More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3427 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3427  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 216 aa  430  1e-120  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3598  TetR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 222 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.822043 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 224 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193721 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2537  transcriptional regulator, TetR family  34.7 
 
 		 231 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 215 aa  109  3e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6592  TetR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 225 aa  107  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4046  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 222 aa  92.4  5e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.933953  normal  0.278605 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1945  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 225 aa  87.8  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3896  transcriptional regulator, TetR family  31.96 
 
 		 211 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5582  TetR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 218 aa  82.4  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.431544 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5237  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 233 aa  82.4  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.139236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6393  TetR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 229 aa  81.6  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0255151  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  28.44 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 212 aa  79  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3455  transcriptional regulator, TetR family  34.44 
 
 		 245 aa  78.2  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 211 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3682  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 540 aa  77  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0191871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  32.66 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 192 aa  75.5  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1166  transcriptional regulator, TetR family  35.56 
 
 		 215 aa  75.5  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.522591  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3273  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 210 aa  74.7  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.346529  normal  0.756983 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 210 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  31.94 
 
 		 209 aa  72.8  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3915  transcriptional regulator, TetR family  35.66 
 
 		 215 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 210 aa  72.4  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4446  TetR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 210 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6292  TetR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 210 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 208 aa  70.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4417  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6530  transcriptional regulator, TetR family  43.16 
 
 		 219 aa  70.1  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.051486 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0093  TetR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 229 aa  70.1  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247373  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 236 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 202 aa  68.9  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 225 aa  68.9  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  27.42 
 
 		 207 aa  67.8  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 212 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 220 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 220 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 218 aa  65.9  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  26.74 
 
 		 220 aa  65.9  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  65.9  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3058  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 209 aa  65.1  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0466418 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  27.57 
 
 		 250 aa  64.7  0.0000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 257 aa  64.7  0.0000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  33.88 
 
 		 213 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  28.88 
 
 		 224 aa  64.7  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 225 aa  63.9  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 221 aa  63.9  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  33.88 
 
 		 213 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 231 aa  63.9  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1551  transcription regulator protein  27.27 
 
 		 205 aa  63.9  0.000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000200418  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3623  regulatory protein TetR  35.4 
 
 		 193 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.755125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0532  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 424 aa  63.2  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 226 aa  63.2  0.000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  30.88 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2444  TetR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 217 aa  62.4  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1403  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 241 aa  60.8  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1712  TetR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 231 aa  61.2  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.149018  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3394  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222962 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 		 212 aa  61.6  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  26.49 
 
 		 221 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  28.32 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0747  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2237  TetR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 228 aa  60.1  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5533  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 215 aa  60.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374337  normal  0.0421471 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0120  transcription regulator protein  27.37 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  27.09 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1360  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 270 aa  59.7  0.00000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.100226  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5253  transcriptional regulator, TetR family  27.08 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  31.91 
 
 		 221 aa  59.3  0.00000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6537  transcriptional regulator, TetR family  34.11 
 
 		 230 aa  58.9  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.563628  normal  0.0265458 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1421  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 190 aa  58.9  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.216023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 213 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00480  transcriptional regulator TetR/acrR family  29.1 
 
 		 198 aa  57.4  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 		 237 aa  58.2  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1774  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 231 aa  57.8  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.277997  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 232 aa  57  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0855  transcriptional regulator, TetR family  25.58 
 
 		 223 aa  57  0.0000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.835032 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  26.88 
 
 		 219 aa  57.4  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1869  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2606  transcriptional regulator, TetR family  28.67 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.193859  normal  0.0512709 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  25.7 
 
 		 230 aa  56.2  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0123  transcriptional regulator, TetR family  29.56 
 
 		 224 aa  55.8  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 202 aa  55.5  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7041  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 224 aa  55.5  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.971453 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  24.04 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  25.27 
 
 		 251 aa  55.5  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3644  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.106311  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 206 aa  55.1  0.0000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  26.98 
 
 		 217 aa  55.1  0.0000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4809  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 213 aa  55.1  0.0000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>