58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3998 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3998  hypothetical protein  100 
 
 		 252 aa  526  1e-148  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.13761 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0354  hypothetical protein  24 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0313675 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3866  TetR family transcriptional regulator  26 
 
 		 230 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.599707  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0233  hypothetical protein  24.67 
 
 		 246 aa  62.4  0.000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4177  TetR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 254 aa  57.8  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.526119 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3627  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 261 aa  56.2  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4183  TetR family transcriptional regulator  22.57 
 
 		 263 aa  50.1  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.302127 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0130  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 212 aa  49.3  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 193 aa  48.9  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0298  TetR family transcriptional regulator  21.8 
 
 		 267 aa  48.5  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.985491  normal  0.0279616 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3175  TetR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 201 aa  48.5  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3117  TetR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 204 aa  48.1  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.490432 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4974  TetR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 204 aa  48.1  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.792599  normal  0.404801 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0277  TetR family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 261 aa  48.1  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00084176 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0326  TetR family transcriptional regulator  21.67 
 
 		 263 aa  47.4  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0500  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 241 aa  47.4  0.0002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0432  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 237 aa  47.4  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2533  TetR family transcriptional regulator  22.37 
 
 		 252 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5319  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 208 aa  46.2  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1415  TetR family transcriptional regulator  21.33 
 
 		 260 aa  46.2  0.0005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0440  TetR/AcrR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 203 aa  46.2  0.0005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1790  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 209 aa  45.8  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0356  transcriptional regulator, TetR family  27.94 
 
 		 235 aa  44.7  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00145185  hitchhiker  0.0000223354 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1121  transcriptional regulator, TetR family  40.35 
 
 		 220 aa  45.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.2139 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3164  transcriptional regulator, TetR family  32.89 
 
 		 208 aa  44.7  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.859639  normal  0.0513104 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2904  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 213 aa  44.7  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.349703 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2431  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 214 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4162  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 210 aa  43.9  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5704  TetR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 201 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.013286 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1179  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 290 aa  44.3  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.669252  normal  0.155031 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1985  transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 		 206 aa  43.9  0.003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1100  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 194 aa  43.5  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0669836  normal  0.61487 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4534  TetR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 201 aa  43.9  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0815  transcriptional regulator, TetR family  30.99 
 
 		 204 aa  43.5  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1893  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 206 aa  43.5  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3896  transcriptional regulator, TetR family  39.62 
 
 		 202 aa  43.5  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.673039  normal  0.0314346 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  29.67 
 
 		 201 aa  43.1  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 212 aa  43.1  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4467  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 206 aa  43.5  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0963408 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9154  putative transcriptional regulator, TetR family  32.79 
 
 		 226 aa  43.1  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.231214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1741  transcriptional regulator, TetR family  32.31 
 
 		 307 aa  43.1  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4466  transcriptional regulator, TetR family  32.76 
 
 		 204 aa  42.7  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.575375  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2496  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 333 aa  42.7  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0024  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 212 aa  42.4  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00523  transcriptional regulator, TetR family protein  33.82 
 
 		 200 aa  42.4  0.007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0214  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 218 aa  42.4  0.008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705047  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  25.24 
 
 		 200 aa  42.4  0.008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2231  TetR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 194 aa  42.4  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.558633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3997  hypothetical protein  20.35 
 
 		 250 aa  42.4  0.008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.435374 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0268  transcriptional regulator, TetR family  26.73 
 
 		 198 aa  42  0.009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2257  TetR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 202 aa  42  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.92818  normal  0.36633 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0272  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 198 aa  42  0.01  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1987  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 211 aa  42  0.01  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.15936  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0272  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 198 aa  42  0.01  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4245  regulatory protein, TetR  37.93 
 
 		 221 aa  42  0.01  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.933468  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0264  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 198 aa  42  0.01  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3637  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 228 aa  42  0.01  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1790  transcriptional regulator, TetR family  25.73 
 
 		 224 aa  42  0.01  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.121253  normal  0.33193 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>