More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_12540 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013169  Ksed_12540  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 334 aa  636    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00205236  normal  0.478593 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  38.76 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  37.18 
 
 		 272 aa  115  8.999999999999998e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 		 276 aa  112  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 		 276 aa  112  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.21 
 
 		 273 aa  110  3e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  36.42 
 
 		 273 aa  106  5e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  36.59 
 
 		 275 aa  106  6e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  33.84 
 
 		 269 aa  102  8e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.22 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  34.06 
 
 		 285 aa  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  36.12 
 
 		 275 aa  100  4e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  35.79 
 
 		 274 aa  99.8  6e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  35.22 
 
 		 275 aa  95.9  9e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  34.11 
 
 		 286 aa  91.3  2e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  35 
 
 		 275 aa  90.1  5e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  34.82 
 
 		 327 aa  90.1  5e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  36.01 
 
 		 275 aa  89.7  7e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  36.84 
 
 		 279 aa  89.4  8e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  32.5 
 
 		 286 aa  87.4  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  36.45 
 
 		 271 aa  86.7  5e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  33.89 
 
 		 267 aa  85.5  0.000000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.75 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  25.64 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  25.08 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  34.01 
 
 		 284 aa  82.8  0.000000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  23.96 
 
 		 269 aa  82.8  0.000000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.79 
 
 		 278 aa  82  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  35.06 
 
 		 312 aa  81.6  0.00000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  31.37 
 
 		 286 aa  79.3  0.00000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3680  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 		 277 aa  79  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  31.17 
 
 		 286 aa  78.2  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  32 
 
 		 285 aa  75.5  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  35.39 
 
 		 282 aa  75.1  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  36.02 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  25.25 
 
 		 273 aa  74.7  0.000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  33.86 
 
 		 346 aa  74.3  0.000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  23.73 
 
 		 268 aa  73.9  0.000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  23.73 
 
 		 268 aa  73.9  0.000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  24.84 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  28.99 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1353  shikimate 5-dehydrogenase  43.75 
 
 		 262 aa  73.2  0.000000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000636445  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  25.9 
 
 		 289 aa  72.8  0.000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  31.19 
 
 		 285 aa  72.8  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  25.72 
 
 		 286 aa  72.8  0.000000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  23.34 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  33.65 
 
 		 280 aa  72.4  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  51.92 
 
 		 270 aa  72  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  28.75 
 
 		 276 aa  72  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  33.13 
 
 		 280 aa  70.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  32.06 
 
 		 278 aa  70.1  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  23.34 
 
 		 285 aa  70.1  0.00000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  33.44 
 
 		 287 aa  69.3  0.00000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.22 
 
 		 281 aa  69.7  0.00000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  30.25 
 
 		 278 aa  68.9  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2777  shikimate 5-dehydrogenase  31.02 
 
 		 306 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.371956 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  24.49 
 
 		 288 aa  68.9  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  31.86 
 
 		 283 aa  67.4  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  30.62 
 
 		 279 aa  67  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  30.19 
 
 		 285 aa  67  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  30.38 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  30.38 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  24.59 
 
 		 286 aa  66.6  0.0000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 301 aa  66.6  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  33.71 
 
 		 284 aa  65.9  0.0000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  30.19 
 
 		 279 aa  65.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0229  shikimate 5-dehydrogenase  31.84 
 
 		 262 aa  65.5  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0293  shikimate dehydrogenase  32.2 
 
 		 288 aa  65.5  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  26.38 
 
 		 298 aa  65.1  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  29.94 
 
 		 284 aa  64.7  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  27.78 
 
 		 265 aa  65.1  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2611  shikimate 5-dehydrogenase  26.25 
 
 		 305 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  25.24 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  30.29 
 
 		 279 aa  63.9  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  29.8 
 
 		 292 aa  63.9  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3021  shikimate 5-dehydrogenase  26.25 
 
 		 305 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0911  shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.12 
 
 		 397 aa  63.5  0.000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1839  3-dehydroquinate dehydratase, type I  27.33 
 
 		 517 aa  63.5  0.000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0172427  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  29.97 
 
 		 286 aa  63.5  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  32 
 
 		 283 aa  63.5  0.000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 		 279 aa  62.8  0.000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  37.36 
 
 		 280 aa  62.8  0.000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  27.55 
 
 		 289 aa  62.8  0.000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  27.62 
 
 		 288 aa  62.8  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3713  shikimate 5-dehydrogenase  29.02 
 
 		 272 aa  62.4  0.000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00019377  normal  0.0271258 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  35.29 
 
 		 282 aa  62  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  30.41 
 
 		 277 aa  62  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  24.76 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  24.92 
 
 		 286 aa  62.4  0.00000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  32 
 
 		 283 aa  62  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  23.08 
 
 		 286 aa  62  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  28.06 
 
 		 286 aa  61.2  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0694  shikimate 5-dehydrogenase  29.63 
 
 		 282 aa  61.6  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  23.55 
 
 		 289 aa  61.2  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  29.81 
 
 		 279 aa  61.2  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  27.04 
 
 		 288 aa  61.2  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1171  shikimate 5-dehydrogenase  29.41 
 
 		 290 aa  62  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  27.97 
 
 		 270 aa  61.2  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00290  shikimate 5-dehydrogenase  31.7 
 
 		 274 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.395705 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  29.45 
 
 		 289 aa  59.7  0.00000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>