More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3987 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4482  AraC family transcriptional regulator  97.24 
 
 		 326 aa  634    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.821893 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3987  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  669    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3771  AraC family transcriptional regulator  95.71 
 
 		 326 aa  648    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.128178  normal  0.013148 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1433  helix-turn-helix domain-containing protein  97.24 
 
 		 326 aa  634    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392956  normal  0.582162 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1831  transcriptional regulator ArgR  87.88 
 
 		 351 aa  595  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3566  helix-turn-helix, AraC type  88.18 
 
 		 351 aa  586  1e-166  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.139016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4287  AraC family transcriptional regulator  89.26 
 
 		 326 aa  584  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2912  AraC family transcriptional regulator  86.5 
 
 		 326 aa  565  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.299019 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52740  transcriptional regulator ArgR  81.79 
 
 		 329 aa  536  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4621  transcriptional regulator ArgR  81.17 
 
 		 329 aa  532  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34510  ArgR-like transcriptional regulator, AraC family  78.23 
 
 		 324 aa  508  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1111  AraC family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 339 aa  260  2e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  41.57 
 
 		 375 aa  245  8e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1557  transcriptional regulator, AraC family  52.94 
 
 		 349 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.150137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2924  AraC family transcriptional regulator  53.39 
 
 		 349 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817827  normal  0.29565 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1057  AraC family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 346 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0171524  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2126  AraC family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 346 aa  237  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.330362  normal  0.517633 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4290  AraC family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 347 aa  237  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1060  AraC family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 321 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1156  AraC family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 346 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.131612 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1178  AraC family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 346 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0699  AraC family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 346 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.577114  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1788  AraC family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 350 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.432014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2788  AraC family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 345 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2849  AraC family transcription regulator  52.49 
 
 		 348 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1774  AraC family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 347 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2729  AraC family transcription regulator  52.49 
 
 		 345 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  41.46 
 
 		 367 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 353 aa  231  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  41.14 
 
 		 367 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 367 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  47.46 
 
 		 367 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1738  AraC family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 345 aa  230  3e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.272253  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0590  AraC family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 345 aa  230  3e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.988044  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2863  AraC family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 348 aa  230  3e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2821  transcriptional regulator  42.17 
 
 		 324 aa  230  3e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2428  AraC family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 345 aa  230  3e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  41.14 
 
 		 367 aa  229  7e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 368 aa  229  7e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 368 aa  228  8e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 368 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 368 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  40.98 
 
 		 364 aa  226  6e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 334 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  44.54 
 
 		 337 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  44.54 
 
 		 337 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  48.18 
 
 		 337 aa  218  2e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  46.4 
 
 		 334 aa  217  2e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6176  putative transcriptional regulator  41.42 
 
 		 336 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71170  AraC family transcriptional regulator  41.42 
 
 		 336 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3277  AraC family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 339 aa  215  7e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  36.83 
 
 		 368 aa  213  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4903  AraC family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.208419 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0329  AraC family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 314 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4511  transcriptional regulator, AraC family  40.26 
 
 		 341 aa  212  7e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  45.66 
 
 		 331 aa  212  7.999999999999999e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3394  transcriptional regulator, AraC family  42.74 
 
 		 334 aa  211  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2488  AraC family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 344 aa  209  4e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  37.15 
 
 		 339 aa  209  6e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0305  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 319 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0829  transcriptional regulator  38.96 
 
 		 317 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.351289 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0325  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 315 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.416285 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3735  helix-turn-helix domain-containing protein  44 
 
 		 343 aa  204  1e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5229  transcriptional regulator  37.94 
 
 		 314 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.35662  normal  0.0289181 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4030  transcriptional regulator, AraC family  44 
 
 		 343 aa  204  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3578  AraC family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 314 aa  204  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.54425 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4061  AraC family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 401 aa  203  3e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.135508  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2064  AraC family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 335 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3287  AraC family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 331 aa  202  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.242748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2238  AraC family transcriptional regulator  40.06 
 
 		 330 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.390455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0759  AraC family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 314 aa  202  8e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1960  AraC family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 314 aa  202  8e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0988  AraC family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 314 aa  202  8e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0692  AraC family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 314 aa  202  8e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0489  AraC family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 336 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2126  AraC family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 361 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3990  transcriptional regulator, AraC family  43.11 
 
 		 344 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3665  AraC family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 401 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.747363  normal  0.253179 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0848  AraC family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 361 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1850  AraC family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.999636  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2915  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  37.42 
 
 		 325 aa  200  3e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.904255  normal  0.163293 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0498  transcriptional regulator  37.62 
 
 		 316 aa  199  5e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7695  transcriptional regulator  36.28 
 
 		 324 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2234  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 335 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.498713 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  32.3 
 
 		 337 aa  196  5.000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 314 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 314 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0448  AraC family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 332 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1931  AraC family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 332 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0599  transcriptional regulator  36.71 
 
 		 326 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.703076 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001535  transcriptional regulator AraC family  37.34 
 
 		 318 aa  194  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5220  AraC family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 314 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.974611 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0566  AraC family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 332 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.207783  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2025  AraC family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 332 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  42.52 
 
 		 316 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1868  AraC family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 332 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0901  AraC family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 332 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4999  AraC family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.258482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4474  AraC family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5109  AraC family transcriptional regulator  45.91 
 
 		 332 aa  192  9e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.771046  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>