131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0277 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0277  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 261 aa  544  1e-154  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00084176 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2533  TetR family transcriptional regulator  87.5 
 
 		 252 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0326  TetR family transcriptional regulator  83.72 
 
 		 263 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1415  TetR family transcriptional regulator  82.56 
 
 		 260 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0298  TetR family transcriptional regulator  80.31 
 
 		 267 aa  442  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.985491  normal  0.0279616 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4183  TetR family transcriptional regulator  83.92 
 
 		 263 aa  435  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.302127 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3627  TetR family transcriptional regulator  49.79 
 
 		 261 aa  266  2e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4177  TetR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 254 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.526119 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0354  hypothetical protein  27.59 
 
 		 230 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0313675 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3866  TetR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 230 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.599707  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0233  hypothetical protein  26.43 
 
 		 246 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4025  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 221 aa  60.5  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3225  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 195 aa  53.9  0.000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4353  TetR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 195 aa  53.5  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1609  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 239 aa  53.5  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0602  transcriptional regulator, TetR family  26.17 
 
 		 195 aa  52  0.000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4652  TetR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 195 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4421  TetR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 195 aa  52  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4260  transcriptional regulator  26.17 
 
 		 195 aa  52  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4272  transcriptional regulator  26.17 
 
 		 195 aa  52  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1283  TetR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 194 aa  51.2  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000248972  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4762  TetR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 195 aa  52  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4653  transcriptional regulator, TetR family  26.17 
 
 		 195 aa  52  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4633  transcriptional regulator, TetR family  26.17 
 
 		 195 aa  52  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.169287  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4637  transcriptional regulator, TetR family  26.17 
 
 		 195 aa  52  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0855  transcriptional regulator, TetR family  24.77 
 
 		 244 aa  49.7  0.00004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2628  transcriptional regulator, TetR family  27.59 
 
 		 194 aa  49.3  0.00006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00732346  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  40.38 
 
 		 195 aa  48.9  0.00008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  38.78 
 
 		 242 aa  48.9  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  38.6 
 
 		 216 aa  48.5  0.0001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0290  TetR family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 248 aa  48.1  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0660721  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0938  TetR family transcriptional regulator  21.84 
 
 		 235 aa  47.4  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1585  regulatory protein, TetR  44.68 
 
 		 239 aa  47.8  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000139754  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3998  hypothetical protein  22.71 
 
 		 252 aa  48.1  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.13761 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 199 aa  47.8  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2086  putative transcription regulator protein  22.38 
 
 		 231 aa  47.4  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1561  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 219 aa  47  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  31.25 
 
 		 258 aa  47  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0665  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 195 aa  47  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11281  transcriptional regulator  43.18 
 
 		 202 aa  47.4  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.786647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 211 aa  47  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0467  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 198 aa  47.4  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5420  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 202 aa  47  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.66162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3223  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 228 aa  46.6  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3285  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 228 aa  46.6  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.678887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3234  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 228 aa  46.6  0.0004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 201 aa  46.6  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3474  transcriptional regulator of TetR family protein  32.94 
 
 		 191 aa  46.2  0.0005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.486624 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 222 aa  45.8  0.0006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0987  regulatory protein TetR  36.84 
 
 		 192 aa  46.2  0.0006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.383045  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3466  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 200 aa  45.8  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2751  putative transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 229 aa  45.8  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0359606 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19280  transcriptional regulator  40 
 
 		 235 aa  45.8  0.0007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.28299  normal  0.286722 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0850  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 209 aa  45.4  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0204358 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1592  transcriptional regulator, TetR family  39.58 
 
 		 198 aa  45.4  0.0008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  23.35 
 
 		 201 aa  45.4  0.0009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4326  TetR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 202 aa  44.7  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1987  TetR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 211 aa  45.4  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.15936  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4307  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 214 aa  45.4  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.188393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0373  TetR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 188 aa  45.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 231 aa  45.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0651  TetR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 218 aa  45.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0025795  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4024  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 199 aa  45.4  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497962  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 211 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001979  transcriptional regulator TetR family  40.62 
 
 		 193 aa  44.7  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.507988  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0868  transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 		 230 aa  43.9  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.200185 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0740  TetR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 205 aa  44.3  0.002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.891023  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00482  NADH dehydrogenase  44.44 
 
 		 194 aa  44.3  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1965  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 206 aa  44.7  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0526053  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  27.97 
 
 		 210 aa  44.3  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0353  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 191 aa  43.9  0.002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000439096  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 		 211 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1156  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 227 aa  44.3  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 209 aa  43.9  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 211 aa  43.9  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 211 aa  43.9  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 211 aa  43.9  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2354  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 205 aa  43.5  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0147944  normal  0.332572 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1842  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 226 aa  43.9  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4300  transcriptional regulator  38 
 
 		 225 aa  43.5  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1889  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 226 aa  43.9  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0987  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 203 aa  43.5  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1823  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 226 aa  43.9  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3024  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 197 aa  43.5  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.101312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0359  TetR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 203 aa  43.9  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1775  transcriptional regulator, TetR family  38 
 
 		 255 aa  43.5  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  36 
 
 		 230 aa  43.5  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0973  TetR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 199 aa  43.9  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.342069 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5768  putative transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 239 aa  43.5  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.51365  normal  0.452434 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 		 211 aa  43.5  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 		 211 aa  43.9  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2545  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 217 aa  43.1  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0577985  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3297  TetR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 98 aa  43.1  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.368335  normal  0.535572 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1362  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 211 aa  43.5  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0871  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 202 aa  43.1  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3151  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 202 aa  43.5  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2554  TetR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 198 aa  43.5  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000394239  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1473  transcriptional regulator, TetR family  39.22 
 
 		 207 aa  43.5  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.245471  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2372  transcriptional regulator, TetR family  21.28 
 
 		 193 aa  43.1  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.74201  normal  0.115149 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2557  transcriptional regulator, TetR family  29.23 
 
 		 217 aa  43.1  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.15322e-23 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>