99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0298 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0298  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 267 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.985491  normal  0.0279616 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1415  TetR family transcriptional regulator  90.7 
 
 		 260 aa  489  1e-137  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2533  TetR family transcriptional regulator  86.69 
 
 		 252 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0277  TetR family transcriptional regulator  80.31 
 
 		 261 aa  442  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00084176 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0326  TetR family transcriptional regulator  81.96 
 
 		 263 aa  442  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4183  TetR family transcriptional regulator  80.39 
 
 		 263 aa  421  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.302127 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3627  TetR family transcriptional regulator  51.87 
 
 		 261 aa  273  3e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4177  TetR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 254 aa  249  3e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.526119 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0354  hypothetical protein  26.11 
 
 		 230 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0313675 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3866  TetR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 230 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.599707  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0233  hypothetical protein  27.89 
 
 		 246 aa  63.9  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4025  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1585  regulatory protein, TetR  24.46 
 
 		 239 aa  53.9  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000139754  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1609  transcriptional regulator, TetR family  24.2 
 
 		 239 aa  50.4  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4353  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 195 aa  48.9  0.00008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4633  transcriptional regulator, TetR family  40.38 
 
 		 195 aa  48.9  0.00008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.169287  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0602  transcriptional regulator, TetR family  40.38 
 
 		 195 aa  48.9  0.00008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4653  transcriptional regulator, TetR family  40.38 
 
 		 195 aa  48.9  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3225  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 195 aa  48.9  0.00009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4762  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 195 aa  48.9  0.00009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4272  transcriptional regulator  40.38 
 
 		 195 aa  48.9  0.00009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4260  transcriptional regulator  40.38 
 
 		 195 aa  48.9  0.00009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4421  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 195 aa  48.9  0.00009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4652  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 195 aa  48.9  0.00009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4637  transcriptional regulator, TetR family  40.38 
 
 		 195 aa  48.9  0.00009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3998  hypothetical protein  21.8 
 
 		 252 aa  48.5  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.13761 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0855  transcriptional regulator, TetR family  24.37 
 
 		 244 aa  48.5  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  40.74 
 
 		 216 aa  48.1  0.0001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0987  regulatory protein TetR  40.35 
 
 		 192 aa  48.1  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.383045  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1823  TetR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 226 aa  47  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001979  transcriptional regulator TetR family  36.99 
 
 		 193 aa  47.4  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.507988  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1842  TetR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 226 aa  47  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1889  TetR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 226 aa  47  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  32.81 
 
 		 258 aa  47  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3234  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 228 aa  47  0.0004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 195 aa  46.6  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3285  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 228 aa  47  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.678887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3223  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 228 aa  47  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 242 aa  46.2  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4466  TetR family transcriptional regulator  21.68 
 
 		 193 aa  46.2  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11281  transcriptional regulator  28 
 
 		 202 aa  46.2  0.0006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.786647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2751  putative transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 229 aa  45.8  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0359606 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2554  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 198 aa  45.8  0.0008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000394239  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0373  TetR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 188 aa  45.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 222 aa  45.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4300  transcriptional regulator  30 
 
 		 225 aa  45.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0868  transcriptional regulator, TetR family  35.09 
 
 		 230 aa  45.4  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.200185 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0987  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 203 aa  44.7  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2628  transcriptional regulator, TetR family  36.54 
 
 		 194 aa  45.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00732346  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0467  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 198 aa  44.7  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1372  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 212 aa  44.3  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027491 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1592  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 198 aa  44.7  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 199 aa  44.3  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4326  TetR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 202 aa  44.7  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3297  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 98 aa  44.3  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.368335  normal  0.535572 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0359  TetR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 203 aa  44.3  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1561  TetR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 219 aa  44.7  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0143  transcriptional regulator  28.12 
 
 		 264 aa  43.9  0.003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4734  TetR family transcriptional regulator  21.6 
 
 		 242 aa  43.9  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2716  TetR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 212 aa  43.5  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.448471  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4307  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 214 aa  43.9  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.188393  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0290  TetR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 248 aa  43.9  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0660721  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0973  TetR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 199 aa  43.9  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.342069 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5768  putative transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 		 239 aa  43.9  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.51365  normal  0.452434 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1637  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 227 aa  43.5  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0178246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2855  transcriptional regulator, TetR family  25.6 
 
 		 199 aa  43.1  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00414349  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0378  TetR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 199 aa  43.1  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.585496  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 212 aa  43.1  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1965  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 206 aa  43.5  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0526053  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1242  TetR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 212 aa  43.1  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000053734  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1473  transcriptional regulator, TetR family  39.22 
 
 		 207 aa  43.5  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.245471  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0651  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 218 aa  43.5  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0025795  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3474  transcriptional regulator of TetR family protein  40 
 
 		 191 aa  43.5  0.004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.486624 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  30.51 
 
 		 201 aa  42.7  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0604  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 205 aa  43.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229279 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2228  TetR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 206 aa  42.7  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1591  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 215 aa  43.1  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.194821 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0675  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 271 aa  42.7  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.886772  normal  0.300779 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00482  NADH dehydrogenase  42.22 
 
 		 194 aa  42.7  0.006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0024  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 212 aa  42.4  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3024  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 197 aa  42.7  0.007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.101312  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19280  transcriptional regulator  40 
 
 		 235 aa  42.4  0.007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.28299  normal  0.286722 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  42.7  0.007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1079  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 215 aa  42.7  0.007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4148  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 213 aa  42.7  0.007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.677229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2557  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 217 aa  42.4  0.008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.15322e-23 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1103  transcriptional regulator, TetR family  34.67 
 
 		 248 aa  42.4  0.008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.575371  normal  0.523139 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  32.81 
 
 		 210 aa  42.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5420  TetR family transcriptional regulator  22.46 
 
 		 202 aa  42.4  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.66162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 234 aa  42.4  0.008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2545  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 217 aa  42.4  0.009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0577985  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0498  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 208 aa  42.4  0.009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0525706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0144  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 224 aa  42.4  0.009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.522541  decreased coverage  0.0000264507 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2815  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 217 aa  42  0.009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000266483 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0700  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 178 aa  42  0.01  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.665559 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1775  transcriptional regulator, TetR family  38 
 
 		 255 aa  42  0.01  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2011  transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 		 213 aa  42  0.01  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.27798 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2600  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 217 aa  42  0.01  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2508  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 217 aa  42  0.01  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>