More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2049 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  100 
 
 		 357 aa  728    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1189  diguanylate cyclase  58.33 
 
 		 357 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0106637  normal  0.54324 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  58.06 
 
 		 357 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4260  diguanylate cyclase  59.53 
 
 		 360 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4307  diguanylate cyclase  55.3 
 
 		 350 aa  394  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.896568  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1172  diguanylate cyclase  58.65 
 
 		 361 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00821476  hitchhiker  0.00260233 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  49.28 
 
 		 358 aa  340  2e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  48.84 
 
 		 358 aa  324  1e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  45.75 
 
 		 353 aa  311  1e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  43.92 
 
 		 359 aa  287  2e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  42.48 
 
 		 371 aa  286  4e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3007  diguanylate cyclase  41.54 
 
 		 353 aa  269  4e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1329  diguanylate cyclase  40.42 
 
 		 353 aa  256  4e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.681295  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  38.51 
 
 		 371 aa  246  6e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  38.51 
 
 		 371 aa  246  6e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  38.21 
 
 		 371 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  38.21 
 
 		 371 aa  243  3e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  38.21 
 
 		 371 aa  243  3e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  38.21 
 
 		 371 aa  243  3e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  38.21 
 
 		 371 aa  243  3e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  38.21 
 
 		 371 aa  243  3e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  38.81 
 
 		 366 aa  242  6e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0856  diguanylate cyclase AdrA  38.58 
 
 		 371 aa  234  1.0000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0440  diguanylate cyclase AdrA  38.87 
 
 		 370 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0421  diguanylate cyclase AdrA  39.05 
 
 		 370 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0422  diguanylate cyclase AdrA  39.05 
 
 		 370 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.143029 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0427  diguanylate cyclase AdrA  39.05 
 
 		 370 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0482  diguanylate cyclase AdrA  39.05 
 
 		 370 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2010  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 351 aa  199  7.999999999999999e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379687  normal  0.0370672 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5901  diguanylate cyclase  35.24 
 
 		 386 aa  181  2.9999999999999997e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1224  diguanylate cyclase  31.74 
 
 		 359 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.988641  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1051  diguanylate cyclase  32.43 
 
 		 350 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154093  normal  0.979636 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.09 
 
 		 332 aa  156  6e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 547 aa  154  2e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 316 aa  150  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  36.34 
 
 		 377 aa  149  6e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 319 aa  144  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  45.68 
 
 		 320 aa  143  4e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4315  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 554 aa  142  7e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.554314 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.8 
 
 		 715 aa  142  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  38.19 
 
 		 321 aa  139  7e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  43.45 
 
 		 322 aa  139  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  40.94 
 
 		 322 aa  138  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  42.41 
 
 		 459 aa  136  5e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 324 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 324 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 324 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.47 
 
 		 326 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 369 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  32.64 
 
 		 498 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 540 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 631 aa  133  6e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 323 aa  132  6e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 294 aa  132  6.999999999999999e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  38.34 
 
 		 325 aa  132  6.999999999999999e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 325 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  40.48 
 
 		 319 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.01 
 
 		 550 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.53 
 
 		 544 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1887  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.53 
 
 		 544 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  39.01 
 
 		 280 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 630 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2212  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 543 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 555 aa  130  4.0000000000000003e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.38 
 
 		 367 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 732 aa  130  5.0000000000000004e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  38.98 
 
 		 320 aa  130  5.0000000000000004e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  43.67 
 
 		 494 aa  129  6e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2127  response regulator  45.96 
 
 		 544 aa  129  6e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 498 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.61 
 
 		 1078 aa  129  9.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 461 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 764 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  40 
 
 		 510 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 510 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  40 
 
 		 510 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  39.01 
 
 		 485 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  40.66 
 
 		 448 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 628 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.55 
 
 		 563 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  43.02 
 
 		 1636 aa  127  3e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 492 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  43.02 
 
 		 324 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 621 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.46 
 
 		 1079 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  44.85 
 
 		 542 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 628 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 307 aa  126  5e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 464 aa  126  6e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 764 aa  126  6e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 622 aa  126  7e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 764 aa  125  8.000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 377 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  43.04 
 
 		 494 aa  125  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1386  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 433 aa  125  9e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.904062  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>