More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_D0027 on replicon NC_009788
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009788  EcE24377A_D0027  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
286 aa  580  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00257  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.45 
 
 
283 aa  123  4e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3321  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 
283 aa  123  4e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0313  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 
285 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0352  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 
285 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.203769  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1796  putative regulatory protein  28.95 
 
 
283 aa  113  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.131481  normal  0.259376 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0332  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 
285 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1661  putative regulatory protein  28.95 
 
 
283 aa  113  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0701683 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2466  transcriptional regulator, AraC family  30.04 
 
 
313 aa  112  5e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2755  transcriptional regulator, AraC family  28.72 
 
 
300 aa  113  5e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1794  putative regulatory protein  28.95 
 
 
283 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.227844  normal  0.117823 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1480  putative regulatory protein  28.95 
 
 
283 aa  112  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0679  AraC family transcriptional regulator  27.51 
 
 
289 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0014238  normal  0.551474 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3609  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 
288 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3481  right origin-binding protein  27.76 
 
 
288 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0814  right origin-binding protein  27.76 
 
 
288 aa  107  3e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3673  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 
295 aa  106  5e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3867  transcriptional regulator, AraC family  26.37 
 
 
295 aa  105  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000535009  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0557  AraC family transcriptional regulator  27.37 
 
 
289 aa  103  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0529  transcriptional regulator, AraC family  27.31 
 
 
288 aa  103  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3303  transcriptional regulator, AraC family  43.86 
 
 
228 aa  99  8e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.401511  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00261  hypothetical protein  43.86 
 
 
219 aa  99  8e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0268  putative HTH-type transcriptional regulator YkgA  43.86 
 
 
163 aa  98.6  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0597  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 
292 aa  97.8  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5910  right origin-binding protein  26.21 
 
 
289 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04272  DNA-binding transcriptional activator  26.21 
 
 
289 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3601  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 
289 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4994  right origin-binding protein  26.21 
 
 
289 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4943  right origin-binding protein  26.21 
 
 
289 aa  95.9  7e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3660  AraC family transcriptional regulator  26.21 
 
 
289 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4946  right origin-binding protein  26.21 
 
 
289 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.96055 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04237  hypothetical protein  26.21 
 
 
289 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4632  right origin-binding protein  26.21 
 
 
289 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0568  transcriptional regulator, AraC family  27.37 
 
 
293 aa  95.1  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.117041  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4944  right origin-binding protein  26.9 
 
 
289 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4998  right origin-binding protein  26.9 
 
 
289 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4910  right origin-binding protein  26.9 
 
 
289 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4996  right origin-binding protein  26.9 
 
 
289 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4837  right origin-binding protein  26.9 
 
 
289 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2009  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 
297 aa  89.4  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1897  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 
297 aa  89.4  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0436968  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4021  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 
288 aa  88.6  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.185045  normal  0.0217611 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4524  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  41.9 
 
 
107 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4516  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  41.9 
 
 
107 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4609  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  41.9 
 
 
107 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.917171  normal  0.375209 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4610  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  41.9 
 
 
107 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0547666  normal  0.902957 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4660  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  41.9 
 
 
107 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03934  DNA-binding transcriptional dual regulator  41.9 
 
 
107 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0326041  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3930  transcriptional regulator, AraC family  41.9 
 
 
107 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4615  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  41.9 
 
 
107 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03894  hypothetical protein  41.9 
 
 
107 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0334168  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3965  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  41.9 
 
 
107 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.105984 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5565  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  41.9 
 
 
107 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.601347  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4580  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  41.9 
 
 
107 aa  85.5  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4524  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  41.9 
 
 
107 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4304  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  41.9 
 
 
107 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3482  AraC family transcriptional regulator  45.1 
 
 
140 aa  84  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.119803  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2238  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 
297 aa  84.3  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0266  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  40.95 
 
 
108 aa  83.2  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1523  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 
152 aa  77.8  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00364512  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01490  DNA-binding transcriptional dual activator of multiple antibiotic resistance  39 
 
 
127 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0187741  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2115  transcriptional regulator, AraC family  39 
 
 
127 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000178307  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2145  DNA-binding transcriptional activator MarA  39 
 
 
127 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.883582  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1632  DNA-binding transcriptional activator MarA  39 
 
 
127 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.599726  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1691  DNA-binding transcriptional activator MarA  39 
 
 
127 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1651  DNA-binding transcriptional activator MarA  39 
 
 
127 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00571718  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1733  DNA-binding transcriptional activator MarA  39 
 
 
127 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1674  DNA-binding transcriptional activator MarA  39 
 
 
127 aa  77.4  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1816  DNA-binding transcriptional activator MarA  39 
 
 
127 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1624  DNA-binding transcriptional activator MarA  39 
 
 
127 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.936948  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2127  DNA-binding transcriptional activator MarA  39 
 
 
127 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.299134  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1639  DNA-binding transcriptional activator MarA  39 
 
 
127 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01501  hypothetical protein  39 
 
 
127 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0218777  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1997  DNA-binding transcriptional activator MarA  39 
 
 
127 aa  76.3  0.0000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0707519 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1931  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 
118 aa  72.8  0.000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0129269  hitchhiker  0.0018191 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0620  transposon Tn10 TetD protein  34.58 
 
 
113 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0677  transposon Tn10 TetD protein  34.58 
 
 
113 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198694  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0739  transposon Tn10 TetD protein  34.91 
 
 
113 aa  71.6  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0634  transposon Tn10 TetD protein  33.64 
 
 
113 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0693  transposon Tn10 TetD protein  33.64 
 
 
113 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.808673  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1078  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 
113 aa  68.6  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.531138 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1890  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 
120 aa  68.2  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.520011  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2833  AraC family transcriptional regulator  34.55 
 
 
128 aa  65.9  0.0000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.360969  hitchhiker  0.00326998 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1051  transcriptional regulator, AraC family  38.95 
 
 
276 aa  65.9  0.0000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
156 aa  65.5  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  28.57 
 
 
324 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2484  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 
128 aa  64.3  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.151206  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2387  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 
128 aa  64.3  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000368739  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3833  AraC family transcriptional regulator  31.09 
 
 
327 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.699646 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3317  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 
327 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2193  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 
323 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00215033 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4427  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 
325 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3940  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 
325 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3588  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 
325 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0511949  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2146  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 
325 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.441975 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0971  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 
136 aa  62.4  0.000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000205729  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1922  transcriptional regulator, AraC family  27.18 
 
 
291 aa  61.6  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.890213  normal  0.89853 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 
273 aa  61.6  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  31.53 
 
 
275 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  21.21 
 
 
279 aa  62  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>