6 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.96055 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5910  right origin-binding protein  36.6 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3673  transcriptional regulator, AraC family  37.67 
 
 		 295 aa  116  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2755  transcriptional regulator, AraC family  43.38 
 
 		 300 aa  116  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0557  AraC family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1523  AraC family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 152 aa  115  6e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00364512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2466  transcriptional regulator, AraC family  39.01 
 
 		 313 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0679  AraC family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 289 aa  115  7.999999999999999e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0014238  normal  0.551474 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0814  right origin-binding protein  35.58 
 
 		 288 aa  114  8.999999999999998e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3481  right origin-binding protein  35.58 
 
 		 288 aa  114  8.999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3609  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 288 aa  114  8.999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0568  transcriptional regulator, AraC family  37.24 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.117041  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4516  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  47.17 
 
 		 107 aa  108  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4524  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  47.17 
 
 		 107 aa  108  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4610  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  47.17 
 
 		 107 aa  108  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0547666  normal  0.902957 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4609  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  47.17 
 
 		 107 aa  108  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.917171  normal  0.375209 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4660  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  47.17 
 
 		 107 aa  108  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03934  DNA-binding transcriptional dual regulator  46.23 
 
 		 107 aa  106  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0326041  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3930  transcriptional regulator, AraC family  46.23 
 
 		 107 aa  106  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4615  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  46.23 
 
 		 107 aa  106  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4524  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  46.23 
 
 		 107 aa  106  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4580  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  46.23 
 
 		 107 aa  106  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3965  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  46.23 
 
 		 107 aa  106  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.105984 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03894  hypothetical protein  46.23 
 
 		 107 aa  106  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0334168  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4304  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  46.23 
 
 		 107 aa  106  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5565  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  46.23 
 
 		 107 aa  106  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.601347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0266  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  46.23 
 
 		 108 aa  105  5e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2238  AraC family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 297 aa  104  9e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4021  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.185045  normal  0.0217611 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2009  AraC family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 297 aa  99.8  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1897  AraC family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 297 aa  99.8  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0436968  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0027  AraC family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 286 aa  99  5e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3482  AraC family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 140 aa  95.1  8e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.119803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0597  AraC family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 292 aa  92.8  4e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0739  transposon Tn10 TetD protein  39.25 
 
 		 113 aa  87  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0620  transposon Tn10 TetD protein  40.78 
 
 		 113 aa  87  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0677  transposon Tn10 TetD protein  40.78 
 
 		 113 aa  87  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1890  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 120 aa  87.4  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.520011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1078  AraC family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 113 aa  85.1  8e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.531138 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0693  transposon Tn10 TetD protein  39.81 
 
 		 113 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.808673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1931  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 118 aa  84  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0129269  hitchhiker  0.0018191 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0634  transposon Tn10 TetD protein  39.81 
 
 		 113 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2484  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 128 aa  83.2  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.151206  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3564  transcriptional regulator, AraC family  43 
 
 		 285 aa  83.2  0.000000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2387  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 128 aa  83.2  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000368739  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0009  helix-turn-helix domain-containing protein  39 
 
 		 306 aa  81.6  0.000000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000070115 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0971  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 136 aa  79.7  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000205729  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01490  DNA-binding transcriptional dual activator of multiple antibiotic resistance  36.73 
 
 		 127 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0187741  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1632  DNA-binding transcriptional activator MarA  36.73 
 
 		 127 aa  79.3  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.599726  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2115  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 127 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000178307  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2127  DNA-binding transcriptional activator MarA  36.73 
 
 		 127 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.299134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1624  DNA-binding transcriptional activator MarA  36.73 
 
 		 127 aa  79.3  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.936948  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01501  hypothetical protein  36.73 
 
 		 127 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0218777  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1816  DNA-binding transcriptional activator MarA  36.73 
 
 		 127 aa  79.3  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1733  DNA-binding transcriptional activator MarA  36.73 
 
 		 127 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1691  DNA-binding transcriptional activator MarA  36.73 
 
 		 127 aa  79.3  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1639  DNA-binding transcriptional activator MarA  36.73 
 
 		 127 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1651  DNA-binding transcriptional activator MarA  36.73 
 
 		 127 aa  79.3  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00571718  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1674  DNA-binding transcriptional activator MarA  36.73 
 
 		 127 aa  79.7  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2145  DNA-binding transcriptional activator MarA  36.73 
 
 		 127 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.883582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  38.78 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1997  DNA-binding transcriptional activator MarA  37.76 
 
 		 127 aa  79.3  0.00000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0707519 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0216  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2833  AraC family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 128 aa  77.8  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.360969  hitchhiker  0.00326998 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3142  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 301 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  36.19 
 
 		 291 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0192  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0191  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0211  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 299 aa  75.1  0.0000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0179  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 299 aa  75.1  0.0000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0147136  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  29.45 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>