More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6112 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6112  integrase family protein  100 
 
 		 630 aa  1258    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6086  tyrosine-based site-specific recombinase  40.32 
 
 		 716 aa  444  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0503413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5172  integrase family protein  41.69 
 
 		 704 aa  428  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1507  integrase family protein  41.69 
 
 		 704 aa  428  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.879594  normal  0.107383 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5076  integrase family protein  34.18 
 
 		 733 aa  268  2e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.821689  normal  0.0349063 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6262  integrase family protein  35.33 
 
 		 770 aa  262  2e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.755623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6577  integrase family protein  33.78 
 
 		 710 aa  244  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00328143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5291  phage integrase  35.74 
 
 		 565 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5567  phage integrase family protein  35.74 
 
 		 565 aa  234  3e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2103  phage integrase family protein  36.96 
 
 		 559 aa  230  5e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6864  phage integrase family protein  35.01 
 
 		 563 aa  226  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.728791  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0038  phage integrase family protein  35.71 
 
 		 565 aa  224  3e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1051  phage integrase family protein  35.71 
 
 		 565 aa  224  3e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.930281  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0376  phage integrase family protein  35.71 
 
 		 565 aa  224  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.128426  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1208  phage integrase family protein  35.71 
 
 		 565 aa  224  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4706  integrase family protein  36.15 
 
 		 563 aa  224  4e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1337  phage integrase family protein  34.55 
 
 		 565 aa  222  1.9999999999999999e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.515892  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4691  phage integrase family protein  33.6 
 
 		 609 aa  221  3e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.298565  normal  0.0454355 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1882  phage integrase family protein  34.51 
 
 		 566 aa  219  1e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.496854  normal  0.778139 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5389  integrase family protein  35.58 
 
 		 575 aa  217  7e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.028287  normal  0.0149159 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5529  phage integrase  34.99 
 
 		 557 aa  214  5.999999999999999e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95616 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6605  phage integrase family protein  35.5 
 
 		 559 aa  213  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1746  integrase family protein  37.25 
 
 		 442 aa  213  9e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.526139 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1227  phage integrase  35.5 
 
 		 507 aa  213  9e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7054  integrase family protein  34.87 
 
 		 578 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5705  phage integrase family protein  34.47 
 
 		 578 aa  212  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.782513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6926  integrase family protein  36.27 
 
 		 580 aa  212  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6458  integrase family protein  34.47 
 
 		 580 aa  211  3e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.446342 
 
 
-
 
NC_003296  RS01673  putative integrase/recombinase protein  35.45 
 
 		 566 aa  211  4e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6948  Phage integrase  35.18 
 
 		 578 aa  210  6e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00529901  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1438  phage integrase  34.47 
 
 		 578 aa  210  6e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6390  phage integrase family protein  34.47 
 
 		 578 aa  210  7e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.82741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1825  integrase family protein  35.24 
 
 		 566 aa  207  4e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0271537 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1740  integrase family protein  34.59 
 
 		 559 aa  206  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407368 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6456  phage integrase  34.47 
 
 		 563 aa  205  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4983  Phage integrase  36.1 
 
 		 588 aa  205  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.850292 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4251  phage integrase family protein  29.39 
 
 		 624 aa  202  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2034  integrase family protein  36.03 
 
 		 422 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.108116  hitchhiker  0.0000000170998 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4514  Tyrosine-based site-specific recombinase  33.27 
 
 		 559 aa  201  3.9999999999999996e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.197712  normal  0.108767 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1405  Phage integrase  38.22 
 
 		 420 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5040  phage integrase  30.59 
 
 		 732 aa  196  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.346055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4162  integrase family protein  37.23 
 
 		 428 aa  194  6e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3895  phage integrase  38.13 
 
 		 398 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.211604  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5830  integrase family protein  38.13 
 
 		 398 aa  192  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00308669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4473  phage integrase family protein  38.13 
 
 		 398 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0169641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4473  phage integrase family protein  32.22 
 
 		 609 aa  191  2.9999999999999997e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00130209  decreased coverage  4.4515899999999994e-20 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6164  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  34.03 
 
 		 616 aa  190  5.999999999999999e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5516  phage integrase  30.19 
 
 		 734 aa  190  8e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0248661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4952  integrase family protein  34.58 
 
 		 577 aa  187  4e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1625  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  37.25 
 
 		 411 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5448  integrase family protein  34.19 
 
 		 577 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7324  integrase family protein  37.35 
 
 		 421 aa  183  7e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0511421 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2135  integrase family protein  36.52 
 
 		 394 aa  180  8e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182439  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1886  phage integrase family protein  35.14 
 
 		 417 aa  178  3e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.455882 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4932  phage integrase family protein  30.62 
 
 		 618 aa  177  6e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.356622 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4335  integrase family protein  37.37 
 
 		 397 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199412 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1733  integrase family protein  37.37 
 
 		 397 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.461971 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4445  integrase family protein  37.37 
 
 		 397 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0199847  normal  0.157682 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5048  integrase family protein  37.37 
 
 		 397 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.414068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6892  phage integrase family protein  31.58 
 
 		 618 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5789  integrase family protein  36.36 
 
 		 399 aa  160  5e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0076  hypothetical protein  28.77 
 
 		 797 aa  146  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.701551  hitchhiker  0.00833618 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4613  integrase domain-containing protein  47.31 
 
 		 222 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.754834 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2777  integrase family protein  29.9 
 
 		 420 aa  114  6e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0260202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6320  tyrosine-based site-specific recombinase activity site-specific DNA integration  32.97 
 
 		 398 aa  110  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4175  phage integrase family protein  31.17 
 
 		 436 aa  110  9.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5821  tyrosine-based site-specific recombinase XerD  30.16 
 
 		 526 aa  109  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1886  phage integrase  31.9 
 
 		 397 aa  105  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.031072  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25680  Phage integrase  28.11 
 
 		 430 aa  103  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5345  putative integrase/recombinase protein  31.73 
 
 		 527 aa  102  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0092  putative integrase family protein  25.14 
 
 		 376 aa  100  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.967916  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2629  phage integrase family site specific recombinase  24.93 
 
 		 418 aa  96.3  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.953118  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5988  tyrosine-based site-specific recombinase BimA  30.14 
 
 		 495 aa  96.3  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.239926  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1968  phage integrase family site specific recombinase  27.55 
 
 		 415 aa  96.3  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.172186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5664  integrase family protein  31.71 
 
 		 490 aa  93.6  9e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.375823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6193  phage integrase-like SAM-like  30.62 
 
 		 495 aa  93.6  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.126905  hitchhiker  0.000249234 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5548  phage integrase  26.86 
 
 		 527 aa  89.7  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174978  normal  0.321363 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0040  phage integrase family protein  24.27 
 
 		 417 aa  86.7  0.000000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0002  phage integrase family site specific recombinase  24.27 
 
 		 406 aa  86.3  0.000000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.952684  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7315  integrase family protein  29.82 
 
 		 508 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.968074  normal  0.0692077 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1829  hypothetical protein  24.58 
 
 		 408 aa  82.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1832  hypothetical protein  24.58 
 
 		 408 aa  82  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4967  integrase family protein  30.25 
 
 		 495 aa  82  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.617968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2002  phage integrase family protein  24.73 
 
 		 431 aa  80.5  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0997607  hitchhiker  0.000000242196 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2207  phage integrase family protein  24.54 
 
 		 430 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.151276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2224  phage integrase family protein  24.11 
 
 		 431 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0802491  normal  0.324661 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2210  integrase family protein  24.11 
 
 		 431 aa  79  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.241483  normal  0.683218 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1982  phage integrase family protein  24.37 
 
 		 423 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0235719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1973  phage integrase family protein  24.46 
 
 		 431 aa  78.2  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.218388  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2174  phage integrase family protein  23.29 
 
 		 431 aa  77.4  0.0000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.193814  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2429  integrase family protein  22.8 
 
 		 430 aa  77.4  0.0000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000369263 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  29.66 
 
 		 324 aa  77  0.0000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2857  site-specific recombinase, phage integrase family  24.24 
 
 		 444 aa  76.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0775939  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  28.3 
 
 		 295 aa  75.5  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2007  phage integrase family protein  23.63 
 
 		 435 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000769024  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5548  integrase family protein  31.54 
 
 		 289 aa  73.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02236  putative prolin-rich protein  41.6 
 
 		 432 aa  72.4  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2197  phage integrase family protein  23.01 
 
 		 431 aa  72  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4483  hypothetical protein  23.01 
 
 		 431 aa  72  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2082  phage integrase family protein  24.73 
 
 		 415 aa  71.6  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.267765  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>