58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4177 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4177  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 254 aa  528  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.526119 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3627  TetR family transcriptional regulator  69.57 
 
 		 261 aa  384  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4183  TetR family transcriptional regulator  49.57 
 
 		 263 aa  258  5.0000000000000005e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.302127 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0326  TetR family transcriptional regulator  47.35 
 
 		 263 aa  258  6e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2533  TetR family transcriptional regulator  48.55 
 
 		 252 aa  257  2e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0277  TetR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 261 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00084176 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1415  TetR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 260 aa  250  1e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0298  TetR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 267 aa  249  2e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.985491  normal  0.0279616 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3866  TetR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 230 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.599707  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0354  hypothetical protein  44.83 
 
 		 230 aa  65.1  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0313675 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4025  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 221 aa  59.7  0.00000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3998  hypothetical protein  24.55 
 
 		 252 aa  57.8  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.13761 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1609  transcriptional regulator, TetR family  23.53 
 
 		 239 aa  52.8  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0233  hypothetical protein  25.17 
 
 		 246 aa  52.8  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1637  transcriptional regulator, TetR family  39.06 
 
 		 227 aa  48.1  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0178246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11281  transcriptional regulator  27.37 
 
 		 202 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.786647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 234 aa  47  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0290  TetR family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 248 aa  47  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0660721  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1585  regulatory protein, TetR  24.41 
 
 		 239 aa  47.4  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000139754  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0024  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 212 aa  46.6  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4561  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 212 aa  46.2  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.286179  normal  0.0846577 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5185  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 212 aa  46.2  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5674  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 212 aa  46.2  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.166194  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2716  TetR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 212 aa  46.2  0.0006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.448471  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1382  transcriptional regulator, TetR family  36.23 
 
 		 241 aa  45.8  0.0006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0100297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2798  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 251 aa  45.4  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.358212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  34.38 
 
 		 258 aa  45.4  0.0009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4931  TetR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 497 aa  45.4  0.0009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.475051  normal  0.080695 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4652  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 195 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4653  transcriptional regulator, TetR family  40.38 
 
 		 195 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4633  transcriptional regulator, TetR family  40.38 
 
 		 195 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.169287  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0602  transcriptional regulator, TetR family  40.38 
 
 		 195 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4637  transcriptional regulator, TetR family  40.38 
 
 		 195 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4421  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 195 aa  45.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4353  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 195 aa  45.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4272  transcriptional regulator  40.38 
 
 		 195 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4260  transcriptional regulator  40.38 
 
 		 195 aa  45.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4762  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 195 aa  45.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3225  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 195 aa  45.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2628  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 		 194 aa  44.7  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00732346  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0792  TetR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 212 aa  45.4  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0868  transcriptional regulator, TetR family  41.07 
 
 		 230 aa  45.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.200185 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1242  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 212 aa  43.9  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000053734  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1965  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 206 aa  44.3  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0526053  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  38.78 
 
 		 242 aa  44.3  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0855  transcriptional regulator, TetR family  23.62 
 
 		 244 aa  43.5  0.003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 195 aa  43.5  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3024  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 197 aa  43.1  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.101312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2856  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 194 aa  42.7  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.661308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003710  transcriptional regulator  24.52 
 
 		 262 aa  42.7  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.485423  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4300  transcriptional regulator  31.82 
 
 		 225 aa  42.7  0.006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4359  transcriptional regulator, TetR family  26.14 
 
 		 205 aa  42.7  0.006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.23587 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  23.13 
 
 		 226 aa  42.4  0.007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 243 aa  42.4  0.007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2554  TetR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 198 aa  42.4  0.007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000394239  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4092  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 206 aa  42.4  0.007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 201 aa  42.4  0.008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8111  putative transcriptional regulator, TetR family  28.33 
 
 		 168 aa  42.4  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>