251 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0354 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0354  hypothetical protein  100 
 
 		 230 aa  476  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0313675 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3866  TetR family transcriptional regulator  76.86 
 
 		 230 aa  371  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.599707  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0277  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 261 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00084176 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0233  hypothetical protein  26.03 
 
 		 246 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3998  hypothetical protein  24 
 
 		 252 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.13761 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0298  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 267 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.985491  normal  0.0279616 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3627  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 261 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2533  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 252 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4183  TetR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 263 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.302127 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0326  TetR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 263 aa  68.6  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1415  TetR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4177  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 254 aa  65.1  0.0000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.526119 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4025  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3965  transcriptional regulator, TetR family  46.94 
 
 		 208 aa  52.8  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4245  regulatory protein, TetR  43.75 
 
 		 221 aa  52.4  0.000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.933468  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5768  putative transcriptional regulator, TetR family  36.46 
 
 		 239 aa  52  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.51365  normal  0.452434 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3183  transcriptional regulator, TetR family  31.18 
 
 		 220 aa  50.4  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 234 aa  50.4  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27670  transcriptional regulator  38.6 
 
 		 254 aa  50.1  0.00003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.208365 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0651  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 218 aa  50.1  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0025795  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1480  TetR family transcriptional regulator  42 
 
 		 235 aa  49.3  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1502  TetR family transcriptional regulator  42 
 
 		 235 aa  49.3  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1079  TetR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 215 aa  49.3  0.00006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1477  TetR family transcriptional regulator  42 
 
 		 238 aa  48.9  0.00006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  40 
 
 		 258 aa  48.9  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1882  TetR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 137 aa  48.5  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0872  transcriptional regulator, TetR family  42.31 
 
 		 211 aa  47.8  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.678947 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3992  transcriptional regulator, TetR family  33.71 
 
 		 218 aa  48.1  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1656  TetR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 196 aa  48.1  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0515046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2756  hypothetical protein  42.31 
 
 		 137 aa  47.8  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0928173 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4113  TetR family transcriptional regulator  46 
 
 		 236 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.249212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4533  transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 		 197 aa  48.1  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0585795  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1456  transcriptional regulator, TetR family  32.76 
 
 		 211 aa  47.8  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3230  transcriptional regulator, TetR family  36.71 
 
 		 191 aa  47.4  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0704446  hitchhiker  0.00000846551 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0412  TetR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 216 aa  47.4  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.742667  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1823  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 137 aa  47.4  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000376424  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1826  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 250 aa  47  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0995188  normal  0.24055 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  35.82 
 
 		 201 aa  47  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1320  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 224 aa  47  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0268  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 202 aa  47  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11037  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 197 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.102388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4931  TetR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 497 aa  47.4  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.475051  normal  0.080695 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6365  putative transcriptional regulator, TetR family  32.86 
 
 		 210 aa  47.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.277737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12230  transcriptional regulator  44.29 
 
 		 199 aa  47.4  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4104  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 438 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2551  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 206 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48532  normal  0.51431 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2698  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 203 aa  46.6  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  35.09 
 
 		 222 aa  46.6  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  40.74 
 
 		 195 aa  46.6  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2080  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 219 aa  47  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.740876  hitchhiker  0.00831587 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4247  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 212 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0639864  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 212 aa  47  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4333  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 212 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.771402  normal  0.443044 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2502  transcriptional regulator, TetR family  29.11 
 
 		 291 aa  46.6  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4626  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 212 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.734291 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 192 aa  46.2  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32320  transcriptional regulator, TetR family  42.31 
 
 		 200 aa  46.2  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.247928 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4588  transcriptional regulator, TetR family  40.35 
 
 		 206 aa  46.2  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.112472 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2475  transcriptional regulator, TetR family  41.07 
 
 		 222 aa  46.6  0.0004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.260568  hitchhiker  0.0024636 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1473  TetR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 195 aa  46.2  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1938  hypothetical protein  34.67 
 
 		 186 aa  46.2  0.0005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1028  transcriptional regulator, TetR family  43.75 
 
 		 200 aa  45.8  0.0005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0479484  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  37.29 
 
 		 221 aa  46.2  0.0005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4092  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 206 aa  46.2  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1592  transcriptional regulator, TetR family  32.91 
 
 		 198 aa  46.2  0.0005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1949  hypothetical protein  34.67 
 
 		 186 aa  45.8  0.0006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0949  transcriptional regulator, TetR family  30.49 
 
 		 286 aa  45.8  0.0006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2703  regulatory protein TetR  39.13 
 
 		 182 aa  45.8  0.0006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0410158  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2816  hypothetical protein  38.46 
 
 		 222 aa  45.4  0.0007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0366008  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0318  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 198 aa  45.4  0.0007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.701446 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4589  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 198 aa  45.4  0.0007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.447268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 243 aa  45.4  0.0008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3161  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 195 aa  45.1  0.0008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000174477  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0705  regulatory protein, TetR  32.93 
 
 		 211 aa  45.4  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0908  transcriptional regulator, TetR family  30.19 
 
 		 207 aa  45.1  0.0008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.469028  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 212 aa  45.4  0.0008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4353  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 195 aa  44.3  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6345  transcriptional regulator, TetR family  41.51 
 
 		 241 aa  45.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13891  TetR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 216 aa  44.7  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1601  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 202 aa  44.3  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2557  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 232 aa  45.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2437  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 216 aa  44.7  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000237388  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2087  transcriptional regulator, TetR family  29.27 
 
 		 206 aa  44.3  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0227018  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0097  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 207 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25080  Transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 191 aa  44.3  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0602  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 195 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0228  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 205 aa  44.7  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.728602  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3836  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 211 aa  45.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4633  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 195 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.169287  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0372  TetR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 211 aa  44.7  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.462449 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4778  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 217 aa  45.1  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1840  transcriptional regulator, TetR family  26.47 
 
 		 213 aa  45.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0700993  normal  0.104485 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 201 aa  45.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1609  transcriptional regulator, TetR family  37.29 
 
 		 239 aa  44.3  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4037  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 446 aa  44.7  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.755951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1947  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 197 aa  44.7  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3637  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 228 aa  44.7  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4653  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 195 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 291 aa  44.7  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2324  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 240 aa  44.7  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>