135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_1994 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_1994  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
543 aa  1112    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.199074  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1586  putative PAS/PAC sensor protein  67.84 
 
 
541 aa  730    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.822014  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2707  putative PAS/PAC sensor protein  74.54 
 
 
640 aa  676    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.109569 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.33 
 
 
982 aa  66.2  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.288363 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.03 
 
 
1325 aa  64.7  0.000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.120961 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.89 
 
 
986 aa  63.2  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1041  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  22.36 
 
 
1121 aa  59.7  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.700011  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.32 
 
 
1050 aa  59.7  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2546  Signal transduction histidine kinase-like protein  24.03 
 
 
804 aa  58.9  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3740  putative PAS/PAC sensor protein  23.81 
 
 
1109 aa  58.5  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4990  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.62 
 
 
955 aa  57.4  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.83 
 
 
780 aa  57.4  0.0000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1335  putative PAS/PAC sensor protein  22.34 
 
 
1113 aa  56.6  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.69 
 
 
916 aa  55.5  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3250  sensory transduction histidine kinase  25.44 
 
 
1019 aa  54.7  0.000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.145129 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0599  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.9 
 
 
957 aa  54.7  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.29 
 
 
1080 aa  54.7  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2373  putative PAS/PAC sensor protein  30.41 
 
 
424 aa  54.3  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0322633  normal  0.629706 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.98 
 
 
1245 aa  54.3  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  24.8 
 
 
893 aa  53.9  0.000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3878  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.51 
 
 
673 aa  53.9  0.000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2693  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.68 
 
 
727 aa  53.5  0.000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0252521 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.09 
 
 
448 aa  53.9  0.000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2554  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  19.65 
 
 
844 aa  53.1  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001930  sensory box/GGDEF family protein  23.33 
 
 
815 aa  53.1  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2066  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.02 
 
 
1167 aa  52.4  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.082343  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  27.48 
 
 
1442 aa  52.4  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0350  multi-sensor hybrid histidine kinase  21.31 
 
 
1140 aa  52.8  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.86 
 
 
1301 aa  52.4  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.012558 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.3 
 
 
1466 aa  52  0.00003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0538  ATP-binding region, ATPase-like protein  25 
 
 
1233 aa  52  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.62 
 
 
885 aa  52  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1550  putative PAS/PAC sensor protein  25.3 
 
 
556 aa  52  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.4 
 
 
1262 aa  51.6  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4189  putative PAS/PAC sensor protein  26.9 
 
 
428 aa  52  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000679447 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  26.96 
 
 
3706 aa  51.2  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0796  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.3 
 
 
765 aa  51.2  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.341606 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.6 
 
 
781 aa  51.2  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.015368  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1261  putative phage repressor  38.46 
 
 
236 aa  51.2  0.00005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000205761 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0229  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.17 
 
 
701 aa  50.8  0.00006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.282736 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.18 
 
 
767 aa  50.8  0.00006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0047  signal transduction histidine kinase  32.97 
 
 
980 aa  50.8  0.00007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1919  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.22 
 
 
862 aa  49.7  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.592004  normal  0.385421 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.27 
 
 
324 aa  50.1  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0420  CI repressor  33.87 
 
 
116 aa  49.7  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0170  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.88 
 
 
603 aa  49.7  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.651305 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0972  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.48 
 
 
994 aa  49.3  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.172335  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1896  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.61 
 
 
865 aa  49.3  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1480  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.63 
 
 
1012 aa  48.9  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3966  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.5 
 
 
677 aa  49.3  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000186378 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1372  putative PAS/PAC sensor protein  24.71 
 
 
655 aa  49.3  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0333  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  23.71 
 
 
720 aa  49.3  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0566  MCP methyltransferase, CheR-type with PAS/PAC sensor  31.87 
 
 
1193 aa  49.3  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  20.17 
 
 
1758 aa  48.5  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.669381 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46030  putative chemotaxis transducer  24.89 
 
 
417 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.825122 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3094  putative PAS/PAC sensor protein  25.91 
 
 
519 aa  48.5  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.259313 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2676  putative phage repressor  37.1 
 
 
231 aa  48.5  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0135442 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1100  PAS  27.63 
 
 
576 aa  48.1  0.0004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.897667  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1569  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  20.57 
 
 
839 aa  48.1  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.1217  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2130  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.64 
 
 
530 aa  48.1  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.43 
 
 
891 aa  48.1  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00177504  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0868  putative phage repressor  33.87 
 
 
242 aa  48.1  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0373508  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2954  putative PAS/PAC sensor protein  27.84 
 
 
512 aa  47.8  0.0005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2296  GGDEF domain-containing protein  25.44 
 
 
529 aa  47.8  0.0005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1343  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25 
 
 
859 aa  48.1  0.0005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0844288  hitchhiker  0.00464954 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  25.42 
 
 
1177 aa  47.8  0.0006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.91 
 
 
996 aa  47.8  0.0006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3872  PAS  28.35 
 
 
853 aa  47.8  0.0006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.49 
 
 
423 aa  47.4  0.0006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.01 
 
 
812 aa  47.4  0.0006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  20.66 
 
 
1021 aa  47.4  0.0007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.45 
 
 
1665 aa  47.4  0.0007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1218  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.95 
 
 
933 aa  47.4  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.493639  hitchhiker  0.0000319453 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.19 
 
 
416 aa  47.4  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.1 
 
 
1111 aa  47.4  0.0008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.444762  normal  0.501062 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3508  putative PAS/PAC sensor protein  22.5 
 
 
554 aa  47.4  0.0008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.254838 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1342  bacteriophage CI repressor  39.66 
 
 
198 aa  47  0.0009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0453655  normal  0.646856 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2934  PAS  29.57 
 
 
955 aa  46.6  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000914767  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.25 
 
 
820 aa  46.2  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2949  DNA-binding protein, putative  35.71 
 
 
231 aa  46.6  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3233  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.18 
 
 
1151 aa  46.6  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.885558  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.61 
 
 
898 aa  46.6  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1268  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.74 
 
 
1069 aa  46.6  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  18.6 
 
 
1144 aa  46.6  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3129  sensory box histidine kinase/response regulator  24.68 
 
 
1236 aa  46.2  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2281  putative phage repressor  37.5 
 
 
232 aa  46.2  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0300  sensory box/GGDEF family protein  25.45 
 
 
321 aa  46.6  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.759411  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.8 
 
 
893 aa  46.6  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.48 
 
 
416 aa  46.2  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  28.37 
 
 
255 aa  46.2  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1358  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 
896 aa  46.2  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.942872  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0545  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.9 
 
 
896 aa  45.8  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.91043  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1419  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29 
 
 
769 aa  46.2  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0849788  normal  0.753623 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0093  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.74 
 
 
856 aa  45.8  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2638  signal transduction histidine kinase  24.8 
 
 
1246 aa  45.8  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.406251  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  27.98 
 
 
733 aa  45.4  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  24.79 
 
 
1589 aa  45.8  0.002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1808  putative PAS/PAC sensor protein  21.61 
 
 
603 aa  45.4  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.268482 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.72 
 
 
916 aa  45.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2954  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.16 
 
 
1127 aa  45.4  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>