More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1320 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1320  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 224 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6871  TetR family transcriptional regulator  89.73 
 
 		 224 aa  346  1e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.0580493 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1826  TetR family transcriptional regulator  95.09 
 
 		 250 aa  340  8e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0995188  normal  0.24055 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4737  TetR family transcriptional regulator  92.41 
 
 		 224 aa  331  6e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4138  TetR family transcriptional regulator  95.09 
 
 		 224 aa  309  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2583  TetR family transcriptional regulator  80.65 
 
 		 226 aa  296  1e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.176518 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3206  TetR family transcriptional regulator  84.75 
 
 		 227 aa  283  1.0000000000000001e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03806  transcriptional regulator, TetR family  37.56 
 
 		 206 aa  116  3.9999999999999997e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3581  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 209 aa  115  6e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3984  transcriptional regulator, TetR family  36.92 
 
 		 216 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.765993  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0199  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 202 aa  109  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.251087  normal  0.943452 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0651  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 218 aa  105  5e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0025795  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2697  transcriptional regulator, TetR family  44.5 
 
 		 195 aa  101  9e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0366203  normal  0.310239 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1018  transcriptional regulator, TetR family  35.96 
 
 		 205 aa  92  7e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1135  putative transcriptional regulator  32.37 
 
 		 215 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.135048  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12440  AcrR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 215 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.446651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5945  regulatory protein, TetR  31.09 
 
 		 216 aa  85.1  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.542251  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6435  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 262 aa  82.8  0.000000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.253012  normal  0.0353997 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2778  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 205 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3765  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 213 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0357958 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1848  TetR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 210 aa  75.9  0.0000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2656  transcriptional regulator, TetR family  26.64 
 
 		 212 aa  67.8  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000478919  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1623  transcriptional regulator, TetR family  24.71 
 
 		 205 aa  65.1  0.0000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25080  Transcriptional regulator, TetR family  43.48 
 
 		 191 aa  60.5  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3641  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 200 aa  57  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.798229 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2136  transcriptional regulator, TetR family  47.54 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.547172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1381  transcriptional regulator, TetR family  19.14 
 
 		 184 aa  57  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.419771  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1856  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 185 aa  55.8  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5570  transcriptional regulator, TetR family  35.48 
 
 		 198 aa  55.1  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4064  regulatory protein TetR  38.46 
 
 		 190 aa  55.1  0.0000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2871  TetR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 213 aa  55.1  0.0000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1211  transcriptional regulator, TetR family  26.11 
 
 		 227 aa  54.7  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1788  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000202922  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1681  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 216 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.977422 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17960  transcriptional regulator, TetR family  28.79 
 
 		 208 aa  53.9  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.134645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1927  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00399738  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1941  transcriptional regulator, TetR family  21.02 
 
 		 194 aa  53.9  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000874649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0297  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 203 aa  53.5  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2800  TetR family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 201 aa  54.3  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4533  transcriptional regulator, TetR family  36.26 
 
 		 197 aa  53.9  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0585795  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3645  transcriptional regulator, TetR family  54 
 
 		 199 aa  53.1  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.529358  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8200  putative transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 237 aa  53.5  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  23.7 
 
 		 194 aa  52.8  0.000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1745  TetR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 195 aa  52.8  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0399082  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0242  TetR family transcriptional regulator  48.1 
 
 		 210 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0183309 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0257  TetR family transcriptional regulator  48.1 
 
 		 210 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0562904  normal  0.0230468 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1763  TetR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 221 aa  52.8  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5098  TetR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 218 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.11151 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13607  TetR family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 295 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.20276 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1459  TetR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 223 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.568759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4713  TetR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 218 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 211 aa  52.8  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142913 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4799  TetR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 218 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7736  putative transcriptional regulator, TetR family  33.71 
 
 		 205 aa  52.4  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.97147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1963  transcriptional regulator, TetR family  38.24 
 
 		 201 aa  52.4  0.000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000168283 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5312  TetR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 235 aa  52  0.000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0775512 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3594  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 210 aa  52  0.000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4148  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 213 aa  52  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.677229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0332  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 192 aa  52  0.000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00337125  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 		 223 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 216 aa  51.2  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0373  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 188 aa  51.2  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3474  transcriptional regulator of TetR family protein  40.91 
 
 		 191 aa  51.6  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.486624 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3965  transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 		 208 aa  50.8  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0270  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 192 aa  50.4  0.00002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.522665  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3609  transcriptional regulator, TetR family  37.23 
 
 		 228 aa  50.4  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0359  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 203 aa  50.4  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0286  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 186 aa  50.8  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0267  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 211 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.700682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2368  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 197 aa  50.8  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000142624 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001979  transcriptional regulator TetR family  42.11 
 
 		 193 aa  50.8  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.507988  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3943  transcriptional regulator, TetR family  42.31 
 
 		 218 aa  50.4  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.938406  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  33.93 
 
 		 218 aa  50.8  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3998  transcriptional regulator, TetR family  36.26 
 
 		 205 aa  50.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0825494  normal  0.0160725 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0881  regulatory protein TetR  54.17 
 
 		 219 aa  50.8  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0602  transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 		 195 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4326  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 202 aa  50.1  0.00003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3788  transcriptional regulator, TetR family  43.42 
 
 		 208 aa  49.7  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2513  transcriptional regulator, TetR family  41.51 
 
 		 199 aa  50.1  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  27.42 
 
 		 219 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0787  TetR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 192 aa  50.1  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0101484 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  39.53 
 
 		 209 aa  50.1  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 209 aa  49.7  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0467  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 198 aa  50.1  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3431  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 		 189 aa  49.3  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 226 aa  49.7  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5174  putative transcriptional regulator, TetR family  50.88 
 
 		 199 aa  49.3  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0107413  hitchhiker  0.00860579 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1994  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 173 aa  49.3  0.00005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.187018  normal  0.996586 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4348  TetR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 174 aa  49.3  0.00005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 228 aa  49.3  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1459  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 187 aa  48.9  0.00006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 210 aa  48.9  0.00006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0392  transcriptional regulator, TetR family  61.11 
 
 		 201 aa  48.9  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.022112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1074  transcriptional regulator, TetR family  40.43 
 
 		 184 aa  48.9  0.00006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2013  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 173 aa  48.9  0.00006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2602  transcriptional regulator, TetR family  32.3 
 
 		 214 aa  48.9  0.00006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157273  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1461  TetR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 197 aa  48.9  0.00006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0279876 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2059  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 173 aa  48.9  0.00006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.045167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3500  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 191 aa  48.9  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00541119  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>