More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2513 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2513  diguanylate cyclase  100 
 
 		 374 aa  730    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5063  diguanylate cyclase  46.49 
 
 		 367 aa  266  5e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  32.48 
 
 		 386 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  34.75 
 
 		 363 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30 
 
 		 317 aa  111  2.0000000000000002e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 385 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 385 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  31.51 
 
 		 373 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1036  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 363 aa  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.19224 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  38.07 
 
 		 476 aa  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1163  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 363 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1910  GGDEF family protein  40.8 
 
 		 413 aa  105  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.382207  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  43.04 
 
 		 448 aa  105  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  36.51 
 
 		 392 aa  103  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 409 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  33.42 
 
 		 417 aa  103  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.67 
 
 		 469 aa  102  7e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 384 aa  102  8e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 466 aa  102  9e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 460 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 457 aa  100  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0406  periplasmic sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  41.82 
 
 		 347 aa  99.8  6e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1126  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 415 aa  100  6e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.926939 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 391 aa  99.4  8e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 391 aa  99.4  8e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4599  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 231 aa  99.4  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.711309  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  34.02 
 
 		 548 aa  99.4  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  32.58 
 
 		 417 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  42.04 
 
 		 524 aa  98.6  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 469 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  43.01 
 
 		 384 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2060  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 359 aa  97.4  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 517 aa  97.1  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 366 aa  97.1  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 261 aa  97.1  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 332 aa  97.1  5e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3484  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.98 
 
 		 717 aa  96.7  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.049586 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  33.69 
 
 		 544 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  43.12 
 
 		 533 aa  96.7  6e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 329 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4247  diguanylate cyclase  34.71 
 
 		 395 aa  96.3  7e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.897549 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  33.8 
 
 		 410 aa  96.3  8e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 487 aa  96.3  8e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  35.26 
 
 		 451 aa  95.5  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  40 
 
 		 571 aa  95.5  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0948  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 401 aa  95.5  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 392 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  37 
 
 		 689 aa  95.5  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1546  diguanylate cyclase  31.87 
 
 		 416 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0539589  hitchhiker  0.00796281 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 361 aa  95.1  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  29.7 
 
 		 498 aa  95.1  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  35.39 
 
 		 389 aa  94.7  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  32.79 
 
 		 312 aa  95.1  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 405 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  36.4 
 
 		 795 aa  94  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 411 aa  94.7  3e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 436 aa  94.4  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 357 aa  94.4  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 392 aa  94.4  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 370 aa  94.4  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 386 aa  94  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 532 aa  94  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3540  diguanylate cyclase  33.92 
 
 		 365 aa  94  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.123648 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 614 aa  94  4e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3744  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.69 
 
 		 832 aa  94  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.726032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 460 aa  94  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 405 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3406  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 388 aa  93.6  5e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 316 aa  93.6  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 545 aa  93.6  5e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  31.1 
 
 		 357 aa  93.6  5e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0735  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 375 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 422 aa  93.2  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0289  diguanylate cyclase  31.95 
 
 		 389 aa  93.2  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 513 aa  93.2  6e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0267  diguanylate cyclase with GAF sensor  37 
 
 		 500 aa  93.2  7e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0141639 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 523 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3838  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 452 aa  92.8  8e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210475  normal  0.0305933 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 386 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.34 
 
 		 578 aa  92.8  8e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3412  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 346 aa  92.8  8e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 411 aa  92.8  8e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0297  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 389 aa  92.8  9e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 301 aa  92.8  9e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 523 aa  92.8  9e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0301  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 389 aa  92.8  9e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 407 aa  92.8  9e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 401 aa  92.8  9e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 389 aa  92.8  9e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  39.46 
 
 		 385 aa  92.4  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  38.42 
 
 		 415 aa  92  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 405 aa  92  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 411 aa  92  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2470  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.07 
 
 		 719 aa  92.4  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357603 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  31.74 
 
 		 555 aa  92.4  1e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  37.19 
 
 		 526 aa  92.4  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  40 
 
 		 409 aa  92  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 646 aa  92.4  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  41.67 
 
 		 400 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>