More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0602 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_0602  diguanylate cyclase  100 
 
 		 637 aa  1227    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 513 aa  127  5e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4028  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 447 aa  121  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 603 aa  120  6e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2451  putative diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 651 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.20107  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0266  diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 942 aa  118  3e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.955306  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3152  diguanylate cyclase  40 
 
 		 653 aa  117  8.999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000175722  hitchhiker  0.00223393 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0267  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 550 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.92395  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 377 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 640 aa  114  5e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 363 aa  114  5e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  42.51 
 
 		 457 aa  113  9e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  42.26 
 
 		 457 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.82 
 
 		 843 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0422  diguanylate cyclase  35.55 
 
 		 317 aa  113  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.82 
 
 		 367 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  41.92 
 
 		 457 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 866 aa  112  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0096  diguanylate cyclase  44.26 
 
 		 555 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2725  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 368 aa  112  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  45.76 
 
 		 411 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 608 aa  111  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 314 aa  111  4.0000000000000004e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 615 aa  111  4.0000000000000004e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 572 aa  111  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  38.46 
 
 		 457 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  38.73 
 
 		 457 aa  110  6e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.96 
 
 		 1021 aa  110  6e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  32.16 
 
 		 649 aa  110  6e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4032  diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 561 aa  110  9.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.211058 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4402  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.39 
 
 		 563 aa  110  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.377329 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 472 aa  110  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 312 aa  109  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 733 aa  109  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  40.72 
 
 		 457 aa  110  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  34.33 
 
 		 325 aa  110  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  41.52 
 
 		 457 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  43.68 
 
 		 411 aa  110  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 499 aa  110  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2057  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.59 
 
 		 699 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0806  GGDEF family protein  34.16 
 
 		 443 aa  109  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  40.96 
 
 		 418 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 308 aa  109  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 634 aa  109  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  45.3 
 
 		 395 aa  109  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 555 aa  108  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  43.89 
 
 		 409 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 490 aa  109  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 357 aa  109  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3711  sensory box protein  40.53 
 
 		 503 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0503901 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 661 aa  108  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 1339 aa  108  3e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  40.12 
 
 		 457 aa  108  3e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.17 
 
 		 698 aa  108  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.330245  normal  0.58075 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0021  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 423 aa  108  4e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  39.2 
 
 		 455 aa  108  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.47 
 
 		 574 aa  108  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.221149 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  37.79 
 
 		 308 aa  107  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 395 aa  107  5e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 517 aa  107  5e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  33.46 
 
 		 354 aa  107  6e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 414 aa  107  6e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 410 aa  107  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 469 aa  107  6e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.07 
 
 		 1032 aa  107  8e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  39 
 
 		 792 aa  107  9e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  38.07 
 
 		 756 aa  107  9e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  41.67 
 
 		 461 aa  107  9e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.25 
 
 		 457 aa  106  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  40.36 
 
 		 466 aa  106  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.87 
 
 		 505 aa  106  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.05 
 
 		 1079 aa  106  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1914  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 459 aa  106  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.943888  hitchhiker  0.00021307 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.94 
 
 		 325 aa  106  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1658  response regulator/GGDEF domain-containing protein  35.14 
 
 		 458 aa  105  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.939598  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 646 aa  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  44.12 
 
 		 402 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  35.18 
 
 		 794 aa  106  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.6 
 
 		 801 aa  106  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 539 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 381 aa  105  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45 
 
 		 708 aa  105  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.15 
 
 		 686 aa  105  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1305  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 256 aa  105  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 457 aa  106  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  38.82 
 
 		 308 aa  105  3e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 491 aa  105  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3910  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 537 aa  105  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283041  normal  0.244259 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 495 aa  105  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  39.09 
 
 		 457 aa  105  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 		 675 aa  105  3e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  41.67 
 
 		 563 aa  105  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 351 aa  104  4e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4086  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.58 
 
 		 820 aa  104  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 492 aa  105  4e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 638 aa  104  5e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 559 aa  104  5e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  38.53 
 
 		 357 aa  104  6e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1927  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 253 aa  104  6e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.949533 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2488  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 429 aa  103  7e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.792877 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>