103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_4025 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_4025  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4183  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.302127 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0326  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 263 aa  62.4  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0277  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 261 aa  60.5  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00084176 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4177  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 254 aa  59.7  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.526119 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2533  TetR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 252 aa  58.9  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3866  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 230 aa  58.2  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.599707  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1415  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 260 aa  57.4  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2751  putative transcriptional regulator, TetR family  40.28 
 
 		 229 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0359606 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0298  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 267 aa  56.6  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.985491  normal  0.0279616 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0354  hypothetical protein  35.14 
 
 		 230 aa  56.2  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0313675 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3627  TetR family transcriptional regulator  22.84 
 
 		 261 aa  54.7  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2205  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 202 aa  51.2  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.270822 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08110  transcriptional regulator  34.33 
 
 		 198 aa  50.4  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.792237 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2877  TetR family transcriptional regulator  44 
 
 		 188 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.477107  normal  0.116943 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1585  regulatory protein, TetR  29.46 
 
 		 239 aa  50.1  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000139754  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0144  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 181 aa  49.3  0.00005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2633  transcriptional regulator, TetR family  35.09 
 
 		 204 aa  49.3  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.487613  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0186  TetR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 203 aa  48.5  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1819  TetR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 203 aa  48.5  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191224 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1459  TetR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 203 aa  48.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1790  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2221  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 264 aa  47.8  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.104647  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4469  transcriptional regulator, TetR family  31.37 
 
 		 202 aa  47.8  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2715  transcriptional regulator, TetR family  30.67 
 
 		 189 aa  48.1  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  31.58 
 
 		 258 aa  47.4  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4942  transcriptional regulator, TetR family  27.21 
 
 		 247 aa  46.6  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.134742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1371  transcriptional regulator, TetR family  30.67 
 
 		 189 aa  46.6  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1121  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 221 aa  46.2  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2721  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 194 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1079  TetR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 215 aa  46.2  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2951  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 188 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777364 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2722  TetR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 237 aa  45.8  0.0005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1405  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 203 aa  45.8  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4689  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 243 aa  45.4  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6361  transcriptional regulator, TetR family  25.61 
 
 		 229 aa  45.8  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.529564  normal  0.439154 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1961  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 213 aa  45.4  0.0007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.310052  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0659  transcriptional regulator TetR family  32.26 
 
 		 196 aa  45.4  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3212  TetR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 223 aa  45.4  0.0007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.59703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2361  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 199 aa  45.1  0.0008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000141293  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1991  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 199 aa  44.7  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000115862  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4307  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 214 aa  44.7  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.188393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3517  TetR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 236 aa  44.3  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0435497  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1726  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 199 aa  44.7  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.716564  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1860  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 199 aa  44.3  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0204447  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1980  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 199 aa  44.7  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00264568  hitchhiker  0.00106159 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1549  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 199 aa  44.3  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1841  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 199 aa  44.7  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.170954  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4820  transcriptional regulator, TetR family  43.4 
 
 		 203 aa  44.7  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.353068 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2099  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 216 aa  44.3  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5257  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 194 aa  44.7  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.570583  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2525  transcriptional regulator, TetR family  34.92 
 
 		 214 aa  45.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00530  transcriptional regulator  28.21 
 
 		 212 aa  44.7  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38620  hypothetical protein  32.84 
 
 		 186 aa  44.7  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4326  TetR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 202 aa  43.9  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0914  transcriptional regulatory protein  32.79 
 
 		 210 aa  44.3  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.626019  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0400  TetR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 205 aa  43.5  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4887  putative TetR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 191 aa  44.3  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0109337  normal  0.0985913 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3395  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 193 aa  43.9  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.584176  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4264  transcriptional regulator, TetR family  32.47 
 
 		 189 aa  43.9  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6941  transcriptional regulator, TetR family  27.06 
 
 		 221 aa  43.9  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 231 aa  43.5  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6886  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 239 aa  43.5  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  0.0518769 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 234 aa  43.5  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0233  hypothetical protein  29.31 
 
 		 246 aa  43.5  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0973  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 199 aa  43.5  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.342069 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4856  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 219 aa  43.1  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2011  transcriptional regulator, TetR family  33.96 
 
 		 213 aa  43.5  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.27798 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0290  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 248 aa  43.1  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0660721  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1949  hypothetical protein  45.45 
 
 		 186 aa  42.7  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0368  TetR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 184 aa  42.7  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00011837  normal  0.0425 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0286  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 177 aa  43.1  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.945519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3882  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 210 aa  43.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0868  transcriptional regulator, TetR family  38.6 
 
 		 230 aa  43.1  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.200185 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1938  hypothetical protein  45.45 
 
 		 186 aa  42.4  0.005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4245  regulatory protein, TetR  31.48 
 
 		 221 aa  42.4  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.933468  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1477  TetR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 238 aa  42.4  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3397  TetR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 222 aa  42.7  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.15089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0604  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 205 aa  42.4  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229279 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0438  transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 219 aa  42.4  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.275927  normal  0.867846 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0580  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 236 aa  42  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.431523 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1805  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 235 aa  42  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.604953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 211 aa  42  0.007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3330  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 225 aa  42  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648103  normal  0.907597 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  26.42 
 
 		 242 aa  42  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1602  regulatory protein TetR  26.61 
 
 		 216 aa  42  0.007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0425  TetR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 216 aa  42  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1480  TetR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 235 aa  41.6  0.008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1502  TetR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 235 aa  41.6  0.008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5420  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 202 aa  42  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.66162  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2900  transcriptional regulator, TetR family  28.85 
 
 		 201 aa  42  0.008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4938  transcriptional regulator, TetR family  25.47 
 
 		 223 aa  42  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.262917  normal  0.206147 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4763  transcriptional regulator, TetR family  36.73 
 
 		 252 aa  42  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.0000323039  decreased coverage  0.0000700922 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3393  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 263 aa  41.6  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158575  normal  0.446109 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 212 aa  41.6  0.009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0885  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 220 aa  41.6  0.009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.126652 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001979  transcriptional regulator TetR family  38.78 
 
 		 193 aa  41.6  0.009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.507988  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0850  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 209 aa  41.6  0.01  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0204358 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3501  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 209 aa  41.6  0.01  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.191946  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4865  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 209 aa  41.6  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>